「지방세법」 제141조에 따르면 지역자원시설세는 지하ㆍ해저자원, 관광자원, 수자원, 특수지형 등 지역자원의 보호 및 개발, 지역의 특수한 재난예방 등 안전관리사업 및 환경보호ㆍ개선사업, 그 밖에 지역균형개발사업에 필요한 재원을 확보하거나 소방시설, 오물처리시설, 수리시설 및 그 밖의 공공시설에 필요한 비용을 충당하기 위하여 부과할 수 있도록 하고 있고, 같은 법 제142조제1항에 따르면 지역자원시설세의 부과대상은 발전용수(양수발전용수는 제외함), 지하수(용천수를 포함함. 이하 같음), 지하자원, 컨테이너를 취급하는 부두를 이용하는 컨테이너 및 원자력발전(이하 “특정자원”이라 함)으로서 대통령령으로 정하는 것(제1호)과 소방시설, 오물처리시설, 수리시설, 그 밖의 공공시설로 인하여 이익을 받는 자의 건축물, 선박 및 토지(제2호)로 규정하고 있으며, 같은 법 제143조제2호에 따르면 지하수의 경우 지역자원시설세의 납세의무자는 지하수를 개발하여 먹는 물로 제조ㆍ판매하거나 목욕용수로 활용하는 등 지하수를 이용하기 위하여 채수(採水)하는 자로 규정하고 있고, 같은 법 제146조제1항제2호다목에 따르면 특정자원인 지하수에 대한 지역자원시설세의 과세표준과 표준세율을 목욕용수로 이용하기 위하여 채수된 온천수 외의 물의 경우 세제곱미터당 20원으로 규정
하고 있습니다.
한편, 「지하수법」 제30조의3제1항에 따르면 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 지하수의 적정한 개발ㆍ이용과 보전ㆍ관리에 필요한 재원을 조성하기 위하여 같은 법 제7조에 따라 허가를 받거나 제8조에 따라 신고하고 지하수를 개발ㆍ이용하는 자에게 지하수이용부담금을 부과ㆍ징수할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 제30조의3제2항 및 제3항에 따르면 지하수이용부담금은 「한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률」 제19조에 따른 물이용부담금 상당액의 100분의 50의 범위에서 지하수 취수량, 용도 등을 고려하여 시ㆍ군 또는 자치구의 조례로 정하도록 하면서 그 세부적인 산정방법, 부과ㆍ징수 방법 및 납입절차 등에 관하여 필요한 사항을 시ㆍ군 또는 자치구의 조례로 정하도록 규정하고 있는바,
이 사안에서는 목욕용수로 지하수를 사용하는 자에게 「지하수법」 및 지방자치단체의 조례에 따라 지하수이용부담금을 부과하면서 「지방세법」에 따른 지역자원시설세도 부과할 수 있는지가 문제될 수 있습니다.
살피건대, 「지방세법」 제1조에 따르면 이 법은 지방자치단체가 과세하는 지방세 각 세목의 과세요건 및 부과ㆍ징수, 그 밖에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 「부담금관리 기본법」 제2조에 따르면 부담금은 중앙행
정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외함)를 말한다고 규정하고 있는 점을 고려할 때, 특정한 공익사업의 경비에 충당하기 위하여 특정집단에 대하여 부과되는 부담금은 국가나 지방자치단체의 일반재정수입을 목적으로 하는 조세 외의 금전지급의무로 조세와는 명확히 구별되는 개념이라고 할 것입니다.
또한, 입법 목적 등을 달리하는 법률들이 일정한 행위에 관한 요건을 각기 정하고 있는 경우, 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용된다고 풀이되지 아니하는 한 그 행위에 관하여 각 법률의 규정이 모두 적용된다고 할 것인바(대법원 2010. 9. 9. 선고 2008두22631 판결 참조), 지역자원시설세는 과제목적, 과세대상, 납세의무자, 과세표준과 세율 등을 규정한 「지방세법」을 근거로 해서 부과ㆍ징수되어 일반재정수입의 재원이 되고, 지하수이용부담금은 지하수이용부담금의 세부적인 산정방법, 부과·징수 방법 및
납입절차 등에 관하여 필요한 사항은 조례로 정하도록 한 「지하수법」과 조례를 근거로 해서 부과ㆍ징수되어 지하수관리특별회계의 재원이 되는 점을 고려할 때, 지역자원시설세의 근거법률인 「지방세법」과 지하수이용부담금의 근거 법률인 「지하수법」의 입법목적과 적용요건 등을 달리하고, 지역자원시설세와 지하수이용부담금의 관계에 대하여 양 법령에서 아무런 언급이 없으므로, 「지방세법」과 「지하수법」이 각각 적용되는 것으로 보아야 할 것입니다.
따라서, 목욕용수로 지하수를 사용하는 자에게 「지하수법」 및 지방자치단체의 조례에 따라 지하수이용부담금을 부과하면서 「지방세법」에 따른 지역자원시설세도 부과할 수 있다고 할 것입니다.