「항만법」 제9조제2항에서는 국토해양부장관이 아닌 자(이하 “비관리청”이라 함)가 항만시설의 신설·개축·유지·보수·준설(浚渫) 등에 관한 공사(이하 “항만공사”라 함)를 시행하려는 경우에는 항만공사계획을 작성하여 국토해양부장관의 허가를 받도록 하면서 같은 조 제6항에서는 그 허가 사실을 고시하도록 하고 있고, 같은 법 제10조제2항에서는 비관리청이 항만공사실시계획을 수립하려면 국토해양부장관의 승인을 받도록 하고 있습니다.
한편, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 “경제자유구역법”이라 함) 제9조에 따르면, 경제자유구역에서 실시되는 개발사업의 시행자는 경제자유구역 지정의 고시일 또는 경제자유구역개발계획의 변경고시일부터 2년 이내에 경제자유구역개발사업의 실시계획을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 받도록 하고 있습니다.
그런데, 「항만법」 제85조에 따르면, 같은 조 제1항에서는 국토해양부장관이 같은 법 제9조제6항에 따라 항만공사의 허가 사실을 고시한 경우에는 같은 법 제85조제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여 경제자유구역법 제9조에 따른 실시계획의 승인 등의 인·허가가 의제되도록 하면서, 「항만법」 제85조제3항에서는 국토해양부장관이 같은 법 제10조제2항에 따라 항만공사실시계획의 승
인을 할 때 그 내용에 같은 법 제85조제1항 각 호의 어느 하나에 해당되는 인·허가 의제의 대상 사항이 포함되어 있는 경우에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다고 규정하고 있습니다.
그렇다면, 「항만법」 제85조의 문언상 국토해양부장관이 같은 법 제9조제6항에 따라 항만공사의 허가 사실을 고시한 경우라도 같은 법 제10조제2항에 따라 항만공사실시계획의 승인을 할 때 경제자유구역법 제9조에 따른 실시계획의 승인에 대하여 관계 행정기관의 장과 협의한 경우에만 해당 인·허가가 의제되는 것이라 할 것입니다.
아울러 「항만법」 제85조에 규정되어 있는 것과 같은 인·허가의제 제도는 사업을 시행하는 자의 편의를 위하여 각종 인·허가 등의 절차를 간소화하려는 취지로 마련된 것으로서 이러한 인·허가 등의 의제가 해당 법령에서 정하는 처분권한의 변경을 가져오는 것은 아니므로 의제되는 인·허가 등의 실체적인 요건에 대하여는 그 의제되는 인·허가 등의 소관 행정기관에서 검토하는 절차가 필요하다 할 것인바, 해당 인·허가 등의 의제를 위해서는 일반적으로 의제되는 인·허가 등의 소관 행정기관의 장과의 협의를 거치도록 하는 규정을 두고 있습니다.
이와 같이 「항만법」 제85조에서도 의제되는 인·허가 등의 권한을 가지고 있는 관계 행정
기관의 장과 협의한 사항에 대하여만 의제되도록 규정하고 있고, 협의의 상대방이 그 인·허가 등에 대한 원래의 권한자인 점을 감안하면 이러한 협의는 단순한 의견청취나 정책협의의 의미가 아니라 당해 인·허가 등의 효과를 발생시키는 데 대한 원래의 권한자의 동의를 의미한다 할 것이므로 그러한 협의를 거치지 않거나 협의가 성립되지 않는 경우에는 해당 인·허가 등의 의제 효과가 발생한다고 볼 수는 없다 할 것입니다(법제처 2007. 2. 16. 회신, 06-0390 해석례 참조).
따라서 비관리청이 경제자유구역 내에서 항만공사의 시행허가를 받아 「항만법」 제9조제6항에 따라 그 허가 사실이 고시되고 같은 법 제10조제2항에 따라 해당 항만공사의 실시계획이 승인된 경우라도 「항만법」 제85조제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의하지 않으면 같은 조 제1항제2호에 따라 경제자유구역법 제9조에 따른 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받은 것으로 의제되지 않습니다.