먼저 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문에서는 대통령령으로 정하는 거주자가 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택을 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 “감면”한다고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서는 ① 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 ② 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당함) 및 ③ 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 “면제”한다고 규정하고 있는데, 일반적으로 법령의 단서는 본문의 규정을 전제1)1) 법제처 2011. 9. 1. 회신 11-0444 해석례, 법제처 2012. 6. 8. 회신 12-0255 해석례, 대법원 2016. 6. 9. 선고 2015다78536 판결례 및 대구지방법원 2023. 8. 16. 선고 2023구합124 판결례 참조
로 본문의 주된 내용에 대한 예외를 인정하거나 규율 대상 중 일부에 대해 달리 정할 필요가 있을 때 두는 것으로서, 「조세특례제한법」 제97조제1항 단서는 양도소득세 “감면” 대상 임대주택의 요건을 정하고 있는 같은 항 본문과는 달리 양도소득세 “면제” 대상 임대주택의 요건을 정하면서, ②에서 매입임대주택에 대해서는 그 임대 개시 시점을 ‘1995년 1월 1일 이후’로 한정2)2) 매입임대주택의 경우 1995년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지 임대를 개시한 경우 양도소득세 면제 가능
하고 있을 뿐, 임대주택의 임대 개시 기한에 관한 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건의 적용을 배제하거나 그 기한을 달리 정한 것으로 볼만한 명문의 규정을 두지 않았으므로, 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 같은 항 단서의 경우에도 그대로 적용된다 할 것입니다.
그리고 임대주택에 대한 양도소득세 감면제도의 입법연혁을 살펴보면, 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 해당 특례가 신설될 당시에는 없었다가3)3) 1986. 12. 26. 법률 제3865호로 일부개정되어 1987. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제67조의4제1항 참조
, 2000년 12월 29일 법률 제6297호로 구 「조세특례제한법」4)4) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음.
을 일부개정하면서 신설된 것인데, 이는 1999년 12월 28일 법률 제6045호로 「조세특례제한법」을 일부개정할 당시 주택 경기를 활성화하고 주택 전세값을 안정시키기 위해5)5) 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 일부개정되어 2000. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 일부개정법률 개정이유 참조
‘1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일 사이에 신축되는 국민주택 등’을 취득하여 5년간 임대한 후 이를 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제하는 내용의 ‘신축 주택’ 임대에 대한 양도소득세 감면 특례가 제97조의2로 신설됨에 따라 ‘이미 건축된 주택’을 5년 이상 임대하는 자 등에 대하여 양도소득세 감면 및 면제 혜택을 부여하는 구 「조세특례제한법」 제97조제1항의 ‘본문과 단서’를 그대로 둘 경우 같은 법 제97조의2에 따른 주택 신축 및 신축 주택의 임대에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 점을 고려하여, 같은 법 제97조제1항에 따른 기존 특례에 일종의 ‘적용 시한’을 둔 것인바,6)6) 서울행정법원 2016. 10. 28. 선고 2016구단55028 판결례, 서울중앙지방법원 2008. 9. 24. 선고 2008가단61118 판결례 참조
“2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건이 같은 항 단서에는 적용되지 않아 이미 건축된 주택에 대하여 임대 개시 시기와 관계없이 양도소득세가 면제된다고 해석하는 것은 그 입법연혁 및 취지에 부합하지 않습니다.
더욱이 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문은 장기 임대주택에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 특례를, 같은 항 단서는 장기 임대주택에 대한 양도소득세를 완전히 면제하는 특례를 둔 것으로서, 특정 요건을 만족하는 장기 임대주택에 대하여 같은 항 본문보다 더 큰 세제 혜택을 부여하는 같은 항 단서의 요건은 보다 엄격하게 해석하는 것이 타당하다 할 것인데7)7) 대구지방법원 2023. 8. 16. 선고 2023구합124 판결례 참조
, 만약 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건이 같은 항 단서에는 적용되지 않는다고 해석한다면, 같은 항 본문에 따른 양도소득세의 100분의 50 상당액 감면 특례는 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”한 임대주택에 한정하여 적용되는 반면, 같은 항 단서에 따른 양도소득세 면제 특례는 그러한 제한 없이 적용됨으로써, ‘감면적용 시한’에 관하여는 같은 항 본문에 따른 ‘양도소득세 일부 감면의 요건’보다 같은 항 단서에 따른 ‘양도소득세 면제의 요건’이 완화되는 결과에 도달하므로, 이는 양도소득세의 일부 감면과 면제의 특례를 정하고 있는 같은 항 본문과 단서의 관계에도 부합하지 않는다고 할 것입니다.
따라서 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 같은 항 단서에도 적용되어, 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시한 경우에만 같은 항 단서에 따라 양도소득세를 면제받을 수 있습니다.
조세특례제한법
제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② ～ ④ (생 략)
<관계 법령>