「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 (2009. 2. 6. 법률 제9436호로 일부개정되어 2009. 8. 7. 시행되기 전의 것을 말함) 제12조제1항제1호에 따르면 개발제한구역에서는 대통령령으로 정하는 건축물의 건축 또는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치와 이에 따르는 토지의 형질변경에 대하여는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아 그 행위를 할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따라 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령」 (2009. 8. 5. 대통령령 제21670호로 일부개정되어 2009. 8. 7. 시행되기 전의 것을 말함, 이하 “구 개발제한구역법 시행령”이라 함) 제13조 및 별표 1에서 개발제한구역에서 건축하거나 설치할 수 있는 건축물 또는 공작물의 종류, 건축 또는 설치의 범위를 정하고 있고 있는데, 구 개발제한구역법 시행령 별표 1 제7호사목에서 「박물관 및 미술관 진흥법」 제2조제1호 및 제2호에 따른 박물관 및 미술관을 정하고 있었으므로, 구 개발제한구역법 시행령의 시행 당시에는 개발제한구역에서도 허가를 받아 박물관의 건축행위를 할 수 있었습니다.
그러나, 구 개발제한구역법 시행령이 2009. 8. 5. 대통령령 제21670호로 일부 개정되면서 같은 영 별표 1 제
7호가 삭제됨에 따라 박물관은 개발제한구역에서 건축할 수 있는 건축물에서 제외되었는데, 2009. 8. 5. 대통령령 제21670호로 개정된 같은 영 부칙 제3조제1항에서 같은 영의 시행 당시 종전의 규정에 따라 허가를 받은 경우나 허가를 신청한 경우에는 별표 1의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있는바, 이 사안에서는 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령」 (2009. 8. 5. 대통령령 제21670호로 일부개정된 것을 말하며, 이하 “개정 개발제한구역법 시행령”이라 함)의 시행 전에 개발제한구역에서 박물관 건축에 대한 허가를 받은 자가 같은 영 부칙 제3조제1항을 근거로 토지의 형질변경이 수반되는 해당 박물관의 증축을 위하여 종전의 규정에 따라 허가받은 사항을 변경하는 허가를 다시 받을 수 있는지 여부가 문제됩니다.
일반적으로 법령개정에 따라 부칙에 규정되는 경과조치는 구법질서에서 신법질서로의 이행과정에서 나타나는 제도변화와 법적 안정성을 적절히 조화시키는 한편, 특정대상에 대한 신구법령의 적용관계를 분명히 규정함으로써 법질서의 원만한 전환을 보장하는 기능을 수행하고 있는 점에 미루어 보면, 개정 개발제한구역법 시행령 부칙 제3조제1항은 개발제한구역법령이 개정되기 이전 개발제한구역에서 건축하거나
설치할 수 있었던 건축물이나 공작물 등에 대하여 허가를 받았거나 허가를 신청한 사람의 경우에는 개발제한구역에서 건축물의 건축행위나 공작물의 설치행위 등을 할 수 있다는 기대이익 또는 신뢰이익이 있었다고 보아 개정 개발제한구역법령에 따라 개발제한구역에서의 건축행위 등이 같은 법령에 적합하지 아니하게 된 경우라도 그 신뢰를 보호하는 차원에서 종전의 규정에 따라 개발제한구역에서 건축행위 등을 할 수 있도록 하거나 행위허가를 받을 수 있도록 한 것이라고 할 것입니다.
그런데, 이미 종전의 개발제한구역법령에 따라 개발제한구역에서의 박물관 건축행위에 대하여 허가신청을 하여 그 신청한 내용대로 허가를 받은 경우에는 종전의 개발제한구역법령에 따라 이미 그 허가사항이 확정되어 완료된 것으로 보아야 할 것이고, 개정 개발제한구역법령의 시행 이후 종전의 개발제한구역법령에 따라 허가를 받은 내용의 변경을 신청하는 것은 그것이 변경허가의 형식이든 신규허가의 형식이든 개정 개발제한구역법령에 따른 새로운 허가신청으로 보아야 할 것(2006. 5. 2. 법제처 06-0003 회신례 참조)인바, 이와 같은 새로운 허가신청은 종전의 규정에 따른 허가를 신청한 경우에 해당되지 않으므로 개정 개발제한구역법 시행령 부칙 제3조제1항이 적용되는 것은 아니라고 할 것입니다.
만일, 개정 개발제한구역법 시행령 부칙 제3조제1항을 근거로 구 개발제한구역법 시행령 별표 1의 범위 내에서 해당 박물관의 증축 등 종전의 허가사항을 변경하는 내용의 허가를 받을 수 있다고 한다면, 개정 개발제한구역법령에 따르면 개발제한구역에서는 박물관을 건축할 수 없음에도 불구하고 박물관의 증축 등이 가능하게 될 수 있는바, 이는 박물관의 입지자체를 제한한 개정 개발제한구역법령의 취지와 개발제한구역에서의 행위제한을 통해 도시의 무질서한 확산을 방지하고 도시 주변의 자연환경을 보전하여 도시민의 건전한 생활환경을 확보하는 것을 목적으로 하는 개발제한구역법의 목적에도 어긋난다고 할 것입니다.
따라서, 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령」 (2009. 8. 5. 대통령령 제21670호로 일부개정된 것을 말함) 시행 전에 개발제한구역에서 박물관 건축행위에 대한 허가를 받은 자가 토지의 형질변경이 수반되는 해당 박물관의 증축을 위하여 같은 영 부칙 제3조제1항을 근거로 종전의 규정에 따라 받은 박물관의 허가사항을 변경하는 허가를 다시 받을 수 없습니다.