개정 전 「법인세법」(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 일부개정되어 2010. 1. 1. 시행되기 전의 것을 말함. 이하 “개정 전 「법인세법」”이라 함) 제3조제3항에서는 비영리내국법인에 대한 과세소득의 범위로 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외함)의 처분으로 생기는 수입(제5호) 등을 규정하고 있었는데, 개정 후 「법인세법」(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 일부개정되어 2010. 1. 1. 시행된 것을 말함, 이하 “개정 후 「법인세법」”이라 함) 제3조제3항에서는 비영리국내법인에 대한 과세소득의 범위로 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외함)의 처분으로 생기는 수입(제5호) 등에 더하여 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입(제6호)을 추가로 신설하여 규정하고 있습니다.
한편, 「소득세법」 제94조제1항 각 호 외의 부분에서는 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 같은 항 각 호의 소득으로 한다고 규정하고 있고, 같은 항 제2호에서는 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함함)의 양도로 발생하는 소득(가목) 등을 규정하고 있으며, 같은 항 제4호가목에서는 기타자산의 양도로 발생하는 소득의 하나로 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권을 규정하면서 사업용 고정자산은 제1호 및 제2호의 자산을 말한다고 규정하고 있는바,
이 사안은 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”에 “부동산을 취득할 수 있는 권리”가 포함된다고 보아 “부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 생기는 비영리국내법인의 소득”에 법인세를 부과할 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 「소득세법」 제94조에서는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”를 “고정자산”의 하나인 “사업용 고정자산”의 하나로 규정하고 있는바, 소득세와 법인세는 비록 납세의무자를 달리 하고 있으나 양자 모두 소득을 과세대상으로 하고 있다는 점에서 과세 대상이 되는 「소득세법」상 고정자산의 개념과 「법인세법」상 고정자산의 개념을 달리 볼 이유가 없으므로, 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”에는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”가 포함된다고 할 것입니다.
또한, 개정 전 「법인세법」 제43조에서는 같은 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 자산의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따르도록 규정하고 있습니다. 그런데, 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 중 하나인 「일반기업회계기준」에서는 자산을 유동자산과 고정자산(현재의 비유형자산을 말함)으로 구분하고, (1) 사용의 제한이 없는 현금 및 현금성 자산, (2) 기업의 정상적인 영업주기 내에 실현될 것으로 예상되거나 판매목적 또는 소비목적으로 보유하고 있는 자산, (3) 단기매매 목적으로 보유하는 자산, (4) ⑴ 내지 ⑶ 외에 보고기간 종료일로부터 1년 이내에 현금화 또는 실현될 것으로 예상되는 자산을 유동자산으로 분류한 후 그 밖의 모든 자산은 비유동자산으로 분류하고 있는바(제2장 재무제표의 작성과 표시 Ⅰ 참조), “부동산을 취득할 수 있는 권리”는 「일반기업회계기준」상 유동자산으로 분류되는 위 네 유형에 해당하지 않으므로 비유동자산, 즉 고정자산에 해당되는 것으로 보아야 할 것입니다.
아울러, 개정 후 「법인세법」 제3조제3항제6호에서 비영리국내법인의 과세소득으로 “부동산을 취득할 수 있는 권리”를 신설한 취지는 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산” 처분소득의 범위를 명확화하기 위한 것이고, “부동산을 취득할 수 있는 권리”를 비영리국내법인의 과세소득으로 새롭게 추가하기 위한 것은 아니라는 점도 이 사안을 해석하는 데 있어서 고려할 필요가 있다고 할 것입니다.
한편, 개정 후 「법인세법」 부칙 제3조에서는 “제3조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있으므로 “부동산을 취득할 수 있는 권리”는 개정 후 「법인세법」 시행 후 최초 양도 분부터 개정 규정에 의해 과세될 수 있을 뿐이고 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”에 포함되는 것으로 보아 법인세를 부과할 수는 없다는 의견이 있을 수 있습니다.
그러나, 개정 후 「법인세법」에서 위와 같이 부칙 제3조를 둔 것은 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”을 개정 후 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”과 같은 항 제6호에 따른 “부동산을 취득할 수 있는 권리” 등으로 재분류함에 따라 적용되는 조항, 즉 적용 법조를 명확히 하기 위한 취지이고, 개정 후 「법인세법」 제3조제3항제6호에 따른 “부동산을 취득할 수 있는 권리” 등이 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”에서 제외됨을 의미하는 것은 아니라는 점에서, 그러한 주장은 타당하지 않다고 할 것입니다.
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 개정 전 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 “고정자산”에는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”가 포함되므로 “부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 생기는 비영리국내법인의 소득”에 법인세를 부과할 수 있다고 할 것입니다.