「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 함) 제19조제1항에 따르면 농공단지개발사업의 사업시행자(이하 “농공단지사업시행자”라 함)는 농공단지개발실시계획을 작성하여 같은 법 제8조제1항에 따른 농공단지지정권자(특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 자치구의 구청장을 말하며, 이하 같음)의 승인을 받아야 하고, 같은 법 제21조제1항제4호에 따르면 농공단지지정권자가 같은 법 제19조에 따른 농공단지개발실시계획을 승인할 때 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」(이하 “공유수면법”이라 함) 제28조에 따른 공유수면의 매립면허에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의한 경우에는 해당 공유수면의 매립면허를 받은 것으로 의제됩니다.
그리고, 공유수면법 제28조제1항에 따르면 공유수면을 매립하려는 자는 매립목적을 구체적으로 밝혀 매립면허관청(「항만법」 제3조제1항 각 호에 따른 항만구역의 공유수면 매립과 면적이 10만제곱미터 이상인 공유수면 매립의 경우는 해양수산부장관을 말하고, 그 밖의 공유수면 매립의 경우는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사ㆍ특별자치시장 또는 특별자치도지사를 말하며, 이하 같음)으로부터 공유수면 매립면허를 받아야 하고, 같은 법 제54조제1항에 따르면 매립면허를 받지 않고 공유수면을 매립한 자(제1호), 자기의 귀책사유로 매립면허가 실효ㆍ소멸되거나 취소된 자(제2호) 또는 매립면허 면적을 초과해 공유수면을 매립한 자(제3호)는 해당 공유수면을 원상으로 회복해야 하며, 같은 조 제2항에 따르면 매립면허관청은 같은 조 제1항 각 호에 해당하는 자(이하 “원상회복 의무자”라 함)가 같은 조 제1항에 따른 원상회복에 필요한 조치 등을 하지 않은 경우에는 기간을 정해 원상회복을 명할 수 있는바,
이 사안은 산업입지법 제21조제1항제4호에 따라 같은 법 제19조에 따른 농공단지개발실시계획의 승인으로 공유수면법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허가 의제되어 해당 공유수면의 일부에 대해 매립공사가 진행되던 중, 해당 농공단지사업시행자의 귀책사유로 농공단지개발실시계획의 승인이 취소되어 그 승인으로 의제된 공유수면의 매립면허가 장래를 향해 실효된 경우, 같은 법 제54조제1항제2호 및 같은 조 제2항에 따라 그 일부 매립된 공유수면의 원상회복 명령을 할 수 있는 자는 공유수면의 매립면허관청인지, 아니면 농공단지개발실시계획의 승인관청인지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 인허가 의제제도는 복합민원이나 대규모 개발사업과 같이 하나의 목적사업을 수행하기 위해 당사자가 여러 법률에서 규정된 인허가 등을 받아야 하는 경우에 관할 행정관청과 관련 행정절차를 일원화함으로써 행정의 효율성을 높이고 국민의 편의를 증진하려는 취지에서 도입되는 것일 뿐(법제처 2017. 5. 10. 회신 17-0016 해석례 참조), 인허가가 의제된 경우라고 하여 해당 법률에서 정하는 처분권한의 변경을 가져오는 것은 아니므로, 비록 의제되는 법률에서의 처분권자가 의제되는 인허가에 대해 협의권한만 행사했다고 하더라도, 그 이후의 관리는 의제되는 법률에서의 처분권자가 직접 처분한 것과 마찬가지로 관리할 수 있다고 할 것입니다(법제처 2010. 2. 1. 회신 09-0426 해석례 및 법제처 2011. 8. 19. 회신 11-0423 해석례 참조).
그렇다면, 농공단지개발실시계획의 승인으로 공유수면의 매립면허가 의제된 이 사안의 경우 해당 공유수면의 원상회복 명령 등 공유수면의 관리에 관하여는 공유수면법 규정이 그대로 적용될 수 있다고 할 것인데, 공유수면법 제54조제2항에서는 원상회복 명령의 주체로 “매립면허관청”을 규정하고 있으므로, 이 사안에서 같은 항에 따른 원상회복 명령권자는 그 문언 상 해당 공유수면의 매립면허관청임이 명백하다고 할 것입니다.
한편, 의제되는 인허가는 통상 주된 인허가의 사업수행을 위해 필요한 보조적이고 보충적인 인허가로서의 성격을 가지고 있고, 대외적으로 유효하게 표시되는 행정처분도 주된 인허가이지 의제되는 인허가는 아니라고 할 것이므로, 해당 사업을 대외적으로 관리할 수 있는 법적 권한과 책임이 있는 자는 주된 인허가권자라고 보아야 할 것인바, 농공단지개발실시계획의 승인으로 공유수면의 매립면허가 의제된 이 사안의 경우 해당 공유수면의 원상회복 명령 주체는 주된 인허가권자인 농공단지개발실시계획의 승인관청으로 보아야 한다는 의견이 있을 수 있습니다.
그러나, 주된 인허가에 따라 의제되는 인허가는 법률의 규정에 따라 의제라는 법적 효과가 발생하는 것에 불과한 것이고, 그에서 더 나아가 의제되는 인허가가 존재함을 전제로 하여 침익적 행정행위를 포함한 의제되는 법률상의 다른 모든 규정들까지 명시적인 적용 또는 준용 규정이 없음에도 불구하고 당연히 적용되는 것은 아니라고 할 것이므로(법제처 2009. 11. 27. 회신 09-0353 해석례 및 법제처 2012. 12. 4. 회신 12-0498 해석례 참조), 이 사안에서 농공단지개발실시계획의 승인으로 공유수면의 매립면허가 의제되는 것도 별도의 행정절차 없이 그 매립면허의 효과가 발생한다는 것을 확인하는 것에 불과할 뿐이고, 농공단지개발실시계획의 승인관청이 명시적인 적용 또는 준용 규정 없이도 공유수면법에 따른 매립면허관청의 다른 권한들까지 당연히 행사할 수 있다는 것은 아니라고 보아야 할 것이므로, 그와 같은 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
따라서, 산업입지법 제21조제1항제4호에 따라 같은 법 제19조에 따른 농공단지개발실시계획의 승인으로 공유수면법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허가 의제되어 해당 공유수면의 일부에 대해 매립공사가 진행되던 중, 해당 농공단지사업시행자의 귀책사유로 농공단지개발실시계획의 승인이 취소되어 그 승인으로 의제된 공유수면의 매립면허가 장래를 향해 실효된 경우, 같은 법 제54조제1항제2호 및 같은 조 제2항에 따라 그 일부 매립된 공유수면의 원상회복 명령을 할 수 있는 자는 해당 공유수면의 매립면허관청이라고 할 것입니다.