우선, 이 사안과 관련된 농지보전부담금은 「농지법」이 2005. 7. 21. 법률 제7604호로 개정되기 전에는 농지조성비라는 명칭으로 부과되었고, 현행 「농지법」과 같은 내용의 농지조성비의 부과결정 및 납입통지 등에 관하여 규정하고 있었으므로 현행 「농지법」의 농지보전부담금의 부과 절차 등에 대하여 살펴보면, 「농지법」 제38조제1항제2호에서는 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자는 농지보전부담금을 내도록 되어 있고, 같은 조 제10항제2호에서는 농림수산식품부장관은 농지보전부담금을 받을 권리에 대한 소멸시효가 완성된 경우 해당 농지보전부담금에 관하여 결손처분을 할 수 있도록 되어 있습니다.
그리고, 「농지법 시행령」 제45조제2항, 제46조제1항·제2항 및 제47조제1항에 따르면 농지보전부담금의 납입대상이 되는 농지의 전용이 수반되는 인가등을 하려는 관계 행정기관의 장은 농지보전부담금의 납입을 인가등의 조건으로 하여야 하고, 이 경우 지체 없이 그 사실을 시장 등에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 시장 등은 농지보전부담금의 부과에 필요한 사항을 기재한 부과명세서 등을 농림수산식품부장관에게 통지하여 농림수산식품부장관이 농지보전부담금의 부과금액 등을 결정하여야 하고, 같은 영 제49조제1항에
따르면 농지보전부담금의 수납업무를 대행하는 한국농어촌공사는 농지보전부담금 납입의무자에게 농지보전부담금의 납입을 통지하여야 하며, 같은 조 제3항에 따르면 농지보전부담금의 납입기간은 납입통지서 발행일부터 30일로 하되, 납입의무자가 부득이한 사유로 연장을 신청한 때에는 1차에 한하여 60일의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있도록 되어 있습니다.
살피건대, 농지보전부담금을 받을 권리란 추상적으로 성립된 농지보전부담금채권을 구체적으로 확정하는 국가의 기능인 부과권과 그 이행을 강제적으로 추구하는 권능인 징수권을 모두 포함하고 있고, 다른 특별한 규정이 없는 한 위 양자가 다 같이 소멸시효의 대상이 된다고 할 것입니다(대법원 1984. 12. 26. 선고, 84누572 전원합의체 판결 참조).
그렇다면, 농지보전부담금의 부과권과 이를 통하여 확정된 농지보전부담채권의 이행을 강제하는 징수권은 모두 소멸시효의 대상이 되고, 「국가재정법」 제96조제1항 및 제3항에 따르면 이와 같은 금전의 급부를 목적으로 하는 국가의 권리에 대하여 다른 법률에 규정이 없으면 5년의 소멸시효가 적용되는 한편 그 밖의 소멸시효에 관한 사항은 「민법」의 규정이 적용됩니다.
한편, 「민법」 제166조제1항에 따르면 소멸시효는 권리를 행사할 수 있는 때로
부터 진행하고, 이 사안의 경우 농지보전부담금에 대한 권리를 행사할 수 있는 때가 언제인지를 살펴보면 구 「농지법 시행령」(1996. 12. 31. 대통령령 제15299호로 일부개정되어 1997. 1. 1. 시행된 것을 말하며, 이하 같음) 제52조제2항 및 구 「농지법 시행규칙」(1996. 12. 31. 농림부령 제1247호로 일부개정되어 1997. 1. 1. 시행된 것을 말하며, 이하 같음) 제37조제3호나목에서 농지조성비의 부과기준일이란 「건축법」에 의한 건축허가를 받은 날 등을 의미한다고 규정되어 있으므로, 건축허가를 받은 날부터 소멸시효가 진행된다고 할 수 있을 것이며,
소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하고 그 권리를 행사할 수 있는 때부터 진행하므로 권리를 행사할 수 없는 동안은 진행할 수 없다고 할 것인바, “권리를 행사할 수 없는 때”란 그 권리행사에 법률상의 장애사유, 즉, 기간의 미도래나 조건불성취 등이 있는 경우를 말하는 것이지, 사실상 그 권리의 존재나 권리행사 가능성을 알지 못하였거나 알지 못함에 있어서의 과실유무 등이 시효진행에 영향을 미치는 것은 아니라고 할 것이므로(대법원 1984. 12. 26. 선고, 84누572 전원합의체 판결 참조), 농지보전부담금의 부과나 징수에 법률상 장애가 없는 이상 소멸시효의 중
단이 있을 수 없다고 할 것이어서 이러한 소멸시효의 기산일부터 5년이 경과한 때에 소멸시효는 완성이 된다고 할 것입니다.
따라서, 구 「농지법 시행령」 제51조제1항에 따라 관계 행정기관의 장이 농지조성비의 납입을 조건으로 건축허가를 한 때에 그 사실을 해당 농지의 소재지를 관할하는 시장 등에게 통보하지 않고, 농지에 건축물이 건축된 후 14년이 경과한 경우, 「농지법」 제38조제10항제2호에 따른 농지보전부담금을 받을 권리에 대한 소멸시효가 완성된 경우에 해당한다고 할 것입니다.