1. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법(이하 "법"이라 한다)에 의하여 토지등의 대장상 소유명의인 또는 등기부상 소유명의인과 협의가 성립된 경우
가. 미등기 토지등의 대장상 소유명의인가 협의가 성립된 경우에는 일반원칙에 따라 먼저 그 장상 소유명의인 앞으로 소유권보존등기를 한 후에 사업시행자 명의로 소유권이전등기를 한다.
나. 등기부상 소유명의인가 협의가 성립된 경우에는 일반원칙에 따라 사업시행자 명의로 소유권이전등기를 한다.
다. 위 가, 나항에 의하여 사업시행자 명의로 소유권이전등기를 함에 있어서는 그 등기신청서에 부동산등기법 제40조 제1항 제2호의 등기원인을 증명하는 서면으로서 "공공용지의 취득협의서"를 첨부하여야 하고, 이 경우 사업시행자가 국가·지방자치단체 기타 특별법의 규정에 의하여 설립된 법인인 때에는 위 "공공용지의 취득협의서"에 대한 인지세가 면제된다.
2. 법 제5조의 규정에 의한 정당한 권리자와 협의가 성립된 경우
가. 사업시행자가 미등기 토지등에 관하여 구청장·시장 또는 읍·면장(이하 "시장등"이라 한다)이 확인하는 정당한 권리자에게 보상금을 지급한 경우에는 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 시장등이 발급한 확인서 및 보상금의 지급을 증명하는 서면을 첨부하여 사업시행자 명의로 직접 소유권보존등기를 신청할 수 있다.
나. 사업시행자가 기등기 토지등에 관하여 시장등이 확인하는 정당한 권리자에게 보상금을 지급한 경우에는 위 가항의 서면을 첨부하여 단독으로 등기명의인으로부터 직접 사업시행자 명의로의 소유권이전등기를 신청할 수 있다.
다. 위 가, 나항의 경우 보상금의 지급을 증명하는 서면은 시장등이 확인하는 정당한 권리자가 작성한 것이어야 하고 그 자의 인감증명을 첨부하여야 하며, 그 이외에 등기필증 작성을 위하여 신청서 부본을 제출하여야 한다.
3. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법에 의한 협의취득의 등기절차(등기예규 제358호, 등기예규집 272항) 및 공공용지의취득및손실보상에관한특례법의 규정에 의하여 공공사업시행자가 취득한 토지등의 권리에 관한 등기절차(등기예규 제400호, 등기예규집 273항)는 이를 폐지한다.