구 「지방세특례제한법」 제31조제3항에서는 전용면적 60제곱미터 이하인 임대 목적의 공동주택에 대해 도시지역분을 포함한 재산세의 100분의 50을 감면받는 주체를 “대통령령으로 정하는 임대사업자 등”이라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제13조제2항제3호에서는 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 함) 제2조제7호의 임대사업자(이하 “민간임대사업자”라 함)와 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 함)를 규정하고 있는데, 「공공주택 특별법」 제4조제1항에서는 한국토지주택공사(제2호)를 공공주택사업자의 하나로 열거하고 있으므로, 이와 같은 규정에 따르면 한국토지주택공사는 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항제2호에 따른 재산세 감면대상이 되는 것은 문언상 분명합니다.
그리고 구 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제3항에서는 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항에 따라 재산세를 감면받으려는 자는 민간임대주택법 제5조에 따라 해당 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록해야 한다고 규정하고 있는데, 민간임대주택법 제2조제7호에서는 공공주택사업자가 아닌 자로서 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 같은 법 제5조에 따라 등록한 자를 “임대사업자”로 정의함에 따라 공공주택사업자는 이와 같은 재산세 감면 요건을 충족할 수 없게 되는바, 구 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제2항에서 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항에 따라 재산세를 감면받을 수 있는 주체로 공공주택사업자를 명문으로 포함하여 규정한 것과 체계적으로 해석하면 구 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제3항은 공공주택사업자에게 적용되는 재산세 감면 요건은 아니라고 보는 것이 타당합니다.
또한 구 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제3항은 2018년 12월 31일 대통령령 제29438호로 일부개정될 당시 신설된 규정으로, 종전에는 임대사업자가 신규로 취득한 부동산을 임대목적물로 추가 등록하지 않고 임대 목적으로 사용하는 경우에도 감면대상에 해당하는 것으로 해석될 여지가 있어 민간임대주택법에 따라 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록해야 한다는 것을 재산세 감면 요건으로 분명히 한 것이고,2)2) 2018. 12. 31. 대통령령 제29438호로 일부개정된 「지방세특례제한법 시행령」 개정이유 및 주요내용 참조
해당 요건이 신설되기 전에도 공공주택사업자는 재산세 감면대상에 해당했었다는 점에 비추어 보더라도, 구 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제3항은 민간임대사업자를 대상으로 하는 재산세 감면 요건으로 보아야 하고, 공공주택사업자를 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항에 따른 재산세 감면 대상에서 배제하기 위한 규정으로 볼 수는 없습니다.
아울러 구 「지방세특례제한법」 제31조에서 임대사업자에 대한 세금 감면을 규정한 것은 임대주택을 공급하는 자에게 세금 감면의 혜택을 부여함으로써 저소득층의 주거 수단인 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하고 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하려는 취지인바,3)3) 대법원 2017. 6. 15. 선고 2017두32401 판결례 및 법제처 2015. 3. 27. 회신 15-0150 해석례 참조
같은 조 제1항에서 공공주택사업자와 민간임대사업자 모두를 취득세 감면대상으로 규정하고 있다는 점에 비추어 보더라도, 재산세 감면대상에서 공공주택사업자가 제외되도록 해석하는 것은 타당하지 않습니다.
한편 구 「지방세특례제한법」 제32조에서는 한국토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 소규모 공동주택용 부동산에 대한 취득세 및 재산세 경감 규정을 별도로 두고 있으나, 해당 규정과 같은 법 제31조는 구체적인 감면대상의 요건과 범위를 달리 정하고 있을 뿐 아니라, 임대 목적으로 직접 사용하는 등 일정한 경우에 양 규정의 적용 요건을 모두 충족하게 되더라도 같은 법 제180조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하도록 규정하고 있으므로, 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항제2호 및 제32조가 모두 적용될 수 있는 경우에는 도시지역분을 포함한 재산세를 경감하도록 한 제31조제3항제2호를 적용하도록 해석해야 할 것입니다.
따라서 이 사안의 경우 한국토지주택공사가 소유하고 임대 목적으로 사용하고 있는 공동주택에 대해서는 구 「지방세특례제한법」 제31조제3항제2호 및 같은 법 시행령 제13조를 적용하여 도시지역분을 포함한 재산세의 100분의 50을 경감해야 한다고 보아야 합니다.
※ 법령정비 권고사항
민간임대주택법 제5조에 따라 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록해야 한다는 재산세 감면 요건은 공공주택사업자에게는 적용되지 않는다는 점을 「지방세특례제한법 시행령」 제13조제3항에 명확히 규정할 필요가 있습니다.
<관계 법령>
구 「지방세특례제한법」
제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①ㆍ② (생 략)
③ 대통령령으로 정하는 임대사업자 등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에서 임대용 공동주택 또는 오피스텔을 과세기준일 현재 2세대 이상 임대 목적으로 직접 사용하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 재산세를 2021년 12월 31일까지 감면한다.
1. (생 략)
2. 전용면적 60제곱미터 이하인 임대 목적의 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 경감한다.
3. (생 략)
④ㆍ⑤ (생 략)
제32조(한국토지주택공사의 소규모 공동주택 취득에 대한 감면 등) ① 한국토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(이하 이 조에서 “소규모 공동주택”이라 한다)용 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2021년 12월 31일까지 경감한다.
②ㆍ③ (생 략)
구 「지방세특례제한법 시행령」
제13조(추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등) ① (생 략)
② 법 제31조제3항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 임대사업자 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1. 주택건설사업자(해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 또는 매입일 이전에 「부가가치세법」 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자를 말한다)
2. 「주택법」 제4조제1항제6호에 따른 고용자
3. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호의 임대사업자 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자
③ 법 제31조제3항 각 호에서 정하는 바에 따라 재산세를 감면받으려는 자는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 해당 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하여야 한다.
④ (생 략)
제14조(소규모 공동주택의 범위 등) ① 법 제32조제1항에 따른 소규모 공동주택용 부동산은 1구(1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 말한다. 이하 같다)당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택(해당 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용으로 사용하는 토지와 영구임대주택단지 안의 복리시설 중 임대수익금 전액을 임대주택 관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.
② (생 략)