「지방세기본법」 제76조제1항에서 지방자치단체의 장은 납세자가 납부한 지방자치단체의 징수금 중 과오납한 금액이 있거나 「지방세법」에 따라 환급하여야 할 환급세액(지방세관계법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후 남은 금액을 말함)이 있을 때에는 즉시 그 오납액(誤納額) 또는 초과납부액 등을 지방세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」 제79조제1항에서는 납세자의 지방세환급금과 지방세환급가산금에 관한 권리는 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 같은 조 제1항의 소멸시효에 관하여는 같은 법 또는 지방세관계법에 별도의 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」을 따른다고 규정하고 있는바, 지방자치단체의 장이 법령의 개정으로 과세 근거규정이 없어졌음에도 지방세를 부과하여 납세자가 이를 납부한 경우에 지방세환급금에 대한 권리의 소멸시효 기산점인 “이를 행사할 수 있는 때”는 언제인지가 문제됩니다.
살피건대, 법령에 근거가 없는 과세처분에 의하여 납세자가 납부하거나 징수당한 오납금은 처음부터 법률상 원인 없이 납부된 것이므로 이러한 오납금에 대하여 납세자가 환급을 청구할 수 있는 권리는 납세자가 납부한 날에 발생하여
확정되었다고 할 것이고, 그렇다면 지방세환급에 관한 권리는 납부 시에 행사할 수 있으므로 그 소멸시효는 이를 행사할 수 있는 납부일부터 진행한다고 보아야 할 것입니다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91다32053 판결 및 대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두10763 판결 등 참조).
한편, 납세자로서는 과세처분의 근거가 되는 법령이 존재하는지 또는 개정되었는지를 현실적으로 알기 어렵기 때문에 지방자치단체의 장이 지방세환급금을 결정하고 납세자에게 환급결정 통지를 하여 환급대상자가 그 사실을 안 날이 권리를 행사할 수 있는 때에 해당한다는 의견이 있을 수 있으나, 일반적으로 소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 동안만은 진행하지 않는바, 권리를 행사할 수 없다고 함은 그 권리행사에 법률상의 장애사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건불성취 등이 있는 경우를 말하는 것이고, 권리의 존재나 권리행사 가능성을 사실상 알지 못하였고 알지 못함에 과실이 없다고 하여도 이러한 사유는 법률상 장애사유에 해당하지 않으므로(대법원 1992. 3. 31. 선고 91다32053 판결 등 참조), 과세처분의 법령상 근거 유무를 현실적으로 알기 어렵다고 하여도 이러한 사유는 법률상의
장애사유가 아니라 사실상의 장애사유에 지나지 않다고 할 것입니다.
따라서, 지방자치단체의 장이 법령의 개정으로 과세 근거규정이 없어졌음에도 지방세를 부과하여 납부자가 이를 납부한 경우에 지방세환급금에 관한 권리의 소멸시효 기산점인 “이를 행사할 수 있는 때”는 납세자가 지방세를 납부한 날이라고 할 것입니다.