우선 「공공기록물 관리에 관한 법률」(이하 “공공기록물관리법”이라 함)은 공공기관의 투명하고 책임있는 행정의 구현과 공공기록물의 안전한 보존 및 효율적인 활용을 위하여 공공기록물의 관리에 필요한 사항을 정하기 위하여 제정된 법률이고(제1조), 공공기록물관리법 제3조제1호에서 기록물을 관리할 의무가 있는 공공기관으로 국가기관·지방자치단체 그 밖에 대통령령이 정하는 기관을 규정하면서 같은 법 시행령 제3조 각 호에서는 국기기관, 지방자치단체 외에도 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 기관, 「지방공기업법」에 따른 지방공사 및 지방공단 등 공적 업무를 수행함으로써 국민생활에 큰 영향을 미치는 기관을 포함하고 있는 점에 비추어 볼 때, 공공기록물관리법의 적용대상인 공공기관으로서 “특별법에 의하여 설립한 법인”은 해당 법인이 특정 목적을 위하여 특별히 제정된 법률에 의하여 설립되었는지 여부에 따라서만 판단할 것이 아니라 해당 법인이 공동체 전체의 이익에 중요한 역할이나 기능을 수행하는 공공기관으로서의 특수성을 갖는지 여부에 따라 판단하여야 할 것입니다.
그렇다면 어느 법인이 이에 해당하는가는 위와 같은 공공기록물관리법의 목적 및 규정을 고려하여 해당 법인에게 부여된 업무 수행으로써 추구하는 이익이 공동체 전체의 이익에 해당하는
공익적 성격을 갖는지 여부를 중심으로 판단하되, 해당 법인이 업무와 관련하여 생산 또는 접수한 문서 등 기록물이 국가적으로 관리되고 보존되어야 할 가치가 있는 공적인 기록정보인지 여부, 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에서 법인의 조직 구성과 활동에 있어서 「민법」이나 「상법」 등에 의하여 설립된 일반 법인과 달리 취급하고 있는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것입니다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2008두5643 판결례, 법제처 2009. 5. 19. 회신 09-0107 해석례).
먼저 사립학교를 설치·경영하는 주체가 되는 학교법인은 기본적으로 「민법」상 재단법인의 성격을 가지고 있으므로 「사립학교법」이 특별히 규정하고 있지 아니한 사항에 관하여서는 「민법」의 재단법인에 관한 규정이 준용되고(「사립학교법」 제9조, 제13조, 제27조, 제42조), 「사립학교법」은 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모함을 목적으로 학교법인으로 하여금 사립학교를 설치하도록 하였으며, 사립학교는 국민의 교육받을 권리를 보장하는 핵심적 역할을 담당하므로, 그 공공성이 인정된다 할 것이나(공공기록물관리법 시행령 제3조제4호), 사립학교를 설치·경영하는 학교법인은 사립학교의 공공성을 해하지
않는 범위 내에서 설립자의 특별한 이념을 구현하거나 독자적인 건학정신에 따라 사학을 설립·운영할 자유는 물론 재산권 등의 주체가 되거나 수익사업을 할 수 있는 등 사법인(私法人)으로서의 성격을 가지는 점에 비추어 볼 때, 학교법인이 수행하는 역할이 학교법인이 설치·운영하는 각급학교에 준할 정도로 공동체 전체의 이익에 중요한 역할이나 기능에 해당하는 공공성을 갖는다고 보이지는 않습니다(대전고등법원 2007. 10. 5. 선고 2007누519 판결례).
특히 공공기록물관리법 시행령 제3조에서 각급학교는 그 공공성으로 인하여 국가 또는 지방자치단체 등과 더불어 공공기록물관리법의 적용대상 기관으로 명시하면서도 각급학교의 설치·운영을 위해 설립되는 학교법인에 대하여는 별도의 명시적 규정을 두고 있지 아니하고, 학교교육의 공공성으로 인하여 학교의 운영에 관한 자료를 보존·관리할 필요성이 있다면 이는 각급학교에 대한 규제만으로 가능할 뿐만 아니라 「사립학교법」에서는 학교법인이 공공성이 있는 각급학교를 설치·운영한다는 점을 고려하여 학교법인에게 이사회의 회의록 작성 및 공개, 예산·결산 등 회계자료의 관할청에 대한 보고 및 공시, 재산목록·대차대조표 등과 관련된 장부·서류 작성 및 비치의무 등을 부과하고 있으므로(「사립학교법」 제18조의2, 제31
조, 제32조, 제48조), 각급학교에 이르는 정도의 공공성을 지니고 있지 않은 학교법인이 위와 같은 의무 외에 학교법인 업무와 관련된 모든 자료를 국가적으로 보전·관리하여야 한다고 보는 것은 학교법인의 성격, 「사립학교법」의 취지, 공공기록물관리법의 규정 및 목적 등에 부합하지 않는다고 할 것입니다.
또한 「사립학교법」에 따른 학교법인의 이사회의 회의록 작성 및 공개의무 등 또는 「감사원법」에 따른 감사를 위한 자료제출의무 등의 불이행에 대하여는 「사립학교법」 등 개별법에 따라 그 책임을 물으면 되는 것이고, 이를 이유로 학교법인이 보유한 자료가 국가적으로 관리되고 보존되어야 할 가치가 있는 공적인 기록정보라거나 학교법인이 해당 업무과 관련된 자료를 국가적으로 보전·관리해야 할 정도의 공공성을 지닌다고 볼 수는 없다고 할 것입니다.
따라서 「사립학교법」에 따른 학교법인은 공공기록물관리법 시행령 제3조제3호의 “특별법에 의하여 설립한 법인”에 해당하지 않습니다.