먼저, 구 법인세할 주민세의 수정신고 기간에 대하여 살펴보면, 2004년 「지방세법」(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 일부개정되어 2004. 1. 1. 시행된 후 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 일부개정되기 전의 것을 말함. 이하 “2004년 「지방세법」”이라 함) 제177조의2제1항에서는 법인세할 주민세의 납세의무자는 세액을 각 사업장 소재지 시ㆍ군별로 안분계산하여 당해 사업연도 종료일부터 4월 내에 관할 시장ㆍ군수에게 신고납부하도록 규정하고 있고, 같은 법 제177조의3제1항에서는 신고납부한 법인세할 주민세의 시ㆍ군별 안분계산세액에 오류가 있음을 발견한 때에는 법인세할 주민세를 신고납부한 날부터 60일 내에 수정신고납부할 수 있다고 규정하고 있는바, 2003 사업연도 및 2004 사업연도분 법인세할 주민세는 원칙적으로 각각 2004. 4. 30. 및 2005. 4. 30.까지 신고납부하여야 하고, 동 기한 내에 신고납부한 법인세할 주민세의 안분계산세액에 오류가 있음을 발견한 경우에는 신고납부한 날부터 60일 내에 수정신고납부를 할 수 있으므로, 2003 사업연도 및 2004 사업연도분 법인세할 주민세에 대하여 신고납부한 날부터 60일이 훨씬 경과한 2010년 5월에 시ㆍ군별 안분비율 변경을 요구하는 수정신고를
할 수는 없다고 할 것입니다.
이와 관련하여, 2006년 12월 법률 제8147호로 개정된 「지방세법」(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 일부개정되어 2007. 1. 1. 시행된 것) 제177조의3제1항에서는 수정신고납부의 기한을 기존의 ‘신고납부한 날부터 60일 내’에서 시장ㆍ군수가 ‘보통징수의 방법으로 부과고지하기 전’까지로 개정하여 주민세 수정신고 기한을 연장하였으나, 이 경우에도 같은 법 부칙 제3항에서는 종전의 제177조의3제1항에 따른 수정신고납부기한이 경과하지 아니한 것부터 개정규정을 적용하도록 하였는바, 이미 신고납부 기한을 도과한 주민세에 대하여는 과거의 수정신고 기한인 신고납부한 날부터 60일 내에 수정신고를 할 수 있다고 보아야 할 것이고, 또한 2010년 당시 시행된 「지방세법」 제177조의3을 적용한다고 하더라도 시ㆍ군별 안분계산세액을 이유로 한 수정신고는 시장ㆍ군수가 부과고지하기 전까지 할 수 있는 것인데, 2003 사업연도 등에 대한 신고납부 내용 중 과부족분 등에 대하여 시장ㆍ군수의 보통징수 방법에 따른 부과고지가 있었다면 납부세액의 확정과 관련하여 수정신고를 할 수는 없다고 할 것입니다.
한편, 2004년 「지방세법」 제71조에서는 지방세 수정신고에 관한 일반적 총칙규정을 두고 있는바
, 같은 조 제1항제1호에서는 신고납부 기한 내에 지방세를 신고납부한 후 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액 등이 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날 등으로부터 60일 내에 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있습니다.
그런데, 이 건 법인세할 주민세의 납세의무 성립 및 신고납부와 관련하여 적용되는 2003년부터 2005년 당시의 「지방세법」에서는 지방세심판 제도를 두고 있지 아니하여, 문언상 같은 법 제71조제1항제1호의 확정판결등의 범위에 지방세심판의 결정이 포함된다고 보기 어렵고, 설령 2008년 2월 지방세심판 제도가 도입된 이후 2010년까지 시행된 구 「지방세법」 제71조제1항제1호에 따른다고 하더라도 법률 문언 및 같은 법 시행령 제53조의 수정신고 기산일 규정을 고려해 볼 때, 조세심판 결정에 따라 과세관련 면적 등이 변경되었다는 이유로 새로이 수정신고를 할 수 있다고 확정하기는 어렵습니다.
또한, 2004년 「지방세법」 제71조제1항제1호의 수정신고 사유를 과세요건 성립 후의 특별한 사정으로 신고납부사항을 변경할 수 밖에 없는 사유로 해석한다고 하더라도(대법원 2003. 6. 27. 선고 2001두10639 판결례 참조), 신고납부기한 내에 불가피하게 과소 또는
과다 신고납부를 한 납세자에게 사후에 일정기간 동안 특정한 사유가 발생한 경우 신고납부한 내용을 변경할 기회를 부여하여 신고납부 제도를 보충하려는 수정신고 제도의 취지상, 조세심판 결정 행위가 있다는 이유만으로 해당 결정 내용과 다른 이유를 들어 새로이 수정신고를 할 수 있다거나 신고납부 제도와 연계하지 않고 수정신고가 무한정 허용되는 것으로 볼 수도 없다고 할 것입니다.
다음으로, 지방세 부과의 제척기간과 수정신고납부 제도의 관계를 살펴보면, 지방세 부과의 제척기간이란 조세법률관계의 조속한 안정을 위하여 과세권자의 부과권을 일정기간 동안만 존속하도록 하는 것이므로, 신고납부한 과세표준 등에 오류가 있을 때 이를 스스로 정정할 수 있는 기회를 주어 납세자 권리보호와 신고납부 제도 정착을 도모하는 수정신고납부 제도와는 별개의 제도라고 할 것인바, 과세권자가 부과권을 행사할 수 있는 기간이 판결확정 등의 이유로 연장되었더라도 해당 확정판결 등의 대상이 된 사유와 별개의 사유로 해당 기간 안에 같은 법 제71조 또는 제177조의3에 따른 수정신고가 당연히 가능한 것으로 볼 수는 없다고 할 것입니다.
그리고, 구 법인세할 주민세나 현행의 법인세분 지방소득세는 세액이 시ㆍ군별로 안분되어 있어 특정 시ㆍ군의 세액변동은 다른 시군에 영향
을 미치게 되는바, 세액을 안분하는 시ㆍ군 중 2004년 「지방세법」 제30조의4제2항과 같은 부과의 제척기간의 예외사유에 해당하는 사항이 없어 같은 조 제1항에 따른 부과의 제척기간이 만료된 시ㆍ군에 대하여, 신고납부한 시ㆍ군별 안분세액에 오류가 있다는 이유로 수정신고가 가능한지 살펴보면, 각 시ㆍ군은 법인세할 주민세 또는 현행의 법인세분 지방소득세에 대해서 안분된 부분에 관하여는 독립된 과세권을 가지고 있다고 할 것이고, 제척기간은 지방세 부과의 법률관계의 안정을 위하여 마련된 것이므로 특별한 사유가 없는 한 제척기간이 만료되면 법률관계는 확정되었다고 할 것이어서, 제척기간 도과로 시ㆍ군별 안분비율에 따라 안분된 세액에 관한 조세채권이 확정되었다면 이로써 납세의무는 확정되었다고 할 것이므로, 제척기간이 만료되지 않은 시ㆍ군에서 일정 세액이 변경되었다고 하여 제척기간이 도과한 시ㆍ군에까지 안분비율 재산정 등을 이유로 하는 수정신고가 당연히 가능하다고 볼 수는 없다고 할 것입니다.
따라서, 2003 사업연도 및 2004 사업연도분 구 법인세할 주민세(현 법인세분 지방소득세에 해당하는 분)와 관련하여, 납세의무자가 기한 내에 신고납부한 세액의 과부족 등을 이유로 해당 지방세의 제척기간 만료 전에 과세관청이 보통징수 방법에 따른 부과고지를
하고, 이후 조세심판원에서 세액이 안분된 특정 시ㆍ군의 사업장 면적과 관련된 경정결정을 한 후 과세관청이 감액경정을 한 경우, 납세의무자는 시ㆍ군별 안분세액에 오류가 있다는 이유로 각 시ㆍ군의 사업장 면적 등 새로운 사항을 추가하여 시ㆍ군별 안분율을 재산정하고 신고납부기한의 다음 날부터 5년이 경과한 2010년 5월 이후에 사업장이 소재하는 각 시ㆍ군에 수정신고를 할 수는 없습니다.