「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “공장설립법”이라 함) 제13조제1항에 따르면 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경(이하 “공장설립등”이라 함)을 하려는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하고, 같은 법 제13조의3제2항에 따르면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 함)에 따른 용도지역 및 지구 등의 지정ㆍ변경에 관한 도시관리계획 등의 결정ㆍ고시 당시 해당 용도지역ㆍ지구 등에서 공장설립법 제13조에 따른 공장설립등의 승인을 받은 자는 승인을 받은 후에 용도지역ㆍ지구의 지정 또는 변경이 있더라도 해당 행위를 제한받지 아니하고 그 공사 또는 사업을 계속할 수 있되, 이 경우 각 해당 법령에 따른 인ㆍ허가권자는 공장설립등에 필요한 인ㆍ허가를 할 수 있다고 규정하고 있습니다.
한편, 국토계획법 제56조제1항에 따르면 건축물의 건축, 토지의 형질 변경 등에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하 “개발행위”라 함)를 하려는 자는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수의 허가(이하 “개발행위허가”라 함)를 받아야 하고, 같은 법 제63조에 따르면 국토해양부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 “도시기본계획이나 도시관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 그 도시
기본계획이나 도시관리계획이 결정될 경우 용도지역·용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역” 등에 해당되는 지역으로서 도시관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대하여는 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 1회에 한하여 3년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한할 수 있습니다.
우선 공장설립법 제13조의3제2항에 따르면 같은 조의 제목과 같이 공장설립등의 승인에 대한 특례의 하나로 국토계획법에 따른 용도지역 및 지구 등의 지정ㆍ변경에 관한 도시관리계획 등의 결정ㆍ고시 당시 해당 용도지역ㆍ지구 등에서 공장설립법 제13조에 따른 공장설립등의 승인을 받은 자는 승인을 받은 후에 용도지역ㆍ지구의 지정 또는 변경이 있더라도 해당 행위를 제한받지 아니하고 그 공사 또는 사업을 계속할 수 있되, 이 경우 각 해당 법령에 따른 인ㆍ허가권자는 공장설립등에 필요한 인ㆍ허가를 할 수 있도록 하고 있으므로, 공장설립등의 승인을 받은 경우에는 그 공장부지에 대한 용도지역·지구의 지정 또는 변경이 있더라도 공사 또는 사업의 실질적인 착수 여부와 무관하게 해당 공사 또는 사업을 계속할 수 있다 할 것이고, 해당 공장설립등의 승인 당시 의제되지 아니하였으나 공장설립등에 필요한 인·허
가, 즉 승인된 행위의 공사 또는 사업을 계속하기 위하여 필요한 인·허가에 대하여는 각 해당 법령에 따른 인ㆍ허가권자는 도시관리계획 등의 결정의 변경과 관계없이 변경 이전의 도시관리계획 등의 결정에 따라 인·허가를 할 수 있다 할 것입니다.
이는 국토계획법에 따른 용도지역 및 지구 등의 지정ㆍ변경이 있는 경우 일정한 행위 등이 제한되는 것에 대한 특례를 규정하여 공장설립등을 원활하게 함으로써 기업의 사업활동을 지원하려는 취지입니다.
한편 국토계획법 제63조제1항제3호에 따른 개발행위허가의 제한은 도시관리계획 등을 수립하고 있는 지역으로서 그 도시관리계획 등이 결정될 경우 용도지역·용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역을 대상 지역으로 하여 장차 결정될 도시관리계획 등에 부합하지 않을 수 있는 행위를 제한하여 도시계획권자의 원활한 도시계획 수립 및 개발사업 추진 등에 지장을 초래하지 않도록 하려는 것인바, 그 제한은 용도지역·지구 등의 지정·변경이 확정될 경우에 적용될 제한을 시기적으로 앞당긴 것이라 할 것입니다.
그러므로 용도지역·지구 등의 지정·변경이 있는 경우에 있어서의 일정한 행위 등의 제한에 대하여 특례를 규정한 공장설립법 제13조의3제2항은 국
토계획법 제63조제1항제3호에 따라 건축물의 건축 등에 대하여 제한을 하는 경우에도 그 제한에 대한 특례로서 적용된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이고 이렇게 보는 것이 공장설립등에 대한 특례의 하나로 규정한 공장설립법 제13조의3제2항의 규정 취지에도 부합한다 할 것입니다.
다만, 공장설립법 제13조의3제2항 후단에서 각 해당 법령에 따른 인ㆍ허가권자는 공장설립등에 필요한 인ㆍ허가를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 건축허가의 신청이 「건축법」에서 정하고 있는 제한 사유에 해당하는 경우에는 행정청은 건축허가를 거부할 수 있고, 특히 이 사안과는 별개로 토지의 형질변경행위를 수반하는 건축허가는 국토계획법 제56조제1항제2호에 따른 토지의 형질변경허가의 성질도 갖는데 국토계획법령에서 토지의 형질변경허가의 금지요건이 불확정개념으로 규정되어 있어 행정청에게 재량권이 부여되어 있으므로 행정청은 토지의 형질변경행위를 수반하는 건축허가 시 재량권을 행사하여 해당 건축허가를 거부할 수는 있습니다(대법원 2005. 7. 14. 선고, 2004두6181 판결례 참조).
따라서, 공장설립법 제13조에 따른 공장설립등의 승인 후에 시장에게 토지의 형질변경을 수반하지 않는 공장의 건축을 하려고 건축허가 신청을 한 경우로서, 시장이 그 후에 국토계획법
제63조제1항제3호에 따라 해당 공장의 건축 부지가 포함된 지역을 건축물의 건축 등의 개발행위허가를 제한하는 지역으로 고시를 한 경우라도, 시장은 해당 공장의 건축허가 신청에 대하여 국토계획법 제63조에 따른 제한의 대상에 해당된다는 사유만으로는 해당 건축허가를 거부할 수 없습니다.