구 지역균형개발법 제2조제5호에서는 “복합단지”란 주거단지, 공업단지, 교육ㆍ연구단지, 문화단지, 관광단지, 유통시설, 기반시설 등을 종합적으로 계획ㆍ개발하는 일단의 단지를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제34조제1항 본문에서는 복합단지를 개발하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 함)로부터 시행자지정을 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제36조제1항에서는 같은 법 제34조제4항에 따라 시행자로 지정받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 실시계획을 작성하여 시ㆍ도지사의 승인을 얻어야 하고(전단), 승인된 실시계획을 변경하려는 때에도 또한 같다(후단)고 규정하고 있고, 개정 지역균형개발법에서는 복합단지 개발사업에 관한 규정을 삭제하면서, 같은 법 부칙 제2항에 같은 법 시행 전에 구 지역균형개발법 제34조에 따라 시행자가 지정된 복합단지에 대해서는 구 지역균형개발법 제34조부터 제38조까지의 규정에 따른다고 규정하였습니다.
그리고, 지역개발지원법 부칙 제4조제3항에서는 같은 법 시행 당시 종전의 지역균형개발법에 따라 수립된 개발촉진지구 개발계획, 특정지역개발계획, 지역종합개발지구 개발계획은 지역개발지원법에 따른 지역개발계획으로 보며, 종전의 지역균형개발법에 따라 지정ㆍ고시된 개발촉진지구, 특정지역, 지역종합개발지구 및 그 사업시행자는 각각 지역개발지원법에 따른 지역개발사업구역 및 시행자로 본다고 규정하였고, 같은 부칙 제5조 본문에서는 같은 부칙 제3조제1항 및 제4조제3항에도 불구하고 종전의 「신발전지역 육성을 위한 투자촉진 특별법」 또는 지역균형개발법에 따라 지정ㆍ고시된 신발전지역발전촉진지구, 개발촉진지구ㆍ특정지역 및 지역종합개발지구에서 시행하는 사업으로서 지역개발지원법 시행 당시 그 실시계획을 승인받은 사업은 종전의 「신발전지역 육성을 위한 투자촉진 특별법」 또는 지역균형개발법에 따라 시행할 수 있다고 규정하였으며, 2016년 3월 29일 법률 제14111호로 지역균형개발법은 폐지되었는바,
이 사안은 개정 지역균형개발법 시행 전에 구 지역균형개발법 제34조에 따라 시행자가 지정된 복합단지 개발사업의 실시계획을 변경하려는 경우 구 지역균형개발법이 적용되는지, 아니면 지역개발지원법이 적용되는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 종전 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 경우 종전 법률의 본칙규정은 물론, 부칙규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만, 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것이고(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결례 참조), 이러한 법리는 종전 법률을 폐지하면서 그 규율내용을 다른 법률로 이관하는 경우에도 동일하게 적용된다고 할 것인바, 이 때 종전 법률 부칙의 효력이 상실되지 않는 “특별한 사정”에는 종전 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이므로, 이와 같은 “특별한 사정”이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 한다고 할 것입니다(법제처 2013. 5. 7. 회신 13-0135 해석례 참조).
그런데, 구 지역균형개발법에서 지역개발사업의 하나로 규정하고 있던 복합단지 사업에 관한 규정을 삭제하면서, 구 지역균형개발법에 따라 사업자 지정을 받아 시행 중에 있던 복합단지에 대해서는 구 지역균형개발법 제34조부터 제38조까지의 규정에 따르도록 개정 지역균형개발법 부칙 제2항에 그 경과규정을 두었는바(개정 지역균형개발법 개정이유서 참조), 이는 복합단지 개발사업의 경우는 지구ㆍ지역을 지정하여 시행하는 다른 지역개발사업과는 그 성격이 다르므로 복합단지 개발사업에 관해서는 구 지역균형개발법의 규정에 따르도록 하려는 취지라고 할 것입니다.
그리고, 개정 지역균형개발법에서 규율하고 있던 지역개발사업에 관한 사항을 지역개발지원법으로 이관하면서 복합단지 개발사업에 관한 개정 지역균형개발법 부칙 제2항의 경과규정을 옮겨 규정하지 않았으나, 지역개발지원법 부칙 제5조에 같은 법 시행 당시 지역균형개발법에 따라 실시계획을 승인받은 개발촉진지구ㆍ특정지역 및 지역종합개발지구에서 시행하는 사업에 대해서는 종전 규정에 따르도록 경과규정을 두었고, 그 후 2016년 3월 29일 법률 제14111호로 지역균형개발법이 폐지되었는바, 이러한 입법 연혁과 지역개발지원법 부칙 제5조의 규정 내용을 고려할 때, 지역개발지원법 제정 전에 지역균형개발법에 따라 실시계획의 승인을 받은 사업은 종전 규정에 따르도록 하려는 것이 입법 취지라고 할 것이고(지역개발지원법 조문별 제정이유서 참조), 2016년 3월 29일 법률 제14111호로 지역균형개발법을 폐지할 때, 개정 지역개발지원법 부칙 제2항에서만 규율하고 있던 복합단지 개발사업에 관한 사항을 지역개발지원법에 미처 반영하지 못한 것으로 보아야 할 것입니다.
또한, 지역개발지원법에서는 복합단지 개발사업에 관한 사항을 규정하고 있지 않으므로 복합단지 개발사업에 대해서 지역개발지원법을 직접 적용하기는 어렵다고 할 것인데, 만약 지역균형개발법이 폐지됨에 따라 개정 지역균형개발법 부칙 제2항이 실효되어 복합단지 개발사업에 대해서 구 지역균형발전법을 적용할 수 없다고 해석한다면, 구 지역균형개발법 제34조에 따라 시행자가 지정되어 진행 중인 복합단지 개발사업을 규율하는 법령이 없어 법적 공백이 생기게 되고, 설사 이에 대해서 복합단지 개발사업 외의 지역개발사업에 관한 사항을 규율하고 있는 지역개발지원법을 적용하더라도 같은 법에 따른 지역개발사업구역의 지정ㆍ고시 및 시행자 지정 등의 절차를 다시 거쳐야 하므로 구 지역균형발전법에 따라 이미 복합단지 개발사업의 시행자로 지정을 받아 개발사업을 진행 중인 사업자의 신뢰이익을 침해하는 결과를 초래하게 된다는 점을 고려할 때, 비록 2016년 3월 29일 법률 제14111호로 지역균형개발법이 폐지되었더라도 구 지역균형개발법 제34조에 따라 시행자가 지정된 복합단지 개발사업에 대해서는 개정 지역균형개발법 부칙 제2항의 경과규정에 따라 구 지역균형개발법이 적용된다고 해석하는 것이 합리적이라고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 개정 지역균형개발법 시행 전에 구 지역균형개발법 제34조에 따라 시행자가 지정된 복합단지 개발사업의 실시계획을 변경하려는 경우에는 구 지역균형개발법이 적용된다고 할 것입니다.