먼저, 관련 규정의 문언을 중심으로 살펴보면, 「사립학교법」 제5조에서는 학교법인은 그 설치·경영하는 사립학교에 필요한 시설·설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 하고(제1항), 같은 조 제1항에 규정한 사립학교에 필요한 시설·설비와 재산에 관한 기준은 대통령령으로 정한다(제2항)고 규정하고 있고, 이에 따라 「고등학교 이하 각급 학교 설립·운영규정」(이하 “설립·운영규정”이라 한다) 제1조에서는 「사립학교법」 제5조에 따라 학교법인이 설립·경영하는 사립학교의 경영에 필요한 재산의 기준 등에 관한 사항을 규정함을 그 목적으로 규정하고 있고, 설립·운영규정 제13조에서는 사립의 각급학교를 설립ㆍ경영하는 학교법인이 확보하여야 하는 수익용기본재산 등에 관하여 규정하고 있는바, 위 규정들은 당연히 사립학교법인에 대하여 적용할 것을 전제로 하여 규정된 것이 문언상 명확하고 의무교육기관을 설치·운영하는 법인에 대하여 그 적용을 배제한 바도 없으므로, 의무교육기관을 설치·운영하는 학교법인에 대하여도 적용된다 할 것입니다.
다음으로, 「사립학교법」 제2조 및 제3조에 따르면 학교법인이 설치·운영할 수 있는 학교가 의무교육기관에 한정된다고 할 수 없고, 「사립학교법」 제29조제1항에 따르면 학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에
속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분하도록 규정하여 의무교육과 관련된 경비 외에도 학교법인 자체 경영에 필요한 경비도 운영하도록 되어 있어 의무교육기관을 운영하는 학교법인은 의무교육기관의 교원보수나 의무교육과 관련된 경비 외에도 해당 법인의 장기적 발전을 위한 투자나 일반적으로 의무교육기관에서 기대할 수 있는 교육의 질을 넘어 사립학교가 제공하는 교육의 질을 담보하기 위한 투자 등 「사립학교법」 제5조에 따른 학교의 “경영”에 필요한 비용 마련을 위해 수익용기본재산을 확보하도록 할 필요가 있다고 할 것이며, 그 경영에 필요한 수익용기본재산을 확보하는 것이 사립학교의 자주성을 확보하고 건전한 발전을 목적으로 하는 「사립학교법」의 목적에도 부합한다고 할 것입니다. 따라서, 사립학교가 수익용기본재산을 확보하도록 하는 위 규정의 목적이 필연적으로 사립학교에서 설치·운영하는 의무교육기관 교원의 보수와 의무교육관련 비용 충당과 관련된다고 보기 어렵다고 할 것이므로, 「지방교육 자치에 관한 법률」 제37조제1항 규정과 상충된다고 할 수 없습니다.
다음으로, 학교법인은 수익용기본재산을 갖추도록 한 「사립학교법」 제5조 및 설립·운영규정 제13조가 의무교육대상자를 위탁받은 사립학교의 설립·경영자는 의무교육을 받는 자에 대하여 수업료를 받을
수 없다는 「초·중등교육법」 제12조제4항과 상충되는지 여부에 대해 살펴보면, 「초·중등교육법」 제12조제4항은 의무교육을 받는 자에게 무상의무교육을 제공할 것을 규정한 것일 뿐 의무교육을 제공하는 자에게 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추도록 하는 것을 금지하는 규정이 아니므로, 위 수익용기본재산 확보규정이 「초·중등교육법」의 규정과 상충되는 것은 아닙니다.
따라서, 「지방교육자치에 관한 법률」 제37조제1항에 따르면 의무교육에 관련되는 경비는 국가 및 지방자치단체가 부담하도록 하고 있고 「초·중등교육법」 제12조제4항에 따르면 의무교육을 위탁받은 사립학교는 의무교육을 받는 자로부터 수업료를 받을 수 없도록 규정하고 있음에도 불구하고, 의무교육기관을 설립·운영하는 학교법인에게도 「사립학교법」 제5조와 「고등학교 이하 각급학교 설립·운영규정」 제13조의 수익용기본재산 확보규정이 적용된다 할 것입니다.