「조세특례제한법」 제121조의9제1항 각 호 외의 부분에서는 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자의 경우에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 취득세 등을 감면한다고 규정하면서, 제1호에서 “「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조에 따라 지정되는 제주투자진흥지구에 2015년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업”을 규정하고 있고, 「조세특례제한법」 제121조의9제3항제1호에서는 같은 항 제1호에 따른 감면대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대해서 취득세 세액 전액을 감면하도록 규정하고 있습니다.
한편, 「조세특례제한법」 제121조의12제1항제4호에서는 사업용 재산을 취득한 날부터 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 3년 이내에 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(이하 “제주특별법”이라 함) 제217조에 따른 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9에 따라 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바,
이 사안은 제주투자진흥지구로 지정되기 전에 과세물건을 취득하는 경우에도 「조세특례제한법」 제121조의9제1항제1호에 따라 취득세를 감면받을 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 「조세특례제한법」 제121조의9제1항에서는 취득세의 감면 요건을 규정하면서, 같은 항 각 호 외의 부분에서는 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 “하기 위한 투자”를 취득세 감면대상으로 규정하고 있고, 같은 항 제1호에서는 “지정되는 제주투자진흥지구”라 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세물건의 취득 시점에는 해당 구역이 제주투자진흥지구로 지정되어 있지 않더라도 그 과세물건의 취득 목적이 추후 제주투자진흥지구로 지정되는 구역의 사업장에서 하는 사업을 하기 위한 것이라면 취득세의 감면대상이 된다고 할 것입니다.
또한, 「조세특례제한법」 제121조의12제1항제4호에서는 사업용 재산을 취득한 날부터 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 3년 이내에 제주투자진흥지구로 지정 받지 못한 경우에 같은 법 제121조의9에 따라 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는데, 이는 제주투자진흥지구로 지정되기 전에 취득한 과세물건에 대해서도 취득세를 감면할 수 있음을 전제로 하는 규정으로서, 제주투자진흥지구로 지정되기 전에 과세물건을 취득하여 취득세를 감면받은 경우로서 3년 이내에 제주투자진흥지구로 지정되는 경우에는 감면한 취득세를 추징하지 않는다는 취지라 할 것입니다.
아울러, 제주특별법 제217조 및 그 위임을 받은 「제주특별자치도 제주투자진흥지구의 지정 및 해제에 관한 조례」에 따르면, 제주특별자치도지사는 투자자가 희망하는 지역 또는 투자유치를 촉진하는 데 유리한 지역으로서 일정 조건을 갖춘 지역을 제주투자진흥지구로 지정할 수 있고, 특히 투자자의 경우에는 개발사업시행예정자로 지정되거나 개발사업시행 승인 또는 관련 인ㆍ허가 등을 받은 사실이 있어야만 제주특별자치도지사에게 제주투자진흥지구 지정 신청을 할 수 있도록 하고 있으며, 그 신청은 공사 착수일부터 6개월 이내에 하도록 하고 있는바, 투자자가 제주투자진흥지구 지정을 신청하는 경우에는 사전에 토지 매입, 착공 등의 투자 절차가 선행되는 것이 일반적이라 하겠습니다.
그렇다면, 과세물건의 취득시점이 제주투자진흥지구 지정 전이라는 사유로 취득세 감면대상이 될 수 없다고 해석하기보다는, 제주투자진흥지구로 지정되기 전에 과세물건을 취득하는 경우에도 해당 투자의 목적, 규모 등이 감면 요건에 부합하는지를 종합적으로 고려하여 취득세를 감면받을 수 있도록 하는 것이 제주투자진흥지구에 입주하는 기업에 세제지원을 함으로써 투자를 촉진하려는 「조세특례제한법」 제121조의9의 입법취지에 보다 부합하는 해석이라 하겠습니다(2002. 1. 26. 법률 제6643호로 전부개정되어 2002. 4. 1. 시행된 구 「제주국제자유도시특별법」 개정이유서 및 2002. 4. 20. 법률 제6689호로 일부개정되어 같은 날 시행된 구 「조세특례제한법」 개정이유서 참조).
이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 제주특별법 제217조에 따른 제주투자진흥지구로 지정되기 전에 과세물건을 취득하는 경우에도 「조세특례제한법」 제121조의9제1항제1호에 따라 취득세를 감면받을 수 있다고 할 것입니다.