우선, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다)과 「내수면어업법」의 관계를 살펴보면, 공익사업법은 공익사업에 필요한 토지등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모함을 목적으로 하고(제1조), 「내수면어업법」은 내수면어업에 관한 기본적인 사항을 정하여 내수면을 종합적으로 이용ㆍ관리하고 수산자원의 보호ㆍ육성을 도모함으로써 어업인의 소득증대에 기여함을 목적으로 하여(제1조), 양자는 별개의 목적과 별개의 규율대상을 가지는 법률이라 할 것이므로, 어느 한 법률이 다른 법률의 적용을 배제한다거나 다른 법률에 우선하여 적용된다고 볼 수 없습니다.
다음으로, 공익사업법에 따른 재결의 효과를 살펴보면, 공익사업법은 그 적용대상으로 어업권 또는 물의 사용에 관한 권리를 취득 또는 사용하는 경우를 정하고 있고(제3조제3호), 어업권 또는 물의 사용에 관한 권리에 대해 사업시행자가 토지수용위원회에 재결을 신청하려는 경우 수용재결을 신청할 것인지 사용재결을 신청할 것인지는 사업인정된 사업계획에 따라 사업시행자가 스스로 결정하여 신청해야 하며(법 제28조제1항 및 영 제12조제
1항제5호), 토지수용위원회의 재결이 있으면, 그 수용 또는 사용의 개시일에 사업시행자는 해당 재결의 대상이 된 어업권 또는 물의 사용에 관한 권리를 취득 또는 사용할 수 있게 되어 기존의 권리자가 가지고 있던 어업권 또는 물의 사용에 관한 권리는 재결에 따라 소멸되거나 그 행사가 제한되는바(제45조제1항, 제2항), 사업시행자가 신청하는 재결의 형태가 수용재결이면 내수면어업 허가의 취소에 상응하는 결과가 발생하고, 사용재결이면 내수면어업 허가의 정지나 제한에 상응하는 결과가 발생한다고 할 것입니다.
그렇다면, 사업시행자가 구하는 재결의 형태에 따라 보상의 범위가 결정될 수 있다고 할 것이므로, 물의 사용에 관한 권리와 같이 수용 또는 사용의 대상이 되는 권리 등에 대하여 별도로 행정처분의 취소나 제한 등을 할 필요는 없다고 할 것입니다.
그리고, 토지수용위원회의 재결에 따라 기존의 권리자가 가지고 있던 내수면어업에 관한 권리는 공익사업법 제45조제1항에 따라 재결로 정해진 수용 또는 사용의 개시일에 소멸하거나 그 행사가 제한되는바, 재결 신청 전에 내수면어업 허가의 취소나 제한과 같은 별도의 행정처분이 없어도 재결에 기초해 실시되는 공익사업의 지위가 불안정해지는 문제가 생긴다고 볼 수도 없으므로, 내수면어업의 허가권자가 반드시
재결 신청 전에 내수면어업 허가를 제한ㆍ정지ㆍ취소해야 한다고 볼 필요는 없습니다.
한편, 「내수면어업법」 제16조는 내수면어업 허가에 대한 제한등을 시장등의 재량사항으로 정하고 있으므로, 내수면어업 허가에 대한 제한등이 토지수용위원회에 재결 신청을 하기 전에 이루어져야 한다고 본다면, 시장등이 내수면어업 허가에 대한 제한등을 하지 않는 경우 재결 신청을 할 수 없게 되는 문제가 있습니다.
따라서, 내수면어업의 허가를 받은 사람과 공유수면의 사용을 위한 협의가 이루어지지 않아 사업시행자가 토지수용위원회에 재결신청을 하려는 경우, 재결신청을 하기 전에 내수면어업 허가가 반드시 제한ㆍ정지ㆍ취소될 필요는 없다고 볼 것입니다.