○ 「학교용지확보 등에 관한 특례법」 제2조제3호에서는 “학교용지부담금”이란 개발사업에 대하여 시·도지사가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 “부담금”이라 함)라 정의하고, 같은 법 제5조제1항 본문에서는 시·도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과·징수할 수 있다고 규정하면서, 같은 법 제5조제4항제1호에서는 시·도지사는 개발사업시행자가 제3조제3항에 따른 교육감 의견으로 제시된 학교용지를 교육비특별회계에 기부채납하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다고 규정하고 있습니다.
○ 한편, 「학교용지확보 등에 관한 특례법」 제4조제3항에서는 제1항에 따른 부담금 부과·징수의 방법·절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제5조의2제4항에서는 납부고지서의 서식 그 밖에 부담금의 부과·징수에 관하여 이 영에 규정하지 아니한 사항은 시·도의 조례로 정한다고 규정하고 있는바, 법령에서 부담금의 환급에 관하여 규정한 바는 없습니다.
○ 그런데, 「지방세법」 제47조에서는 지방자치단체의 장이 같은 법 제46조에
의하여 환부이자를 계산하는 경우에 그 기산일을 규정하고 있는바, 같은 법 제47조제1호 본문은 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 지방자치단체징수금의 환부금에 있어서는 그 납부 또는 납입일의 익일로 정하고, 같은 법 제47조제2호는 적법하게 납부 또는 납입된 지방세에 대한 감면으로 인한 과오납금에 있어서는 그 결정일의 익일로 정하고 있습니다.
○ 「학교용지확보 등에 관한 특례법」과 같은 법 시행령의 규정으로 보면 학교용지부담금의 환급에 관하여는 조례에 따라야 한다고 볼 것이나, 부담금의 환급이 「지방세법」에 따라서만 이루어진다면, 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」 제5조제1항에 따라 시·도지사가 학교용지부담금을 부과·징수한 이후에 개발사업시행자가 학교용지를 기부채납함으로 인해 시·도지사가 같은 조 제4항제1호에 따라 학교용지부담금을 면제하고 이미 징수한 학교용지부담금을 환급하고자 할 때, 환부이자 산정 기산일이 「지방세법」 제47조제1호에 따라 결정될 것인지, 「지방세법」 제47조제2호에 따라 결정될 것인지 문제될 수 있습니다.
○ 학교용지부담금의 최초 부과 이후에 협의과정에서 기부채납하기로 시·도지사와 개발사업시행자가 합의하여 시·도지사가 학교용지부담금을 면제하기로 결정하였다면, 이는 학교용지
부담금의 부과 당시에는 취소 또는 경정사유 없이 적법하게 부과되었다가 그 이후 사정변경에 의하여 면제가 이루어졌다고 볼 것이고, 또한, 학교용지부담금의 면제가 최초의 부과처분을 취소하는 형식으로 규정된 것이 아닌 이상, 학교용지부담금의 부과와 면제는 별개의 처분이라고 할 것입니다.
○ 그리고, 「지방세법」 제47조제2호에서 감면의 사유에 대하여 제한하고 있지 않으므로 학교용지부담금의 면제결정이 이루어진 이상 그 결정이 학교용지부담금의 납부 이후에 기부채납으로 인하여 이루어졌다고 하더라도 같은 호에 정한 감면에 해당한다고 볼 것입니다.
○ 따라서 학교용지부담금 납부 이후 기부채납으로 인하여 학교용지부담금을 면제한 경우, 그 환급에 대하여 「지방세법」만을 따른다면, 환부이자의 기산일에 관하여는 「지방세법」 제47조제2호가 적용된다고 할 것으로서 학교용지부담금의 면제결정이 있은 날(기부채납으로 인해 소유권이 이전된 날 행정청이 감면하였다면 그 날)의 익일부터 환급이자가 가산된다고 할 것입니다.