우선 인·허가의제 제도는 사업을 시행하는 자 등의 편의를 위하여 각종 인·허가 등의 절차를 간소화하려는 취지로 마련된 것으로서, 하나의 목적사업을 위하여 주된 인·허가 외에 여러 가지 법령에서 규정하고 있는 관련 인·허가 등을 받아야 하는 경우에는 주된 인·허가를 받은 때에 관련 인·허가 등의 관계 행정기관과의 협의를 거치면 해당 관련 인·허가 등도 함께 받은 것으로 보도록 하는 법률상의 특례제도라 할 것이므로, 법률의 분명한 근거 규정이 없는 경우라면 인·허가의제를 하여서는 안될 것입니다.
또한, 당초 의제하는 법률에 따라 인·허가 등이 의제되었으나 해당 의제된 인·허가 등의 변경이 필요하게 된 경우 어떤 법률에 근거하여 관련 절차가 이루어져야 하는지가 문제될 수 있는데, 당초 의제하는 법률에 따라 의제된 인·허가 등의 변경까지 의제처리할 수 있는 경우가 아니라면 의제된 인·허가 등의 변경은 의제되는 법률에 따라야 할 것이고, 인·허가 등의 의제가 해당 법령에서 정하는 처분권한의 변경을 가져오는 것은 아니므로 비록 의제되는 법률에서의 처분권자가 당초 의제되는 인·허가 등에 대해서 협의권한만을 행사했다 하더라도 이후의 관리는 처분권자가 처분한 것과 마찬가지로 관리할 수 있다 할 것입니다(법제처 09-0426 해석례 참조).
「건축법」 제11조제5항제3호에서 같은 조 제1항에 따른 건축허가로 국토계획법 제56조에 따른 개발행위허가를 의제할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서 의제되는 사항의 소관 행정기관과 협의를 거치도록 규정하고 있는 것은 사업을 시행하는 자 등의 편의를 위하여 건축허가를 할 때에 관련되는 개발행위허가 절차도 함께 처리하도록 일원화하는 한편, 함께 처리되는 개발행위허가의 실체적인 요건에 대하여는 개별법상의 권한 및 책임과 전문성이 있는 소관 행정기관의 검토를 받게 하려는 것이라 할 것입니다.
그런데, 「건축법」 제16조 및 같은 법 시행령 제12조제1항제1호에서는 건축주가 같은 법 제11조나 제14조에 따라 허가를 받았거나 신고를 하고 바닥면적의 합계가 85제곱미터를 초과하는 부분에 대한 증축·개축에 해당하는 변경을 하려는 경우에는 허가권자의 허가를 받도록 규정하고 있을 뿐, 건축허가의 변경에 대하여 같은 법 제11조제5항과 같은 인·허가 의제규정을 두거나 의제규정을 준용한다는 규정도 두고 있지 아니하므로, 건축허가시 의제된 개발행위허가의 변경을 수반하는 건축허가사항에 대한 변경허가를 받더라도 당초 건축허가시 의제된 개발행위허가의 변경허가까지 당연히 의제된다고는 볼 수 없습니다.
만약, 건축허가의 변경에 대한 인·
허가 의제규정이 없음에도 불구하고 당초 건축허가시 의제된 개발행위허가의 변경까지 의제된다고 해석한다면 의제되는 개발행위허가의 실체적 요건에 관하여 관계 행정기관의 검토가 있을 수 없게 되므로 이는 인·허가 의제제도의 취지에도 맞지 않는다고 할 것입니다. 즉, 개발행위허가의 변경이 수반되는 건축허가사항을 변경하고자 하는 경우에는 「건축법」 제16조에 따른 건축허가 변경 외에 별도로 국토계획법 제56조제2항에 따른 개발행위허가의 변경도 필요하다 할 것입니다.
따라서, 「건축법」 제11조제5항제3호에 따라 건축허가시 국토계획법 제56조에 따른 개발행위허가가 의제된 후, 바닥면적의 합계가 85제곱미터를 초과하는 부분에 대한 증축을 하기 위하여 건축허가 및 개발행위허가의 변경이 필요한 경우로서 「건축법」 제16조에서 건축허가의 변경만을 규정하고 있고 건축허가의 변경에 따른 관련 인·허가 변경 의제를 규정하고 있지 아니한 경우 건축허가의 변경만을 받았다면 개발행위허가의 변경이 의제되지 않습니다.