제1조(목적) #
이 요령은「조세특례제한법 시행령」제104조의7제1항 및 제104조의7제5항의 규정에 따라 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용 요건 충족 여부 확인 등에 필요한 사항을 정하는 것을 목적으로 한다.
제2조(운항선박 등의 전산입력) #
「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제104조의10제1항의 규정에 따라 법인세 과세표준 계산 특례를 적용 받으려는 해운기업(이하 "특례해운기업"라 한다)은 운항선박(대선(貸船)한 자사선을 포함한다. 이하 같다)의 제원(諸元) 및 운항 내역을 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례(이하 "톤세"라 한다) 운영 전산시스템(이하 "전산시스템"이라 한다)에 입력해야 한다.
제3조(확인서 신청) #
「조세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제104조의7제5항에 따라 법인세 과세표준계산특례 적용신청을 하려는 경우에는 별지 제1호서식의 "해운기업의 법인세 과세표준계산특례 적용요건 확인 신청서"에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 과세표준 신고기한 30일 전까지 해양수산부장관에게 그 발급을 신청해야 한다. 다만, 특례적용 대상기간에 속하는 제2차 사업연도부터는 별지 제2호서식의 "해운기업의 법인세 과세표준계산특례 요건명세서 확인 신청서"에 의하여 신청해야 한다.
1. 운항선박 내역(별지 제3호서식)
2. 선박제원 관련 서류(신규 및 변경선박에 한정)
가. 선박국적증서 각 1부(외국적선에 한정)
나. 국제톤수증서 각 1부(외국적선에 한정)
다. 재화중량톤수 입증서류 각 1부(외국적선에 한정)
라. 적재TEU증서(컨테이너선 중 공동운항투입선박 및 용선(傭船)비율이 100% 미만일 경우에 한정)
3. 운항선박 내역에 관한 서류
가. 선박확보방법 증빙서류 1부
나. 운항(운영)방법 증빙서류 1부
다. 선적 TEU 증빙서류 1부
제4조(확인서 발급) #
제3조에 따른 신청이 있는 경우 해양수산부장관은 그 신청사항에 따른 요건 충족여부를 확인하여 별지 제4호서식에 따른 "해운기업의 법인세 과세표준 특례적용 확인서"를 발급해야 한다. 다만, 제3조의 단서에 따른 신청이 있을 경우 별지 제5호서식에 의한 확인서를 발급한다.
제5조(요건위반 시 조치) #
특례해운기업이 법 제104조의10제2항의 규정에 따른 과세표준계산 특례기간 동안 영 제104조의7제1항의 요건을 충족하지 못한 경우 해양수산부장관은 이를 해당 기업과 국세청장에게 지체 없이 통보해야 한다.
제6조(이의신청) #
① 특례해운기업으로서의 요건이 충족되지 않았다는 통보를 받은 해운기업은 그 통보를 받은 날로부터 7일 이내에 해양수산부장관에게 이의신청을 할 수 있다.
② 제1항의 규정에 따라 이의신청을 받은 해양수산부장관은 이의신청이 있는 날로부터 15일 이내에 특례해운기업으로서의 요건 충족 여부를 확인하고 그 결과를 당해 기업에 통보해야 한다.
제7조(특례해운기업 투자계획서) #
특례해운기업은 영 제104조의7제10항에 따라 별지 제6호서식의 "특례해운기업 투자계획서"에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 과세표준 신고기한 30일 전까지 해양수산부장관에게 제출해야 한다.
1. 세부 투자계획서(선박 보유현황 포함)
2. 투자 이행 증빙서류
제8조(재검토기한) #
해양수산부장관은 이 예규에 대하여「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2025년 1월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.