「학교법인의 학교경영재산 기준령 시행규칙」(1997. 10. 11. 교육부령 제700호로 폐지되기 전의 것을 말하며, 이하 “학교경영재산규칙”이라 함) 제4조제1항에 따르면, 수익용 기본재산에서 생긴 수익을 계산함에 있어서는 수익용 기본재산의 총수입에서 법인운영비부담액, 교육시설비부담액, 수익용 기본재산의 감가상각비, 제세공과금 및 법정부담경비를 공제하여야 한다고 되어 있을 뿐 공제순서에 대해서는 아무런 규정이 없었습니다.
이후, 「고등학교 이하 각급학교 설립·운영 규정 시행규칙」(1997. 10. 11. 제정·시행된 것을 말하며 “구 학교설립규칙”이라 함)이 제정되면서 학교경영재산규칙은 폐지되었고(구 학교설립규칙 부칙 제2조), 구 학교설립규칙 제10조제1항에서는 학교법인의 수익의 범위는 수익용기본재산에서 생긴 총수입에서 다음 각 호의 비용을 뺀 금액으로 한다고 하면서 각 호에서 제세공과금(제1호), 법정부담경비(제2호), 교육시설비부담액(제3호), 학교법인운영비부담액(제4호), 감가상각비(제5호)를 규정하였을 뿐 역시 공제순서에 대해서는 아무런 규정을 두지 않았으며, 구 학교설립규칙 부칙 제4조제2항에서는 이 규칙 시행 당시 설립된 학교법인의 기존의 수익용기본재산에 관하여는 종전의 학교경영재산규칙 제4조의 규정에 의한다고 규정
하고 있었습니다.
그런데, 구 학교설립규칙이 개정되면서, 개정된 「학교설립규칙」(2001. 11. 20. 교육인적자원부령 제795호로 일부개정되어 2002. 3. 1. 시행된 것을 말하며, 이하 “학교설립규칙”이라 함) 제10조제1항에서는 학교법인의 수익의 범위는 수익용기본재산에서 생긴 총수입에서 다음 각 호의 비용을 같은 호의 순서에 의하여 공제한 금액으로 한다고 하면서 각 호에서 제세공과금(제1호), 법정부담경비(제2호), 교육시설비부담액(제3호), 학교법인운영비부담액(제4호), 감가상각비(제5호)를 규정하였고, 부칙에서는 이에 대한 별도의 경과조치를 규정하지 않았는바, 이 사안과 같이 구 학교설립규칙이 제정·시행되기 전에 설립된 학교법인의 기존의 수익용기본재산에서 생긴 수익의 범위에 대해서는 어떤 규정을 적용해야 하는지가 문제됩니다.
살피건대, 법률이 전부개정된 경우가 아니고 일부개정된 경우라면, 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니라고 할 것이나(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조),
경과조치 규정은 해당 법령 조항(이 사안의 경우 구 학
교설립규칙 제10조)의 개정 시점에서 신·구 법질서간의 원만한 교체를 위하여 잠정적으로 두는 것으로, 해당 법령 조항의 중요 내용이 개정되는 경우 그 효력이 상실될 수 있습니다.
그런데, 이 사안의 경우 2001. 11. 20. 학교설립규칙 개정으로 제10조에서 수익의 범위에서 공제하는 금액의 항목의 우선 순위를 정하도록 명시하는 중요한 내용의 변경이 있었고, 이로써 종전의 구 학교설립규칙 부칙의 경과조치 조항은 실효되었다고 할 것입니다.
또한, 경과조치는 일반적으로 종전의 규정에 따른 기득권 및 신뢰를 보호하기 위하여 두는 것이나, 학교법인의 수익용기본재산에서 생긴 총수입에서 비용을 공제하는 규정은 종전 규정에 따른 기득권 및 신뢰를 보호할 필요성보다는 비용 공제의 기준으로서 모든 학교법인에서 일관되게 집행될 필요성이 더 크다고 할 것이므로, 2001. 11. 20. 학교설립규칙 개정 후에도 종전 법령 부칙의 경과조치가 여전히 유효하다고 해석하여 학교의 설립시기에 따라 총수입에서 비용을 공제하는 방식을 달리하도록 할 합리적인 이유도 없다고 할 것입니다.
따라서, 1997. 10. 11. 구 학교설립규칙이 제정·시행되기 전에 설립된 학교법인의 기존의 수익용기본재산에서 생긴 수익의 범위에 대해서는 2001. 11. 20.
개정된 학교설립규칙 제10조에 따라야 할 것입니다.