「지방세법」 제89조제1항제2호에서는 “법인지방소득세: 「법인세법」 제9조에 따른 납세지. 다만, 법인의 사업장이 둘 이상의 지방자치단체에 있는 경우에는 그 사업장의 소재지를 납세지로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 “둘 이상의 지방자치단체에 법인의 사업장이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 법인지방소득세를 안분하여 그 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장이 각각 부과한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제103조의23제1항에서는 “「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제103조의24제2항에서는 “제103조의23에 따라 신고를 한 내국법인이 신고납부한 법인지방소득세의 납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있음을 발견하였을 때에는 제103조의25에 따라 지방자치단체의 장이 보통징수의 방법으로 부과고지를 하기 전까지 관할 지방자치단체의 장에게 「지방세기본법」 제50조 및 제51조에 따른 수정신고납부 또는 경정 등의 청구를 할 수 있다.”고 규정하고 있으며, 같
은 조 제3항에서는 “제1항 및 제2항에 따른 수정신고를 통하여 추가납부세액이 발생하는 경우에는 이를 납부하여야 한다. 제2항의 경우 추가납부세액에 대하여는 「지방세기본법」 제53조의3 또는 제53조의4에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 “제2항에 따른 수정신고 및 경정 등의 청구를 통하여 환급세액이 발생하는 경우 다음 연도의 법인지방소득세에서 환급세액을 공제하고 신고·납부할 수 있다. 이 경우 환급받는 세액에 대하여는 「지방세기본법」 제77조에 따른 지방세환급가산금을 지급하지 아니한다.”라고 규정하고 있습니다.
한편, 「지방세기본법」 제53조의3제1항에서는 “납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제53조의4에서는 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 일정한 계산식에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있는바,
이 사안에서는 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 내국법인이 「지방세법」 제103조의23제1항 및 같은 법 시행령
제100조의13제1항에 따라 법인지방소득세를 각 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하지 않고, 본점 또는 주사무소의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 일괄 신고·납부한 경우가 「지방세법」 제103조의24제2항의 “납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있는 경우”에 해당하는지가 문제될 수 있습니다.
살피건대, 「지방세법」 제103조의24제2항에서는 “법인지방소득세의 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있음을 발견하였을 때”와 별도로 “법인지방소득세의 납세지에 오류가 있음을 발견하였을 때”라고 규정하여, “지방자치단체별 안분세액의 오류”와 구분되는 “납세지의 오류”를 오류의 한 유형으로 규정하고 있는 점, 개인지방소득세(납세지는 거주자의 주소지를 원칙으로 함)와 관련하여 「지방세법」 제96조제2항에서는 “개인지방소득세의 납세지에 오류가 있음을 발견하였을 때에는 「지방세기본법」 제50조 및 제51조에 따른 수정신고납부 또는 경정 등의 청구를 할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 신고하여야 할 지방자치단체에 신고하지 않고 다른 지방자치단체에 납부한 경우를 “납세지 오류”에 해당하는 대표적인 경우로 보고 있는 점에 비추어 보면 본점 또는 주사무소의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 일괄 신고·납부한 경우
는 「지방세법」 제103조의24제2항에 따른 “납세지의 오류”에 해당하는 것으로 보아야 할 것입니다.
또한, 「지방세법」 제103조의23에 따른 신고·납부의무의 이행 여부 및 같은 법 제103조의24제2항에 따른 “납세지의 오류”에 해당하는지 여부는 관할 지방자치단체의 입장이 아닌 납세의무자의 입장에서 판단하여야 할 것인 바, 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 내국법인이 법인지방소득세를 각 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하지 않았지만, 납세의무자인 내국법인이 그 소득에 따른 법인지방소득세 전부를 납부하였을 뿐만 아니라, 스스로 관할 지방자치단체의 장에게 「지방세기본법」 제50조 및 제51조에 따른 수정신고 등을 한 경우에는 「지방세법」 제103조의24제2항에 해당하는 것으로 보아, 같은 조 제3항 후단에 따라 가산세를 부과하지 않고, 같은 조 제4항 후단에 따라 환급가산금을 지급하지 않는 것이 타당해 보입니다.
나아가, 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 내국법인이 법인지방소득세를 각 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하지 않고, 본점 또는 주사무소의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 일괄 신고·납부한 경우에 「지방세법」 제103조의24제2항부터
제4항까지의 규정을 적용할 수 없는 것으로 본다면, 납세의무자는 「지방세기본법」 제52조제1항에 따른 “기한 후 신고 제도”를 통해 지방자치단체의 장이 이에 대해 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지는 그 지방자치단체의 장에게 같은 법 제53조의2에 따른 무신고가산세 및 제53조의4에 따른 납부불성실 가산세를 포함하여 해당 법인지방소득세를 신고·납부하여야 하고, 과다한 법인지방소득세를 신고·납부받은 지방자치단체의 장은 과다하게 신고·납부받은 법인지방소득세 뿐 아니라 「지방세기본법」 제77조에 따른 환급가산금도 함께 지급해야 할 것인바, 이러한 불합리한 결과가 발생하게 된다는 점에 비추어 보아도 위와 같은 경우를 「지방세법」 제103조의24제2항의 “납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있는 경우”에 해당하는 것으로 보아 같은 조 제3항 후단에 따라 가산세를 부과하지 않고, 같은 조 제4항 후단에 따라 환급가산금을 지급하지 않는 것이 타당해 보입니다.
한편, 「지방세법」 제103조의24제2항이 “제103조의23에 따라 신고를 한” 경우를 전제하고 있을 뿐 아니라, 내국법인이 법인지방소득세를 각 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하지 않고, 본점 또는 주사무소의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장
에게 일괄 신고·납부한 경우에도 “납세지 또는 지방자치단체별 안분세액의 오류”에 해당하는 것으로 본다면, 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 과세권의 행사에 심각한 지장을 초래하므로, 이러한 경우에는 「지방세법」 제103조의24제2항부터 제4항까지를 적용할 수 없다는 의견이 있을 수 있으나, 여기서 말하는 “제103조의23에 따른 신고를 한”이란 그 납세지 또는 안분세액의 오류 여부와 관계없이 그 신고기한까지 어느 하나의 지방자치단체의 장에게 법인지방소득세를 신고한 것을 의미하는 것이고, 그러한 신고와 그에 따른 납부를 한 후 지방자치단체의 장이 보통징수의 방법으로 부과고지를 하기 전까지 내국법인이 “납세지 또는 안분세액의 오류가 있음”을 발견한 경우에 스스로 이를 시정할 수 있는 기회를 부여하기 위해 가산세를 면제하는 취지의 규정을 두고 있는 것으로 보이고, 「지방세법」 제103조의23에 따른 신고·납부의무의 이행 여부는 관할 지방자치단체의 입장이 아닌 납세의무자의 입장에서 판단하여야 할 뿐만 아니라, 「지방세법」 제103조의24제2항은 지방자치단체의 장이 보통징수의 방법으로 부과고지를 하기 전까지 스스로 관할 지방자치단체의 장에게 수정신고를 한 경우를 전제하고 있는 점 등을 고려하면, 위와 같은 의견은 타당하지 않다고 할 것입니다.
따라서, 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 내국법인이 「지방세법」 제103조의23제1항 및 같은 법 시행령 제100조의13 제1항에 따라 법인지방소득세를 각 사업장의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고·납부하지 않고, 본점 또는 주사무소의 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 일괄 신고·납부한 경우는 「지방세법」 제103조의24제2항의 “납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있는 경우”에 해당한다고 할 것입니다.