○ 「수질환경보전법」 제41조 제1항 각 호 외의 부분 전단의 규정에 따르면, 환경부장관은 수질오염물질로 인한 수질환경상의 피해를 방지 또는 감소시키기 위하여 ①수질오염물질을 배출하는 사업자(같은 법 제33조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 폐수배출시설의 설치 등을 위한 허가·변경허가를 받은 자 또는 신고·변경신고를 한 자), ②같은 법 제48조의 규정에 의한 폐수종말처리시설을 운영하는 자 및 ③「하수도법」 제2조 제5호의 규정에 의한 하수종말처리시설 중 환경부령이 정하는 시설을 운영하는 자 등에게 배출부과금(기본배출부과금 또는 초과배출부과금)을 부과·징수하도록 되어 있습니다.
○ 「수질환경보전법 시행규칙」 제33조의 규정에 따르면, 「수질환경보전법」 제41조 제1항 각 호 외의 부분 전단의 “환경부령이 정하는 시설”은 같은 법 시행령 별표 8의 제1종 사업장(1일 폐수배출량이 2,000㎥ 이상) 내지 제4종 사업장(1일 폐수배출량이 50㎥ 이상, 200㎥ 미만)의 폐수를 유입하여 처리하는 하수종말처리시설(이하 “폐수유입하수종말처리시설”이라 한다)을 말합니다.
○ 「수질환경보전법」 제41조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 따르면, 기본배출부과금은 ①폐수배출시설(폐수무방류배출시설을 제외한다)에서 배출되는 폐수 중
수질오염물질이 같은 법 제32조의 규정에 의한 배출허용기준(폐수배출시설에서 배출되는 수질오염물질의 배출허용기준) 이하로 배출되나, 같은 법 제12조 제3항의 규정에 의한 방류수수질기준을 초과하는 경우(가목)와 ②폐수종말처리시설 또는 폐수유입하수종말처리시설에서 배출되는 폐수 중 수질오염물질이 같은 법 제12조 제3항의 규정에 의한 방류수수질기준을 초과하는 경우(나목)에 부과·징수하도록 되어 있습니다.
○ 위 규정을 종합하면, 기본배출부과금은 폐수배출시설·폐수종말처리시설 및 폐수유입하수종말처리시설에서 배출되는 폐수의 수질기준이 모두 「수질환경보전법」 “제12조 제3항의 규정에 의한 방류수 수질기준을 초과하는 경우”에 부과·징수하도록 되어 있습니다.
○ 「수질환경보전법」 제12조 제1항의 규정에 따르면, 환경부장관은 공공수역의 수질오염방지를 위하여 특히 필요하다고 인정하는 때에는 시·도지사, 시장·군수·구청장으로 하여금 관할구역 안의 하수관거, 폐수·하수종말처리시설 또는 폐기물처리시설 등의 설치·정비 등을 하게 할 수 있고, 같은 조 제3항에서는 “제1항의 규정에 의한 폐수종말처리시설에서 배출되는 물의 수질기준(이하 "방류수수질기준"이라 한다)은 관계중앙행정기관의 장과 협의를 거쳐 환경부령으로 정하고, 하수종말처리시설 또는 폐기물처리
시설에서 배출되는 물의 수질기준은 「하수도법」 또는 「폐기물관리법」에 의한다”고 규정하고 있습니다.
○ 그런데, 「수질환경보전법」 제41조 제1항 제1호에서는 기본배출부과금의 부과기준을 “제12조 제3항의 규정에 의한 방류수수질기준”이라고 규정하고 있어 그것이 약칭된 용어로서 폐수종말처리시설의 방류수 수질기준을 지칭하는 것인지, 아니면 제12조 제3항에서 규정하고 있는 각 처리시설에서 배출되는 물의 수질기준을 통칭하는 것인지 명확하지 아니합니다.
○ 한편, 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법」 제33조 제1항 및 제2항의 규정 중 이 건과 관련된 내용을 살펴보면, ①사업자가 평가서에 협의기준(오염물질의 배출농도에 관한 기준을 말함)을 제시하는 경우와 ②「수질환경보전법」 제12조 제3항의 규정에 의한 방류수수질기준으로는 「환경정책기본법」 제10조의 규정에 의한 환경기준을 유지하기 어렵거나 환경의 악화를 방지할 수 없다는 것이 인정되는 경우에 협의기준을 협의내용에 포함할 수 있으며, 협의기준을 초과하여 오염물질을 배출하는 폐수종말처리시설 또는 하수종말처리시설을 운영하는 자에 대하여는 협의기준초과부담금을 부과·징수합니다.
○ 협의기준은 방류수수질기준보다 강화된 기준이므로 협의기준초과부담금을 부과할 경우 「수질환경보전법」상
의 배출부과금이 중복 부과되는 문제를 해소하기 위하여 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 별표 3 제1호 나목 및 다목의 비고에서 폐수종말처리시설의 배출농도가 폐수종말처리시설의 방류수수질기준을 초과하는 경우에는 방류수수질기준을 배출농도로 보고, 하수종말처리시설의 배출농도가 「하수도법」에 따른 방류수수질기준을 초과하는 경우 그 방류수수질기준의 농도를 배출농도로 본다고 규정하고 있습니다.
○ 이와 같이, 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법」과 「수질환경보전법」에 그 성격이 서로 유사한 협의기준초과부담금 또는 기본배출부과금의 부과·징수에 대한 규정이 있고, 「하수도법」상 하수종말처리시설에 있어서 위 협의기준초과부담금과 기본배출부담금이 중복하여 부과되는 것을 방지하기 위하여 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 별표 3의 제1호 다목 비고 3에서 기본배출부과금에 해당하는 부분만큼을 제외하여 협의기준초과부담금을 산정하도록 하고 있다면, 「수질환경보전법」도 이러한 명시적 규정에 합치되는 방향으로 해석하여야 할 것이므로, 폐수유입하수종말처리시설에서 배출되는 수질오염물질에 대한 배출부과금은 「하수도법」상 하수종말처리시설의 방류수 수질기준을 초과하는 경우에 부과·징수하여야 하는 것으로 보아야 합니다.
○ 만일 하수종말
처리시설에 대한 기본배출부과금을 위 시설에서 배출되는 수질오염물질이 “폐수종말처리시설의 방류수수질기준”을 초과하는 경우에 부과·징수하는 것으로 해석하면, 하수종말처리시설에서 배출되는 수질오염물질이 폐수종말처리시설의 방류수수질기준을 초과한 부분에 대하여는 「수질환경보전법」에 의한 기본배출부과금을, 협의기준을 초과하여 「하수도법」상 하수종말처리시설의 방류수수질기준에 해당하는 부분까지는 협의기준초과부담금을 각각 부과·징수하게 될 것이나, 「하수도법」상 하수종말처리시설의 방류수수질기준을 초과하여 폐수종말처리시설의 방류수수질기준에 해당하는 부분에 대해서는 기본배출부과금과 협의기준초과부담금을 전혀 부과·징수할 수 없게 되는 경우가 발생할 수 있어 관련법령의 입법취지에 반하게 됩니다.
○ 그리고 「수질환경보전법」 제12조 제3항에서 규정하고 있는 폐수종말처리시설이나 하수종말처리시설 또는 폐기물처리시설에서 배출되는 물의 수질기준은 공공수역의 수질오염방지를 위해 공유수면에 물을 배출하는 자가 지켜야 할 최저기준이라고 할 것이고, 같은 법 제41조에 의한 배출부과금은 수질오염물질로 인한 수질환경상의 피해를 방지 또는 감소시키기 위해 부과하는 것으로서 그 중 기본배출부과금은 배출시설이나 하수종말처리시설 또는 폐기물처리시설을 운영하는 사업자가 위 최저기준을
지키지 못하였기 때문에 부과하는 것이라고 할 것이며, 이 경우 기본배출부과금의 부과기준이 되는 수질기준은 당해 시설에 적용되는 수질기준이 되어야 할 것이므로 하수종말처리시설의 경우는 그 방류수의 수질과는 직접적인 관련이 없는 폐수종말처리시설의 방류수수질기준이 아니라 「하수도법」에 의한 방류수수질기준이 적용되어야 할 것입니다.
○ 한편 「수질환경보전법」 제68조에서는 환경부장관 또는 시·도지사로 하여금 하수종말처리시설에 대해서도 같은 법 제12조 제3항에 의한 방류수수질기준의 준수여부를 검사할 수 있도록 하고 있는바, 이 경우 준수의무가 있는 방류수수질기준은 「하수도법」에 의한 수질기준이라고 보아야 할 것입니다.
○ 또한, 「수질환경보전법」 제41조 제2항 제6호 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1호의 규정에 따르면, 같은 법 제12조 제3항에 따른 폐수종말처리시설 또는 하수종말처리시설의 방류수수질기준의 초과여부에 관한 사항을 배출부과금(기본배출부과금 또는 초과배출부과금)을 부과할 때에 고려하도록 명시하고 있는바, 이는 폐수유입하수종말처리시설에 대한 배출부과금의 부과기준이 하수종말처리시설의 방류수수질기준임을 간접적으로 나타내고 있다고 할 수 있습니다. 그리고 기본배출부과금 부과·징수의 대상을 모든 하수종말처리시설이 아니라 다량
의 폐수가 유입되는 하수종말처리시설로 한정하고 있다고 하더라도 그 시설이 하수종말처리시설인 이상 동 시설에서 방류수를 배출함에 있어서는 「하수도법」상 하수종말처리시설의 방류수수질기준을 준수하도록 하는 것이 공공수역의 수질보전을 목적으로 하는 「하수도법」과 「수질환경보전법」의 입법취지에 부합한다고 할 것이므로, 폐수유입하수종말처리시설에서 배출되는 폐수의 수질오염물질의 경우에는 「하수도법」상 하수종말처리시설의 방류수수질기준을 초과하는 경우에 기본배출부과금을 부과·징수하여야 하는 것으로 보아야 합니다.