「지방세기본법」 제47조제2호에서는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 과점주주라 한다고 규정하고 있고, 「지방세법」 제7조제1항에서는 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 “부동산등”이라 함)을 취득한 자에게 부과한다고 규정하면서, 같은 조 제5항에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제47조제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 함)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니함)한 것으로 본다고 규정하고 있습니다.
한편, 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항제3호에서는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다. 이하 “지주회사”라 함)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사(이하 “자회사”라 함)의 주식을 취득하는 경우에는 2015년 12월 31일까지 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바,
이 사안은 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항제3호 본문에 따라 취득세가 면제되는 “지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우”가 지주회사가 그와 이미 자회사의 관계에 있는 법인의 주식을 추가로 취득하여 자회사의 과점주주가 된 경우만을 의미하는 것인지, 아니면 지주회사가 어떤 법인의 주식을 최초로 취득하여 과점주주가 됨과 동시에 그 법인을 자회사로 지배하는 경우도 포함하는지에 관한 것이라 하겠습니다.
먼저, 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것입니다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결례 참조).
그런데, 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항은 기업소유구조의 개선을 위하여 지주회사에게 세제지원혜택을 주는 취지의 규정으로서(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 일부개정되어 2000. 1. 1. 시행된 「조세특례제한법」 국회 심사보고서 및 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 일부개정되어 2015. 1. 1. 시행된 「지방세특례제한법」 국회 심사보고서 참조), 취득세 부과에 대한 특례를 정한 규정이고, 그 문언상 “지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우”라 규정하여 이미 지주회사와 자회사의 관계에 있는 경우만을 취득세 감면의 요건으로 규정하고 있는데, 이는 지주회사가 그와 이미 자회사 관계에 있는 회사의 주식을 추가적으로 취득하여 그 실질지배력을 강화하는 방식으로 구조조정을 하는 경우에 그 혜택을 부여하려는 취지로 이해됩니다.
더구나, 이 사안과 같이 지주회사가 자회사가 아닌 다른 회사의 주식을 취득함으로써 취득세 부과 대상이 된 경우에는 비록 주식의 취득과 동시에 두 회사가 지주회사와 자회사의 관계에 있게 된다 하더라도 주식의 취득 시점에 그 다른 회사가 지주회사의 자회사가 아닌 사실은 명백하다 할 것이므로, 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항의 감면요건에 해당하지 않는다 할 것입니다.
따라서, 지주회사가 법인의 주식을 최초로 취득하여 그 법인을 자회사로 지배함과 동시에 그 법인의 과점주주가 되는 경우는 「지방세특례제한법」 제57조의2제5항제3호 본문에 따라 “과점주주가 취득세를 면제받을 수 있는 경우”에 해당하지 않습니다.