「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」(이하 “특구법”이라 함) 제34조부터 제36조까지, 같은 법 시행령 제29조, 제30조 및 별표 3에 따르면, 연구개발특구의 관리를 위하여 지식경제부장관은 관할 시ㆍ도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 특구관리계획을 세우고 고시하도록 되어 있는데, 그 특구관리계획에는 연구개발특구 안의 토지용도 구분 및 관리에 관한 계획이 포함되어 있고, 이와 같은 토지용도는 주거구역, 상업구역, 녹지구역, 교육ㆍ연구 및 사업화시설구역 및 산업시설구역으로 구분되며, 지식경제부장관은 국토해양부장관 및 관할 지방자치단체의 장과 협의하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 함) 제76조에 따라 지정된 용도지역 안에서의 건축이 허용되는 건축물의 종류를 대통령령으로 정하는 바에 따라 일부 제한할 수 있고, 주거구역 중 일반주거구역의 경우 특구법 시행령 제30조제2호 및 별표 3에서 정하는 건축물 외에는 건축할 수 없도록 제한하고 있습니다.
그런데, 연구개발특구 안에서는 국토계획법 제36조에 따라 정해진 용도지역에도 불구하고 특구법 제34조제2항제3호에 따라 수립ㆍ고시된 특구관리계획에 의하여 주거구역 등 5개 구역으로 구분되어 관리되고, 이와 같이 구분된 토지용도에 따라
특구법 제36조제1항 및 같은 법 시행령 제30조에 따른 건축이 제한되는 건축물이 정해진다고 할 것인바, 이는 일반적으로 토지의 경제적ㆍ효율적 이용을 위하여 도시관리계획으로 용도지역을 결정하는 국토계획법과는 달리 연구개발특구에 대해서는 특구법 제2조제1호에 따라 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역이라는 연구개발특구의 특성을 감안하여 연구개발특구 안에서만 적용되는 별도의 토지용도로 구분하여 관리할 수 있도록 정한 것으로서, 그 용도가 구분된 토지에 대해서는 특구법에 따라 구분된 토지용도별로 별도의 건축행위 제한을 할 수 있도록 함으로써 연구개발특구의 특성에 맞는 효율적인 토지의 관리를 할 수 있도록 하기 위한 것이라고 할 것입니다.
위와 같은 특구법상 토지용도 구분 및 그 구분에 따른 건축제한의 특성을 감안할 때, 국토계획법 제76조에 따라 지정된 용도지역 안에서 건축이 허용되는 건축물이라고 하더라도 연구개발특구 안에서는 특구법 제36조제1항 및 같은 법 시행령 제30조에 따라 국토해양부장관 및 관할 지방자치단체의 장과 협의하여 특구법 제35조제1항 각 호의 구역에 대하여 쾌적한 연구환경을 유지하기 위해 일부 제한을 가한 별도의 건축제한을 받게 된다고 할 것인바, 특구법 제36조 및
같은 법 시행령 제30조의 토지용도 구분에 따른 건축제한 규정은 연구개발특구에 한정하여 국토계획법 제76조 및 같은 법 시행령 제71조에 따른 용도지역별 건축제한 규정에 대한 특별법적 성격을 갖는다고 보아야 할 것이므로, 이 사안과 같이 특구법에 따른 토지용도의 구분(일반주거구역)이 국토계획법에 따라 결정된 용도지역(자연녹지지역)과 부합하지 아니하여 발생하는 용도지역별 건폐율이나 용적률의 적용 문제 등을 해결하기 위하여 특구법 제35조제3항 등에 따라 국토계획법상 용도지역의 변경을 도시계획에 반영하여 주도록 요청할 필요가 있는지는 별론으로 하고, 특구법에서 국토계획법 제76조에 따른 건축제한 규정을 배제하는 규정을 명시적으로 두고 있지 않더라도, 연구개발특구 안에서는 국토계획법 제76조에 따른 건축제한이 아닌 특구법 제36조에 따른 건축제한이 허용되지 아니한다고 볼 수는 없다고 할 것입니다.
따라서, 특구법 제34조제2항제3호에 따른 특구관리계획에 의하여 일반주거구역으로 토지용도를 구분하여 건축제한을 하는 토지에는 특구법 제36조제1항, 같은 법 시행령 제30조제2호 및 별표 3에 따른 건축제한을 받게 되고, 국토계획법 제76조에 따라 지정된 용도지역의 건축제한은 그 적용이 배제된다고 보는 것이 타당하다고 할 것입니다.