우선, 이러한 인·허가의제 제도는 하나의 목적사업을 위하여 주된 인·허가 외에 여러 가지 법령에서 규정하고 있는 관련 인·허가 등을 받아야 하는 경우에는 주된 인·허가를 받은 때에 관련 인·허가 등의 관계 행정기관과의 협의를 거치면 해당 관련 인·허가도 함께 받은 것으로 보도록 하는 법률상의 특례제도로서 사업을 시행하는 자 등의 편의를 위하여 각종 인·허가 등의 절차를 간소화하려는 취지로 마련된 것이고, 이는 개별 법률에 규정된 인·허가제도를 그 개별 법률의 규정과 다르게 정하는 것이므로 법률로 규정하여야 합니다.
한편, 당초 의제하는 법률에 따라 인·허가 등이 의제되었으나 해당 의제된 인·허가 등의 내용이 변경되는 경우 어떤 법률에 근거하여 처리되어야 하는지가 문제될 수 있는데, 그 변경이 의제하는 법령에서 처리될 수 있는 경우가 아니라면 인·허가 등이 의제된 이후의 사항에 대해서는 의제되는 법률에 따라야 할 것이고, 인·허가 등의 의제가 해당 법령에서 정하는 처분권한의 변경을 가져오는 것은 아니므로 비록 의제되는 법률에서의 처분권자가 당초 의제되는 인·허가 등에 대해서는 협의권한만을 행사했다 하더라도 이후의 의제된 인·허가 등의 관리는 처분권자가 처분한 것과 마찬가지로 관리할 수 있다고 할 것(법제처 2009. 5. 22. 회
신 09-0426 해석례, 법제처 2010. 8. 23. 회신 10-0205 해석례 참조)입니다.
이 사안과 관련하여 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(이하 “제주도특별법”이라고 함) 제230조제1항에서 제229조에 따른 개발사업의 시행승인을 얻거나 의견을 들은 경우에 각 호에 따른 인·허가 등을 받은 것으로 보면서 의제되는 사항의 관계행정기관의 장과 미리 협의를 하도록 하고(제229조제2항), 허가 등의 의제를 받으려는 자는 개발사업의 시행승인 신청을 하는 때에 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다(제229조제5항)고 규정하고 있는 것은 사업을 시행하는 자 등의 편의를 위하여 개발사업시행승인을 할 때에 관련되는 인·허가 등의 절차도 함께 처리하도록 일원화하는 한편, 함께 처리되는 인·허가 등의 실체적인 요건 등에 대하여 개별법상의 권한 및 책임과 전문성이 있는 소관 행정기관의 검토를 받게 하려는 것입니다.
그런데, 제주도특별법 제229조제9항 본문에서는 기존의 개발사업의 내용을 변경하고자 하는 경우에 개발사업의 시행승인과 마찬가지로 제1항부터 제5항까지 및 제8항을 준용하도록 하면서 같은 항 단서에서 도조례가 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에 그러하지 아니하다고 규정하고 있
을 뿐, 인·허가 의제된 내용이 변경되는 경우 그에 대하여 같은 법 제230조와 같은 의제규정을 두거나 의제규정을 준용한다는 규정을 두지 않고 있고, 도조례가 정하는 경미한 사항의 변경으로서 개발사업 변경승인을 받지 않아도 되는 경우라면 그것이 의제된 인·허가의 변경사항에 해당되더라도 변경 인·허가 등을 받지 않아도 된다는 규정은 없으므로 당초 개발사업의 시행 승인시 의제된 인·허가 등의 개별법령에 따라 변경 인·허가 등을 받아야 할 사항이라면 각각의 개별법령에 따른 변경 인·허가 등을 받아야 할 것입니다.
만약, 위와 같은 규정이 없음에도 불구하고 이러한 경우 당초 개발사업 시행 승인시 각각 의제된 인·허가의 변경까지 의제된다고 해석한다면 변경과 관련한 의제되는 인·허가의 실체적 요건 등에 관하여 관계 행정기관의 검토를 받을 수 없게 될 것인데, 이는 인·허가 의제제도의 취지에도 맞지 않는다고 할 것입니다.
아울러, 제주도특별법 제229조제9항의 단서에서는 단지 도조례가 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 변경승인을 받지 않아도 된다고 규정하고 있어 도조례에서 어떠한 사항을 경미한 사항으로 정할지가 사전적으로 특정되지 않은 상태라는 점과 제주도특별법령상 경미한 사항에 해당한다고 하여 바로 다른 법령에서 예정하고 있는
경미한 사항으로 볼 수 없다는 점 등을 고려하면, 도조례가 정한 경미한 사항의 변경으로서 제주도특별법 제229조에 따른 개발사업 시행 변경승인을 받지 않아도 되는 사항이라고 하여 의제된 인·허가 등의 개별법령에 따른 변경 인·허가 등을 받지 않아도 되는 사항으로 볼 수 있는 것은 아닙니다.
따라서, 제주도특별법 제230조제1항에 따르면 개발사업의 시행승인을 얻은 경우에는 같은 항 각 호의 인·허가 등을 받은 것으로 의제되고, 같은 법 제229조제9항 단서에 따라 이미 승인받은 개발사업의 내용을 변경하는 경우로서 도조례로 정하는 경미한 사항에 해당하면 변경승인을 받지 않아도 되는데, 이와 같은 경미한 사항의 변경에 해당하는 내용이 개발사업의 시행승인에 따라 의제된 인·허가 등의 개별법령에 의할 때에는 변경 인·허가 등을 받아야 하는 내용에 해당한다면 그 개별법령에 따른 변경 인·허가 등을 받아야 할 것입니다.