구 「야생동·식물보호법」(2011. 7. 28. 법률 제10977호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “구 「야생동·식물보호법」”이라 함) 제33조제1항에서는 시장·군수·구청장은 야생동·식물보호를 위하여 필요한 지역을 야생동·식물보호구역(이하 “보호구역”이라 함)으로 지정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 시장·군수·구청장은 보호구역을 지정하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 토지소유자 등 이해관계인의 의견을 듣고 관계 행정기관의 장과 협의를 거쳐야 하며(전단), 보호구역의 지정을 변경하거나 해제하고자 할 때에도 또한 같다고 규정하고 있고(후단), 같은 조 제3항에서는 시장·군수·구청장은 보호구역을 지정·변경 또는 해제하는 경우에는 환경부령이 정하는 바에 따라 보호구역의 위치·면적·지정일시 그 밖에 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사항을 고시하여야 한다고 규정하고 있습니다.
그리고, 구 「야생동·식물보호법 시행규칙」(2012. 7. 27. 환경부령 제469호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “구 「야생동·식물보호법 시행규칙」”이라 함) 제43조에서는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 구 「야생동·식물보호법」 제33조제1항에 따라 보호구역을 지정 또는 변경한 때에는 지체없이 그 내용을 공고(해제한 경우를 포함함)한 후 같은 규칙 별지 제39호 서식의 야생동ㆍ식물보호구역 설정조서를 작성하여 비치하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 규칙 별지 제39호 서식에는 명칭, 구역, 존속기간, 야생동·식물의 종류와 최근 3년간의 서식변동상황, 설정사유 등을 기재하도록 규정하고 있는바,
이 사안은 존속기간을 정해 구 「야생동·식물보호법」 제33조에 따라 보호구역을 지정·고시한 경우 그 존속기간이 만료되면 그 보호구역 지정의 효력이 당연히 상실되는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 구 「야생동·식물보호법」에서는 보호구역의 존속기간 설정에 대해서 아무런 근거 규정을 두지 않은 채 구 「야생동·식물보호법 시행규칙」에서 별지 서식의 하나인 보호구역 설정조서의 기재항목으로 존속기간을 규정하고 있는 반면, 보호구역 해제에 대해서는 법률에서 직접 그 보호구역을 지정할 때와 마찬가지로 토지소유자 등 이해관계인의 의견을 듣고 관계 행정기관의 장과 협의를 거쳐 보호구역 해제의 고시를 해야 한다고 규정하고 있는바, 이러한 구 야생동·식물보호법령의 규정체계에 비추어 보면, 보호구역의 존속기간을 법률에서 직접 특정한 사항의 존속기간에 대해 규정하고 있는 「특허법」에 따른 특허권이나 「대일항쟁기 강제동원 피해조사 및 국외강제동원 희생자 등 지원에 관한 특별법」에 따른 위원회의 존속기간과 동일하게 유효기간으로 해석하는 것은, 법률에 규정된 보호구역 지정 해제절차를 유명무실화시킨다는 점에서 타당하지 않다고 할 것입니다.
그리고, 구 「야생동·식물보호법」 제33조제2항 및 제3항에서 보호구역 지정과 해제 시 토지소유자 등 이해관계인의 의견청취와 관계 행정기관의 장과의 협의 절차를 필수적으로 거치도록 한 취지는, 보호구역 지정과 해제 과정에서 야생동·식물 보호라는 공익과 토지 소유자 등 이해관계인의 사익 등을 합리적으로 조정할 수 있도록 하는 데 있다고 할 것입니다. 그렇다면 보호구역 지정 시 설정한 존속기간이 만료되었다고 하여 보호구역 지정의 효력이 당연히 상실된다고 해석하기보다는, 그 존속기간을 보호구역 유지 필요성에 대해 다시 한 번 점검·확인하라는 재검토기간으로 해석하는 것이, 공익과 사익을 합리적으로 조정하는 기회를 갖도록 하기 위해 보호구역 해제 시에도 위와 같이 이해관계인의 의견청취와 관계 행정기관의 장과의 협의 절차를 거치도록 한 취지에 부합한다고 할 것입니다.
또한, 구 「야생동·식물보호법」은 야생동·식물과 그 서식환경을 체계적으로 보호·관리함으로써 야생동·식물의 멸종을 예방하고, 생물의 다양성을 증진시켜 생태계의 균형을 유지함과 아울러 사람과 야생동·식물이 공존하는 건전한 자연환경을 확보하려는 데 그 목적이 있고(제1조), 이러한 목적을 달성하기 위해서 보호구역을 설정하여 관리하는 것인바, 보호구역을 지정할 당시 보호대상으로 고려했던 야생동·식물의 서식실태나 보호필요성 등이 보호구역의 지정 이후 달라졌는지 여부에 대한 조사나 검토도 거치지 않고 단지 존속기간이 만료되었다는 이유만으로 해당 보호구역의 지정 효력이 상실된다고 해석하는 것은, 야생동·식물과 그 서식환경의 체계적 보호 등을 목적으로 하는 보호구역 지정 제도의 취지에 부합하지 않는다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있다고 할 것입니다.
따라서, 존속기간을 정해 구 「야생동·식물보호법」 제33조에 따라 보호구역을 지정·고시한 경우 그 존속기간이 만료되더라도 그 보호구역 지정의 효력이 당연히 상실되는 것은 아니라고 할 것입니다.
※ 법령정비의견
○ 「야생생물 보호 및 관리에 관한 법률」 제43조 및 별지 제39호 서식에서는 존속기간 항목이 있는 보호구역 설정조서를 작성하도록 규정하고 있어 보호구역 지정 시 존속기간을 설정해야 하는지, 그리고 존속기간을 설정하여 보호구역을 지정·고시한 후 그 존속기간이 만료된 경우 보호구역 지정 효력이 상실되는지에 대해 실무상·해석상 혼란의 여지가 있으므로, 보호구역으로 지정한 후 주기적으로 보호구역 유지 여부에 대해 검토할 필요가 있다면 보호구역 지정 시 재검토기한을 설정하도록 하는 등의 입법조치가 필요하다고 할 것입니다.