구 「지방세법」(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 “법”이라 함) 제150조의2제1항에 따르면 등기 또는 등록을 하려는 자는 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 등록세를 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있고, 법 제72조에 따르면 이 법에 따른 처분(신고납부한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 봄)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있도록 규정하고 있으며, 법 제73조 및 제74조에서는 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 제기하도록 규정하고 있습니다.
또한, 법 제30조의4제1항제3호에 따르면 원칙적으로 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없도록 제척기간을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제14조의2제1호에서는 법 제30조의4제1항에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날을 신고ㆍ납부 세목에 대해서는 해당 지방세의 신고ㆍ납부기한의 다음날로 규정하고 있는바,
이 사안에서는 납세의무자가 법에 따른 등록세를 과다 신고ㆍ납부한 후 법 제73조 및 제74
조에 따른 이의신청, 심사청구 및 심판청구의 기간은 지났으나 법 제30조의4제1항제3호에 따른 제척기간 내에 과다납부액의 환급청구를 하였고, 과세관청이 검토 중에 지방세 부과의 제척기간이 경과된 경우, 과세관청이 직권으로 감액결정하여 과다납부액을 환급할 수 있는지가 문제될 수 있습니다.
살피건대, 법 제30조의4제1항제3호에 따르면 원칙적으로 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없도록 부과 제척기간을 규정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항의 부과 제척기간이 만료된 경우에도 이 법에 의한 이의신청ㆍ심사청구 또는 행정소송 등에 대한 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정 또는 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 볼 때, 위 부과 제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결, 대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결, 조세심판원 2008. 6. 19. 조심2008중0612 심판결정례 참조)는 것이 일반적으로 확립된 원칙이라 할 것인데, 이는 부과 제척기간을 둔 입법취지가 조세채권ㆍ채무와 관련한 법률관
계를 조속히 확정ㆍ안정시키기 위함이라는 점을 고려하여 부과 제척기간이 경과한 이후에는 과세관청의 “부과”와 관련한 모든 권한이 소멸된다는 것을 전제하고 있다고 할 것입니다.
이에 따르면, 원칙적으로 부과 제척기간이 지난 후에는 감액결정을 할 수 없다고 보아야 할 것이고, 다만 법 제30조의4제2항제1호에서는 이 법에 의한 이의신청ㆍ심사청구, 행정소송 등에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 부과 제척기간이 만료되었더라도 해당 결정 또는 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 부과 제척기간에 대한 특례를 두고 있는바, 해당 규정에서 “이 법에 의한 이의신청ㆍ심사청구”란 법 제73조 및 제74조에 따라 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 제기한 이의신청 또는 심사청구를 의미하는 것이 명백하고, 이러한 적법한 기간 내에 이의신청이나 심사청구가 없었다면 법 제30조의4제2항제1호의 부과 제척기간의 특례가 적용될 여지가 없다고 할 것이며, 적법한 기간이 지나서 신청한 환급청구는 부과 제척기간의 효력에 영향을 미친다고 할 수 없으므로, 법 제30조의4제1항제3호의 부과 제척기간이 만료된 후에는 과다납부액에 대한 감액결정을 할 수 없다고 할 것입니다.
한편,
부과 제척기간은 새롭게 세금을 부담하게 하거나 당초 세액에 추가하여 증액함으로써 납세자의 부담을 증가시키는 행위인 “부과”에 대한 기간제한을 의미하는 것으로 납세자의 부담을 경감시키는 감액결정에까지 부과 제척기간을 적용하는 것은 타당하지 않고 국세에 관한 원칙을 지방세에 적용할 수 없으며, 헌법상 재산권 보장의 이념에 부합하지 아니하고 조세채무가 없는 자가 조세를 부담하는 결과를 초래하여 조세정의에도 어긋난다는 의견이 있을 수 있으나, 감액결정에 대한 부과 제척기간 적용 여부를 지방세와 국세에 있어서 달리 해석할만한 성질상 차이가 없고, 이를 달리 해석할 경우 납세의무자, 과세관청 등 조세 관련 이해당사자의 혼란을 초래할 우려가 있을 뿐만 아니라, 조세채무가 없는 경우에는 부당이득 반환의 소 등을 통해 다툴 수도 있다는 점과, 조세채권ㆍ채무의 법률관계를 조속히 안정시키고 조세형평을 도모한다는 견지에서 보면 기간의 제한 없이 언제든지 감액결정을 할 수 있다고 하는 것은 합리적이지 않다는 점 등을 고려할 때 이러한 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
따라서, 납세의무자가 법에 따른 등록세를 과다 신고ㆍ납부한 후 법 제73조 및 제74조에 따른 이의신청, 심사청구 및 심판청구의 기간은 지났으나 법 제30조의4제1항제3호에 따른 제척기간 내에
과다납부액의 환급청구를 하였고, 과세관청이 검토 중에 지방세 부과의 제척기간이 경과된 경우에는 과세관청이 직권으로 감액결정하여 과다납부액을 환급할 수는 없다고 할 것입니다.