양도소득세경정청구에대한거부처분취소

원고

노원세무서장

서울고법 2005. 6. 24. 선고 2004누15651 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다. 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제80조는 "내국인이 국민주택건설용지로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다."고 규정하였는데, 2001. 12. 29. 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)은 제80조를 삭제하면서, 그 경과조치로 부칙 제2조에서 "위 양도소득세에 관한 개정규정은 개정법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다."고 규정하는 한편, 부칙 제25조 제2항에서는 "이 법 시행 당시 종전의 … 제80조 … 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 …에 관한 감면·이월과세·과세이연 및 추징에 관하여는 종전의 규정에 의한다."고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 나타난 바와 같이 구법 제80조가 ‘2003년 12월 31일 이전에 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’으로 특정하여 그 감면대상을 규정함으로써 일반 국민에게 위 기간까지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 신뢰를 명시적으로 부여한 것으로 볼 수 있는 점, 개정법은 부칙 제2조로 양도소득세에 관한 개정규정은 개정법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 일반적 경과규정을 두고 있는 것과 별도로 부칙 제25조 제2항으로 개정법 시행 당시 종전의 제80조의 규정에 의하여 토지를 양도한 경우 양도소득세 감면에 관하여는 종전의 규정을 적용하도록 명시적으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 개정법 부칙 제25조 제2항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 후 2003. 12. 31. 이전에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한 부칙 제2조로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정으로 봄이 상당하므로, 개정법 부칙 제25조 제2항의 ‘종전의 … 제80조 …의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우’라 함은 ‘토지소유자가 구법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 이후부터 2003. 12. 31. 이전에 대금을 청산한 경우’를 의미한다고 해석해야 할 것이다. 같은 취지에서 원심이 구법 시행 당시 토지 양도계약이 체결되고 개정법 시행 후이면서 2003. 12. 31. 이전에 잔금이 청산된 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세에 관하여 구법 제80조가 적용되어야 한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법령의 경과규정 및 신뢰보호에 관한 법리오해나 대법원판례에 상반되는 판단을 한 위법이 있다 할 수 없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 대법관 김황식(재판장) 김영란 이홍훈 안대희(주심)