「정부조직법」 제7조제1항ㆍ제4항 및 제23조제3항에 따르면, 각 행정기관의 장은 소관사무를 통할하고 소속공무원을 지휘ㆍ감독하도록 되어 있고, 소속청에 대해서는 중요정책수립에 관하여 그 청의 장을 직접 지휘할 수 있으며, 내국세의 부과ㆍ감면 및 징수에 관한 사무를 관장하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 국세청을 두도록 되어 있는바, 「기획재정부장관의 소속청장에 대한 지휘에 관한 규칙」 제1조에 따르면, 같은 규칙은 「정부조직법」 제7조제4항에 따라 기획재정부장관이 국세청장ㆍ관세청장ㆍ조달청장 및 통계청장에 대한 지휘를 함에 있어서 필요한 사항을 규정함을 목적으로 하고 있습니다.
한편, 「기획재정부장관의 소속청장에 대한 지휘에 관한 규칙」 제3조제1항제2호에 따르면, “국세ㆍ관세ㆍ조달 및 통계에 관한 기본통칙 및 이에 관한 훈령의 제정 및 개정”에 관해서는 미리 기획재정부장관의 승인을 받도록 하고 있고, 그 문언만을 살펴본다면 “이에 관한 훈령”은 “국세ㆍ관세ㆍ조달 및 통계에 관한 훈령” 또는 “국세ㆍ관세ㆍ조달 및 통계에 관한 기본통칙에 관한 훈령”으로 해석될 여지가 모두 있다고 할 것입니다.
그런데, 「정부조직법」 제7조제4항에서는 행정기관의 장이 소속청에 대하여 지휘할 수 있는 사항을 중요정책수립에 관한 사항으로 한정하고
있고, 「기획재정부장관의 소속청장에 대한 지휘에 관한 규칙」 제3조제1항제1호 및 제3호를 살펴보더라도 법령의 개정을 필요로 하는 중요정책에 대한 기본계획의 수립 및 변경과 국제기구의 가입 또는 국제협력ㆍ협정체결에 관한 사항을 같은 항에 따라 기획재정부장관의 승인을 받아야 하는 사항으로 정하고 있음을 고려할 때, 「기획재정부장관의 소속청장에 대한 지휘에 관한 규칙」 제3조제1항제2호 또한 같은 항 제1호 및 제3호에 준하는 중요정책수립에 관한 사항을 정한 규정이라고 보아야 할 것이므로, 같은 항 제2호에 따른 “이에 관한 훈령”을 정책과 관련된 중요성과 상관없이 국세ㆍ관세ㆍ조달 및 통계에 관한 모든 훈령으로 보기는 어렵다고 할 것이어서, 같은 항 제2호의 “이에 관한 훈령”은 “국세ㆍ관세ㆍ조달 및 통계에 관한 기본통칙에 관한 훈령”에 한정되는 것으로 보아야 할 것입니다.
따라서, 국세에 관한 훈령이기는 하나 국세 기본통칙에 관한 훈령이 아닌 훈령의 개정에 대하여 「기획재정부장관의 소속청장에 대한 지휘에 관한 규칙」 제3조제1항제2호에 따라 미리 기획재정부장관의 승인을 받아야 하는 것은 아닙니다.