개정 지방세특례제한법에서 규정하고 있는 지방세 감면에 대한 입법 연혁을 살펴보면, 2014년 12월 23일 법률 제12853호로 일부개정된 「조세특례제한법」(이하 “개정 조세특례제한법”이라 함)에서는 2014년 12월 31일에 일몰기한이 도래하는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면규정을 삭제하면서, 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조를 개정하여 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 규정에 따라 취득세를 감면할 수 있도록 하였습니다.
그리고 개정 지방세특례제한법에서 종전에는 「조세특례제한법」에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 개정 지방세특례제한법에서 규정하도록 일원화하면서, “프로젝트금융투자회사 등에 대한 부동산 취득세”의 경우 프로젝트금융투자회사의 안정적 정착 등과 같은 정책적 목적이 상당부분 달성되었다는 점을 고려하여 그 감면 혜택을 원칙적으로 종료2)2) 개정 조세특례제한법 및 개정 지방세특례제한법 개정이유 참조
하되, 개정 지방세특례제한법 부칙 제23조에서 종전의 규정에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 일정 기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것입니다.
그런데 이러한 개정 취지 외에 개정 지방세특례제한법이 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면제도에 대해 개정 조세특례제한법과 다르게 운용하려는 취지가 있었다고 볼 만한 사정은 없고, “2010년 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 법률 제9921호 조세특례제한법 부칙 제76조에 따라 종전의 규정을 계속 적용”할 것을 각 시ㆍ도에 통보한 당시 법령 소관부처의 방침3)3) 행정자치부 지방세특례제도과 – 29(2015. 1. 6.) 참조
에 비추어 볼 때, 개정 지방세특례제한법 부칙에 따른 “종전의 규정”은 당초 프로젝트금융투자회사에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 둔 「조세특례제한법」의 감면규정과 연계하여 해석해야 할 것입니다.
더욱이 개정 조세특례제한법에 대한 국회 논의 과정을 살펴보면, 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 “2016년 12월 31일까지 취득한 부동산”에 대해서만 취득세를 감면하도록 한 것은 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우 2010년 1월 1일 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제 등이 발생할 수 있다는 점을 고려4)4) 개정 조세특례제한법 개정 당시 국회(기획재정위원회, 2014. 11. 25.) 회의록 참조
하여 같은 법 부칙 제76조에서 감면 시한을 둔 것인데, 만약 같은 법의 개정 취지 및 부칙의 경과조치를 고려하지 않고 개정 지방세특례제한법 부칙 제23조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대해 부동산 취득기한의 제한 없이 계속 취득세를 감면할 수 있다고 본다면, 결국 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사는 부동산을 취득하는 경우 영구적으로 취득세 감면 혜택을 받게 되는바, 이는 위와 같은 개정 취지 및 개정 조세특례제한법 부칙에서 경과조치를 둔 것과 배치되는 결과를 초래하므로 타당하지 않습니다.
아울러 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본개념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 된다는 점에서 허용될 수 없는바5)5) 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결례 참조
, 개정 지방세특례제한법 부칙 제23조에서는 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라”라고 규정하고 있으므로, 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조의 내용 중 “이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산”이라는 문언과 부동산 취득기한에 관한 규정인 “2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산”이라는 문언은 모두 적용되어야 한다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 합니다.
따라서 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2017년 1월 1일 이후에 취득한 부동산은 개정 지방세특례제한법 부칙 제23조에 따라 취득세가 감면된다고 볼 수 없습니다.
지방세특례제한법(2014년 12월 31일 법률 제12955호로 개정된 것을 말함)
부 칙
제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 「법인세법」 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
조세특례제한법(2010년 1월 1일 법률 제9921호로 개정된 것을 말함)
제120조(취득세의 면제 등) ① 〜 ③ (생 략)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1.ㆍ2. (생 략)
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
⑤ㆍ⑥ (생 략)
부 칙
제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. <개정 2014. 12. 23.>
<관계 법령>