「지방자치법」 제167조제2항에서는 시ㆍ군 및 자치구나 그 장이 위임받아 처리하는 시ㆍ도의 사무에 관하여 시ㆍ도지사의 지도ㆍ감독을 받는다고 규정하고 있고, 같은 법 제169조제1항에서는 지방자치단체의 사무에 관한 그 장의 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되면 시ㆍ도에 대하여는 주무부장관이, 시ㆍ군 및 자치구에 대하여는 시ㆍ도지사가 기간을 정하여 서면으로 시정할 것을 명하고, 그 기간에 이행하지 아니하면 이를 취소하거나 정지할 수 있다고 규정하면서, 자치사무에 관한 명령이나 처분에 대하여는 법령을 위반하는 것으로 한정한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 지방자치단체의 장은 같은 조 제1항에 따른 자치사무에 관한 명령이나 처분의 취소 또는 정지에 대하여 이의가 있으면 그 취소처분 또는 정지처분을 통보받은 날부터 15일 이내에 대법원에 소(訴)를 제기할 수 있다고 규정하고 있는바,
이 사안은 기관위임사무의 처리가 위법한 경우, 시ㆍ도지사는 그 사무의 처리를 「지방자치법」 제167조제2항에 따른 지도ㆍ감독 권한과 같은 법 제104조제2항에 따른 시ㆍ도의 사무위임에 관한 조례에 따라 취소할 수 있는지, 아니면 같은 법 제169조제1항에 따라서 취소할 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 기관위임사무는 그 처리의 효과가 위임기관에 귀속되는 위임기관의 사무로서 수임기관의 사무라고 할 수 없어 수임기관의 장은 기관위임사무의 집행권한과 관련된 범위에서는 그 사무를 위임한 자의 기관으로의 지위에 서게 될 뿐이므로(헌법재판소 2013. 12. 26. 선고 2012헌라3 결정례 참조), 시ㆍ군 및 자치구의 장이 수행하는 기관위임사무는 시ㆍ도의 사무로 보아야 할 것이고, 그 사무 처리가 위법하거나 부당하다고 인정될 때에는 시ㆍ도지사가 포괄적인 지휘ㆍ감독권에 따라 취소할 수 있다고 할 것입니다.
또한, 국가는 지방자치단체의 장에게 위임한 기관위임사무에 대하여 「정부조직법」 제6조제1항 및 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제6조에 따라 지방자치단체의 장의 수임사무 처리가 위법하거나 부당한 경우 이를 취소 또는 정지할 수 있는 것과 마찬가지로, 시ㆍ도의 경우에도 「지방자치법」 제167조에서 규정하고 있는 지도ㆍ감독권에 근거하여, 같은 법 제104조제2항에 따른 시ㆍ도의 사무위임 조례에 따라 시ㆍ도의 사무를 위임받아 처리하는 지방자치단체의 장의 사무 처리에 대하여 시정명령을 발하거나 그 사무의 처리를 취소 또는 정지할 수 있다고 보아야 할 것이고(법제처 2016. 8. 10. 회신 16-0297 해석례 참조), 이와 같은 해석이 수임기관이 행한 사무 처리의 효과가 사무를 위임한 기관에 귀속되는 기관위임사무의 본질에도 부합한다고 할 것입니다.
한편, 기관위임사무에 관해서도 위법하거나 현저히 부당하여 공익을 해친다고 인정되는 경우에만 취소권을 행사할 수 있도록 하고, 시정 명령을 한 후 일정한 기간이 지난 후에 비로소 취소권을 행사할 수 있도록 함으로써 시ㆍ군 및 자치구의 지방자치의 실효성을 보장할 수 있도록 시ㆍ도지사가 시ㆍ군 및 자치구의 장의 사무 처리를 취소할 때에도 「지방자치법」 제169조제1항에 따라야 한다는 의견이 있을 수 있으나, 기관위임사무 처리의 효과는 그 사무를 위임한 기관에 미치는 것임에도 그 취소 대상을 위법하거나 현저히 부당한 처리에 한정하는 것은 해당 사무에 대한 처리 권한과 최종적 책임이 귀속되는 위임기관이 부당한 사무 처리를 시정함으로써 합목적적인 행정을 구현하는 것을 금지하는 결과가 될 뿐만 아니라, 시정 명령을 한 후 일정한 기간이 지나기 전에는 그 사무에 대한 처리 권한을 갖는 기관마저도 위법ㆍ부당하게 처리된 사무를 즉시 시정할 수 없는 결과가 된다는 점에서 그러한 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 기관위임사무의 처리가 위법한 경우, 시ㆍ도지사는 그 사무의 처리를 「지방자치법」 제167조제2항에 따른 지도ㆍ감독 권한과 같은 법 제104조제2항에 따른 시ㆍ도의 사무위임에 관한 조례에 따라 취소할 수 있다고 할 것입니다.