양도소득세환급거부결정취소

원고

부천세무서장

서울고법 2012. 5. 18. 선고 2011누35509 판결

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항은 ‘거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비’로 구 소득세법 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 등 취득가액(제1호), 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(제4호)을 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제163조 제1항은 "소득세법 제97조 제1항 제1호 (가)목 본문에서 ‘취득에 든 실지거래가액’이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다."고 규정하면서 제1호로 ‘제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액’을 규정하고 있으며, 한편 소득세법 시행령 제89조 제1항은 "소득세법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다."고 규정하면서 제1호로 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액’을 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제4항 전문은 "사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화(제17조 제2항 각 호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 제외한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다."고 규정하고 있다. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 구 소득세법 제97조 제1항 각 호, 소득세법 시행령 제163조가 부가가치세법 제6조 제4항에 따라 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 양도소득의 필요경비로 열거하고 있지 않음이 명백하고, 원고가 이 사건 건물에서 영위한 임대사업을 폐지함에 따라 잔존재화인 이 사건 건물에 관하여 부담한 부가가치세인 이 사건 매출세액이 소득세법 시행령 제89조 제1호 또는 제3호에서 규정하고 있는 ‘매입가액’ 내지 ‘취득세·등록세 기타 부대비용’에 포함되지 않는다는 등의 이유를 들어, 이 사건 매출세액을 양도소득에서 필요경비로 공제하지 아니한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다. 먼저 앞서 본 소득세법령에 따르면 자산의 취득시 소요된 ‘기타 부대비용’이 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되는 ‘취득에 든 실지거래가액’의 하나로 열거되어 있다고 볼 수 있다. 그리고 앞서 본 관련 법령들의 규정 내용과 그 입법 취지 등을 고려하면, 자산의 취득시 부담한 부가가치세액은 원칙적으로 취득시 소요되는 ‘기타 부대비용’으로서 취득가액에 포함되어야 하고, 다만 사업자의 경우에는 이를 매입세액으로 공제받음으로써 실질적으로는 당해 부가가치세액을 부담하였다고 볼 수 없기 때문에 이를 취득시 소요되는 부대비용으로 보지 않는 것인데, 이 사건 건물과 같은 고정자산의 경우 잔존재화에 대한 부가가치세는 폐업시까지 당해 자산을 처분하지 않음으로써 취득시 지출하였다가 매입세액으로 공제받은 부가가치세액의 일정 부분을 실질적으로 다시 부담하게 되는 것이고, 이는 사업자임을 이유로 매입세액으로 공제받았던 취득시 부담한 부가가치세를 그 지위를 상실하게 됨에 따라 다시 부담하는 것이라 할 수 있으므로, 그 부분에 대해서는 취득시 소요되는 ‘기타 부대비용’에 포함된다고 보아야 한다. 그럼에도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 매출세액을 양도소득에서 필요경비로 공제하지 아니한 피고의 처분이 적법하다고 판단하였으므로, 거기에는 소득세법 시행령 제163조 제1항 제1호에서 준용하는 같은 시행령 제89조 제1항 제1호 소정의 ‘기타 부대비용’에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 대법관 김소영(재판장) 신영철 이상훈(주심) 김용덕