「국가재정법」 제96조제2항에 따르면 국가에 대한 권리로서 금전의 급부를 목적으로 하는 것은 다른 법률에 규정이 없는 경우 5년 동안 행사하지 않으면 시효로 소멸하고, 2007년 8월 3일 법률 제8606호로 일부개정되어 같은 날 시행된 「중소기업창업 지원법」(2010. 6. 8. 법률 제10354호로 일부개정되어 2010. 8. 3. 시행된 것과 2012. 8. 13. 법률 제11483호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것을 포함함) 부칙 제2항에 따라 2017년 8월 3일 실효되기 전의 같은 법 제39조의3제2항제4호에 따르면 「통계법」 제22조제1항에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위해 중소기업을 창업하는 자(이하 “중소기업 창업자”라 함)에 대해서는 사업을 개시한 날부터 3년 동안 「전기사업법」 제51조제1항에 따른 부담금이 면제되는바,
이 사안은 위와 같이 실효되기 전의 「중소기업창업 지원법」(이하 “중소기업창업법”이라 함) 제39조의3제2항제4호에 따라 부담금의 면제 대상이 되는 중소기업 창업자가 해당 부담금 면제 규정이 존재하는 사실이나 자신이 부담금 면제 대상자에 해당하는 사실을 알지 못하여 부담금을 납부하였다가 이후 환급을 청구하는 경우 그 환급청구권에 대한 「국가재정법」 제96조제2항에 따른 소멸시효의 기산점은 언제인지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 중소기업창업법 제39조의3제2항에서는 중소기업 창업자에 대해 사업을 개시한 날부터 3년 동안 같은 항 각 호의 부담금을 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 그 부담금의 면제 절차 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 「중소기업창업 지원법 시행령」(이하 “중소기업창업법 시행령”이라 함) 제29조의2제1항에서는 부담금을 면제받으려는 창업자는 그 면제 신청서에 매출신고서와 그 밖에 창업 여부의 확인에 필요한 서류 등을 첨부하여 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 같음)에게 부담금의 면제를 요청해야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 부담금 면제 신청을 받은 날부터 14일 이내에 신청인에게 그 면제 여부를 알려야 한다고 규정하고 있습니다.
이러한 규정의 내용을 종합해 보면, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 부담금 면제 신청일부터 14일 이내에 신청인이 제출한 서류를 토대로 해당 신청인이 중소기업 창업자에 해당하는지 여부를 확인한 후 그 결과에 따라 부담금 면제 여부를 통보해야 할 의무만 있을 뿐 신청인이 중소기업 창업자에 해당하는 경우에 부담금 면제 신청을 거부할 권한은 인정되지 않는다고 할 것인바, 그렇다면 중소기업 창업자는 중소기업창업법 제39조의3제2항에 따라 법률상 당연히 부담금을 면제받게 되는 지위에 있다고 할 것이고, 같은 법 시행령 제29조의2는 해당 중소기업 창업자가 부담금의 면제 대상자라는 사실을 단순히 확인하는 절차와 방법에 관한 규정에 불과하다고 보아야 할 것이므로, 중소기업창업법 제39조의3제2항제4호에 따른 부담금 면제 대상자로서 이를 납부할 의무가 없는 중소기업 창업자가 그 부담금 면제 규정을 알지 못하는 등의 사유로 부담금을 산업통상자원부장관에게 납부하였다면 그 납부 시점에 바로 국가는 법률상 원인 없이 부당이득을 취득한 것이 된다고 할 것입니다.
그리고, 위와 같이 중소기업 창업자가 국가에 대해 가지는 부당이득반환청구권으로서의 부담금 환급청구권은 국가에 대한 권리로서 금전의 급부를 목적으로 하는 것이므로 「국가재정법」 제96조제2항에 따른 소멸시효의 대상에 해당한다고 할 것인데, 소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 동안만 진행하지 않으며(「민법」 제166조제1항 참조), 여기서 권리를 행사할 수 없는 경우란 그 권리행사에 법률상 장애사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건불성취 등이 있는 경우를 말하고, 사실상 권리의 존재나 권리행사 가능성을 알지 못하였으며 그와 같이 알지 못함에 과실이 없다고 하여도 이러한 사유는 법률상 장애사유에 해당하지 않는다고 할 것입니다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91다32053 판결례 등 참조).
그렇다면, 이 사안에서 부담금 환급청구권은 부담금 면제 대상인 중소기업 창업자가 그 부담금을 납부한 때에 발생하여 이때부터 중소기업 창업자가 국가에 대해 그 반환을 청구할 수 있었다는 점을 고려할 때, 그러한 환급청구권의 소멸시효는 해당 부담금을 납부한 때부터 진행한다고 보아야 할 것이고, 이 경우 중소기업 창업자가 중소기업창업법 제39조의3제2항제4호에 따른 부담금 면제 규정을 알지 못하는 등의 사유로 부담금을 납부하였고 그 환급도 바로 청구하지 못하였다는 등의 사정은 소멸시효의 진행을 중지시키는 법률상 장애사유에 해당하지 않는다고 할 것입니다.
만일 이와 달리, 중소기업 창업자가 자신이 부담금 면제 대상자에 해당한다는 사실을 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 확인ㆍ통보받아 알게 된 때 또는 부담금의 환급을 청구한 때부터 해당 부담금 환급청구권의 소멸시효가 진행한다고 해석할 경우에는 부담금 면제 대상자 여부의 확인 신청 시기 또는 부담금의 환급 청구 시기가 언제인지에 따라 소멸시효 기간이 장래 불특정 시점까지 무한정 연장되는 결과를 초래할 수 있게 되는바, 이는 법적 안정성을 달성하고 증명곤란을 구제하기 위해 도입된 소멸시효 제도의 취지에 맞지 않으므로(대법원 2017. 2. 15. 선고 2014다230535 판결례 참조) 부당하다고 할 것입니다.
따라서, 중소기업창업법 제39조의3제2항제4호에 따라 「전기사업법」 제51조제1항에 따른 부담금의 면제 대상이 되는 중소기업 창업자가 해당 부담금 면제 규정이 존재하는 사실이나 자신이 부담금 면제 대상자에 해당하는 사실을 알지 못하여 부담금을 납부하였다가 이후 환급을 청구하는 경우 그 환급청구권에 대한 「국가재정법」 제96조제2항에 따른 소멸시효의 기산점은 해당 부담금을 납부한 때라고 할 것입니다.