법인세경정거부처분취소

대양산업개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 해자현 외 2인)

고양세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 강남규 외 4인)

서울고법 2016. 10. 26. 선고 2016누34426 판결

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 1. 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제5호 및 그 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’를 들고 있다. 그리고 법인세에서도 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조). 한편 법인세법 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 ‘도급공사 및 예약매출을 포함하는 건설·제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 그런데 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 법인세법 시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다)은 제69조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)을 신설하여 ‘작업진행률에 의한 익금과 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다’라고 규정함으로써, 계약의 해제로 인하여 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하도록 하여 후발적 사유를 원인으로 한 경정청구권의 행사를 제한하고 있고, 개정 시행령 부칙 제2조는 ‘이 영은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있다. 2. 원심판결 이유에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 주택신축판매업 등을 영위하는 법인으로서 2008. 1.경부터 고양시 일산동구 식사동 344 일원의 고양식사도시개발사업구역 내에서 아파트 및 상가 총 3,634세대(이하 ‘이 사건 아파트 등’이라 한다)를 건설하면서 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 전체 세대수 중 96.4%를 분양하였다. 나. 원고는 이 사건 아파트 등의 작업진행률과 분양률을 기준으로 2008 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세를 신고·납부하였다(다만 2008 사업연도에는 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제되어 법인세를 납부하지 아니하였다). 다. 이 사건 아파트 등의 분양계약은 수분양자들의 잔금 미지급 등으로 인하여 전체 분양세대 중 2011 사업연도에 약 17%, 2012 사업연도에 약 6%, 2013 사업연도에 약 11%가 해제되었다. 라. 원고는 위 각 사업연도의 법인세를 신고하면서 위와 같이 분양계약이 해제된 부분에 대하여 해제일이 속한 사업연도의 ‘영업 외 손실’로 계상하였다가, 2013. 3. 29. 분양계약의 해제로 감소된 분양률을 기준으로 2008 사업연도 내지 2010 사업연도의 법인세를 재산정한 다음, 피고에게 2009 사업연도의 법인세에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 5. 8. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 1. 12. ‘2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 전까지 해제된 분양계약에 대하여는 당초부터 분양계약이 없었던 것으로 하여 2009 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다’는 결정을 하였다. 이에 따라 이 사건 처분 중에서 이 사건 조항이 신설되어 적용된 2012. 1. 1. 이후의 2012 사업연도 및 2013 사업연도에 이루어진 분양계약의 해제 부분에 관하여 2009 사업연도의 법인세에 대한 후발적 경정청구(이하 ‘이 사건 잔존 경정청구’라 한다)를 거부하는 부분(이하 ‘이 사건 잔존 처분’이라 한다)만이 남게 되었고, 원고가 이 사건 소로써 그 취소를 구하고 있다. 3. 원심은 판시와 같은 이유로 이 사건 잔존 처분에 관하여 다음과 같은 취지로 판단하였다. 가. 이 사건 조항에서 말하는 ‘해약일이 속하는 사업연도’는 해당 계약의 해제가 이루어진 사업연도로서 개정 시행령 부칙 제2조에 따라 분양계약 해제가 이루어진 사업연도가 2012. 1. 1. 이후이면 이 사건 조항이 적용되므로, 2012. 1. 1. 이후의 분양계약 해제로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액은 그 해제일이 속하는 사업연도에 차감하여야 한다. 나. 설령 이 사건 조항이 적용되지 아니하더라도, 원고는 경상적·반복적으로 발생하는 분양계약의 해제에 대하여 원고의 관행에 따라 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 온 특별한 사정이 있다. 다. 따라서 2012. 1. 1. 이후인 2012 사업연도 및 2013 사업연도에 이루어진 분양계약의 해제는 2009 사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구사유가 될 수 없다. 4. 그러나 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다. 가. 권리확정주의는 실질적으로 불확실한 소득에 대하여 장래의 실현을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로서, 일정한 후발적 사유의 발생으로 인하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하게 되므로, 구 국세기본법 제45조의2 제2항, 구 국세기본법 시행령 제25조의2는 당초 사업연도의 익금 산입에서 제외할 수 있도록 하는 후발적 경정청구제도를 인정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 그 납세의무의 근거가 소멸되는 등의 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 당초의 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에, 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 잘못된 당초의 과세에 대한 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 취지가 있다. 또한 후발적 사유가 발생한 사업연도에 결손금이 누적되어 있거나 사실상 휴·폐업 상태여서 차감할 익금이 없는 경우에도 후발적 사유가 발생한 사업연도의 손익으로만 반영하도록 하는 것은 납세자의 권리구제에 미흡하고 형평에도 어긋나는 결과가 된다. 따라서 후발적 경정청구를 제한하는 규정은 그 적용시기를 명시적으로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 규정의 시행 전에 이루어진 잘못된 당초의 과세에 대한 후발적 경정청구권에는 영향을 미치지 못한다고 보아야 한다. 그런데 개정 시행령 부칙 제1조는 시행일에 관하여 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”라고 규정한 다음, 제2조는 일반적 적용례로 “이 영은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있을 뿐, 이 사건 조항에 관한 개별적 적용례를 별도로 규정하고 있지 아니하다. 이는 개정 시행령과 같은 날인 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호에서 계약이 해제되어 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약해제일이 속한 과세기간에 부가가치세에서 차감하여 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하면서, 부칙 제7조에서 2012. 7. 1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다는 개별적 적용례를 두고 있는 것과도 대비된다. 따라서 이 사건 조항은 2012. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도 분의 과세에 대한 후발적 경정청구에 적용되며, 그 전의 사업연도 분의 과세에 대하여는 비록 그 이후에 후발적 경정청구 사유가 발생하였다 하더라도 적용되지 아니한다고 해석되며, 결국 2009 사업연도 법인세에 관한 이 사건 잔존 경정청구에는 적용되지 아니한다. 나. 나아가 이 사건과 같이 아파트 등의 분양계약이 해제된 경우에, 그 해제로 인한 손익에 대하여 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약의 매출에누리나 매출환입과 마찬가지로 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하도록 하는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준이나 관행이 존재한다고 볼 수도 없다. 5. 그럼에도 이와 달리 원심은 2009년도에 분양된 이 사건 아파트 등에 관하여 그 분양계약의 해제가 2012. 1. 1. 이후에 이루어졌다는 이유만으로 2009 사업연도 법인세에 관한 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 조항의 적용시기 및 법인세에서 후발적 경정청구가 제한되는 특별한 사정 등에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다. 6. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하며, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 대법관 박상옥(재판장) 김용덕(주심) 김신 박정화