구 제주특별법 제312조제1항 본문에서는 지하수를 개발ㆍ이용하려는 자는 「지하수법」 제7조ㆍ제7조의2ㆍ제7조의3ㆍ제8조 및 「먹는물관리법」 제9조ㆍ제9조의2에도 불구하고 도지사의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 구 제주특별법 제312조제2항에서는 같은 조 제1항에 따라 허가를 받은 자 중 지하수 개발ㆍ이용 기간을 연장하거나 허가받은 사항을 변경하려는 경우에는 제주특별자치도 조례(이하 “도조례”라 함)로 정하는 바에 따라 도지사의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 도지사는 「먹는물관리법」 제3조제3호에 따른 먹는샘물을 제조ㆍ판매하려는 경우(제1호) 등의 경우에는 지하수의 적정한 보전ㆍ관리를 위해 같은 조 제1항에 따른 허가를 하지 아니하되, 제주특별자치도가 「지방공기업법」에 따라 설립한 지방공기업이 지하수의 보전과 관리에 지장이 없는 범위에서 먹는샘물을 제조ㆍ판매하려는 경우에는 그러하지 않다고 규정하고 있고, 구 제주특별법 제312조제5항에서는 도지사는 같은 조 제1항 및 제2항에 따른 허가를 할 때 지하수의 적정한 관리를 위해 필요하다고 인정하는 경우에는 도조례로 정하는 바에 따라 지하수의 취수량을 제한할 수 있다고 규정하고 있습니다.
그리고, 구 제주특별법 부칙 제33조 본문에서는 같은 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지하수 개발 및 이용 허가 등을 받은 자는 같은 법 제312조에 따른 도지사의 허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있습니다.
또한, 구 제주특별법 제312조의 위임에 따라 2006. 4. 12. 도조례 제2585호로 제정되어 2006. 7. 1. 시행된 「제주특별자치도 지하수관리 기본조례」 제6조제3항에서는 같은 조 제1항 및 제2항에 따라 먹는샘물을 제조ㆍ판매할 목적으로 지하수 개발ㆍ이용 허가를 받은 자 및 그 허가기간 연장허가를 받은 자 중 취수량의 증량(제3호) 등의 사항을 변경하려는 경우에는 별지 제3호서식의 허가신청서에 지하수영향조사서를 첨부하여 도지사에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조례 제10조제1항제1호에서는 지하수영향조사서 심의결과 취수량 제한이 필요하다고 판단되는 경우(라목) 등에 해당하면 지하수 개발ㆍ이용 허가 및 변경허가 시 그 취수량을 제한할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 같은 조 제1항에 따라 취수량을 제한할 때에는 지하수영향조사서 심사결과, 지하수위 관측자료, 지하수 이용량 조사자료, 지하수 수질조사 및 검사자료 등을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다고 규정하고 있는바,
이 사안은 구 제주특별법 부칙 제33조 본문의 경과조치에 따라 같은 법 제312조제1항에 따른 허가를 받은 것으로 의제된 자로서 먹는샘물을 제조ㆍ판매하는 자가 그와 같이 의제될 당시의 취수허가량을 늘리기 위해 구 제주특별법 제312조제2항에 따라 변경허가를 신청한 경우 도지사는 그 변경허가를 할 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 법령의 개정에 따라 부칙에 규정되는 경과조치는 구법질서에서 신법질서로의 이행과정에서 나타나는 제도변화와 법적 안정성을 적절히 조화시키는 기능을 수행하고, 특정대상에 대해서는 신구법령의 적용관계를 분명하게 규정함으로써 종전 규정에 따라 성립된 기득권을 잠정적으로 보호하려는 성격을 가지고 있다고 할 것인바(법제처 2013. 10. 25. 회신 13-0433 해석례 참조), 구 제주특별법 부칙 제33조의 경과조치는 해당 법률의 시행일인 2006. 7. 1. 이후부터 같은 법 제312조제3항에 따라 제주특별자치도가 설립한 지방공기업을 제외하고는 먹는샘물을 제조ㆍ판매하기 위한 지하수 개발ㆍ이용 허가가 금지됨으로 인해 침해될 수 있는 기존 먹는샘물 제조ㆍ판매업자의 영업권을 잠정적으로 보호하기 위해 종전의 규정에 따라 지하수 개발ㆍ이용 허가 또는 변경허가를 받은 자에 대해서는 구 제주특별법 제312조에 따른 허가를 받은 것으로 의제하여 2006. 7. 1. 이후에도 종전과 같이 먹는샘물 제조ㆍ판매업을 영위할 수 있도록 하려는 취지에서 예외적으로 규정된 것으로 보아야 할 것이므로, 같은 법 부칙 제33조는 위와 같은 입법 취지를 훼손하지 않는 범위에서 한정적으로 해석하는 것이 바람직하다고 할 것입니다.
그런데, 구 제주특별법 시행 전에 종전의 제주도개발특별법령 등에 따라 먹는샘물 제조ㆍ판매를 위한 지하수 개발ㆍ이용 허가 또는 변경허가를 받은 경우에는 종전의 규정에 따라 이미 그 허가 또는 변경허가 사항이 확정된 것으로 보아야 할 것인바(법제처 2011. 5. 12. 회신 11-0154 해석례 참조), 구 제주특별법 부칙 제33조는 해당 법률의 시행 당시 위와 같이 확정된 허가 또는 변경허가의 범위에 한정하여 구 제주특별법 시행 이후에도 먹는샘물 제조ㆍ판매업을 예외적ㆍ잠정적으로 영위할 수 있도록 허용해 주려는 취지일 뿐 기존에 확정된 범위를 넘어서는 먹는샘물 제조ㆍ판매업의 허가 또는 변경허가까지 허용해 주려는 것은 아니라고 보아야 할 것입니다.
그리고, 구 제주특별법 부칙 제33조의 경과조치에 따라 같은 법 제312조에 따른 지하수 개발ㆍ이용 허가를 받은 것으로 의제되는 자가 같은 법 시행 이후에 허가를 받은 것으로 의제된 사항을 변경하려면 구 제주특별법에 따른 변경허가 절차를 거쳐야 할 것인데(법제처 2017. 8. 2. 회신 17-0368 해석례 및 대법원 1999. 4. 9. 선고 99두1281 판결례 참조), 같은 법 제312조제3항에서는 섬지역의 특성상 상수원이 부족한 상황에서 난개발로 인한 지하수 고갈ㆍ오염을 방지하고 제주특별자치도의 지하수를 적정하게 보전ㆍ관리하기 위해 제주특별자치도가 설립한 지방공기업을 제외하고는 먹는샘물을 제조ㆍ판매하기 위한 지하수의 개발ㆍ이용 허가를 원칙적으로 금지하고 있는바, 만일 구 제주특별법 부칙 제33조의 경과조치에 따라 같은 법 제312조에 따른 허가가 의제된 먹는샘물 제조ㆍ판매업자로서 제주특별자치도가 설립한 지방공기업이 아닌 자에 대해 그 의제 당시의 취수허가량을 늘리는 변경허가가 가능하다고 해석한다면, 같은 조 제3항의 입법 취지를 훼손할 우려가 있어 부당하다고 할 것입니다.
따라서, 구 제주특별법 부칙 제33조 본문의 경과조치에 따라 같은 법 제312조제1항에 따른 허가를 받은 것으로 의제된 자로서 먹는샘물을 제조ㆍ판매하는 자가 그와 같이 의제될 당시의 취수허가량을 늘리기 위해 구 제주특별법 제312조제2항에 따라 변경허가를 신청한 경우 도지사는 그 변경허가를 할 수 없다고 할 것입니다.