「수목원 조성 및 진흥에 관한 법률」(이하 “수목원법”이라 함) 제7조제1항에 따르면 시·도지사는 수목원을 조성하려는 자의 신청을 받으면 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 수목원조성계획을 승인할 수 있고, 같은 조 제4항에 따르면 시·도지사는 수목원조성계획을 승인하거나 변경승인하려면 제8조 각 호의 사항을 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 하며, 같은 법 제8조에 따르면 제7조제1항 또는 제2항에 따라 수목원조성계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위의 허가(제1호), 「건축법」 제11조에 따른 건축허가 및 같은 법 제20조에 따른 가설건축물의 건축허가 또는 신고(제2호) 등을 받거나 신고한 것으로 보고 있는바,
이 사안에서는 수목원을 조성하려는 자가 수목원법 제8조 각 호에 규정된 허가·신고·인가 등의 의제효과를 배제한 채 같은 법 제7조에 따른 수목원조성계획의 승인만을 먼저 받은 다음, 추후 같은 법 제8조 각 호에 규정된 허가·신고·인가 등을 해당 근거법률에 따라 별도로 받을 수 있는지가 문제될 수 있습니다.
우선, 인ㆍ허가 의제제도는 복합민원이나 대규모 개발사업과 같이 하나의 목적사업을 수행하기 위하여 여러 법률에서 규정된 인ㆍ허가 등을 받아
야 하는 경우 관할 행정관청과 관련 행정절차를 일원화함으로써 종합적 관점에서 검토하고, 행정의 효율성과 국민의 편의를 도모하려는 취지에서 도입된 것으로서 일반적으로 주된 인ㆍ허가가 있으면 다른 법률에 따른 인ㆍ허가가 있는 것으로 보도록 의제하고 있는바(법제처 2009. 11. 27. 회신 09-0353 해석례 참조), 수목원법 제8조의 인·허가 등 의제규정도 민간부문의 수목원 조성사업을 활성화하기 위하여 수목원 조성 신청자의 편의를 도모하기 위하여 도입되었으므로(2001. 2. 국회 농림해양수산위원회, 수목원조성및진흥에관한법률안 심사보고서) 일반적인 인·허가 의제제도의 맥락에서 해석되어야 할 것입니다.
이러한 관점에서 볼 때, 수목원법 제7조제4항에서 시·도지사로 하여금 수목원조성계획을 승인하려면 같은 법 제8조 각 호의 의제대상 인·허가 관련 사항을 미리 관계 행정기관의 장과 협의하도록 하고, 같은 법 시행규칙 제5조제1항제4호에서 수목원을 조성하려는 자에게 그 협의에 필요한 관련서류를 제출하도록 한 것은 시·도지사가 수목원조성계획을 승인함에 있어서 수목원을 조성·운영하기 위하여 다른 법령상의 인·허가가 필요한 경우 그 실체적 요건을 함께 검토하라는 의무를 부과한 것이고(법제처 2011. 1. 20. 회신 10-0489 해석례 참조),
그러한 관련 인·허가 검토는 수목원법 제7조제4항에 따른 관계 행정기관의 장과 협의의 방식을 취할 수 있도록 하고, 그 효과로서 같은 법 제8조에 따른 의제대상 인·허가를 받은 것으로 보게 되는 것이므로, 수목원조성계획을 승인할 때 수목원법 제8조 각 호의 사항 중 관련서류를 제출하지 아니한 등의 이유로 관계 행정기관의 장과의 협의를 거치지 않았거나 협의가 성립되지 않는 사항에 대하여는 인·허가 등이 의제되었다고 볼 수는 없을 것입니다.
나아가, 인·허가제도의 취지에 비추어보면, 의제대상 인·허가 등으로 규정되어 있다 하더라도 반드시 인·허가의제 제도를 통해서만 해당 인·허가등을 받아야 하는 것은 아니라 할 것이고, 개별 법령의 절차에 따라 별도로 해당 인·허가 등의 신청을 하는 것이 관련 법령에 저촉되는 것도 아니라 할 것이므로(법제처 2010. 2. 1. 회신 09-0426 해석례 참조), 수목원법 제8조 각 호에서 정한 허가·신고·인가 등이 수목원조성계획의 승인 여부에 중대한 영향을 줄 수 있는 불가분의 관계에 있는 경우를 제외하고는, 수목원조성계획의 승인기준에 맞다면, 개별법에 따른 인·허가 등과 관련하여 관계 행정기관의 장과의 협의를 거치지 않았거나 협의가 성립되지 않는 사항에 대해서는 추후 해당 근거법률에 따라 별도로 허가를
받도록 할 수 있다고 할 것입니다.
한편, 수목원법에서는 제8조에서 수목원조성계획 승인의 효과로서 의제대상 인·허가를 받은 것으로 보도록 규정하고, 같은 법 시행규칙 제5조제1항에서도 법 제7조제1항에 따라 수목원을 조성하려는 자는 별지 제1호서식의 수목원조성계획승인신청서에 사업계획서(제1호) 및 법 제8조 각 호의 해당법률에서 정한 허가·신고·인가 등의 협의에 필요한 관련서류(제4호의2) 등을 첨부하여 시·도지사에게 제출하도록 규정하고 있고, 인·허가 의제제도의 이용 여부를 신청인의 선택에 맡기는 규정이나 다른 행정기관의 장과 협의한 사항에 한정하여 그 인·허가 등을 받은 것으로 보도록 하는 규정이 없으므로 수목원조성계획의 승인과 의제대상 인허가를 분리하여 받을 수 없다는 의견이 있을 수 있으나, 인·허가 의제제도는 국민의 편의를 위한 제도로서 해당 제도의 이용을 강제한다면 사정상 각 호의 인·허가 등을 별도로 받으려는 자에 대해서는 오히려 위와 같은 입법취지가 몰각되는 결과를 초래한다는 점, 인·허가 등 의제의 효과도 협의가 이루어진 의제대상 인·허가에 한정하여 발생한다는 점, 수목원조성계획 승인 및 변경승인 기준을 정한 같은 법 시행령 별표 2에서도 사업계획의 구체성·타당성 등을 규정하면서 다른 법령에 따른 인·허가를 모두 갖출
것을 요구하는 것은 아니라 다른 법령과의 저촉 여부만을 판단기준으로 제시하고 있다는 점 등을 고려할 때, 그러한 의견은 타당하지 아니하다고 할 것입니다.
따라서, 수목원을 조성하려는 자는 수목원법 제8조 각 호에서 정한 허가·신고·인가 등이 수목원조성계획의 승인 여부에 중대한 영향을 줄 수 있는 불가분의 관계에 있는 경우가 아니라면, 같은 조 각 호의 해당 법률에서 정한 허가·신고·인가 등의 의제효과를 배제한 채 같은 법 제7조에 따른 수목원조성계획의 승인만을 먼저 받은 다음, 추후 같은 법 제8조 각 호에 규정된 허가·신고·인가 등을 해당 근거법률에 따라 별도로 받을 수 있다고 할 것입니다.