중소기업청 - 특구계획의 변경으로 공유수면 점용ㆍ사용 허가의 변경을 의제할 수 있는지 여부(「「지역특화발전특구에 대한 규제특례법」제40조제1항등 관련)

「지역특화발전특구에 대한 규제특례법」(이하 “지역특구법”이라 함) 제11조제1항에서는 지역특화발전특구(이하 “특구”라 함)의 지정ㆍ고시가 있으면 지역특화발전특구계획(이하 “특구계획”이라 함)의 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제40조제1항에서는 특구토지이용계획이 포함된 특구계획의 승인을 받으면 특화사업자는 같은 항 각 호의 허가 등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 같은 항 제7호에서는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가를 인ㆍ허가 의제 대상의 하나로 규정하고 있습니다. 한편, 지역특구법 제51조제1항에서는 특구관할지방자치단체의 장이 승인된 특구계획의 내용을 변경하려면 같은 법 제4조부터 제6조까지를 준용하여 중소기업청장에게 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 특구계획의 내용을 변경하려면 특구위원회의 심의ㆍ의결을 거치도록 규정하고 있으나, 특구계획의 변경에 대해서는 같은 법 제40조제1항과 같은 인ㆍ허가를 의제하는 규정을 두고 있지는 않은바, 이 사안은 지역특구법 제51조제1항 본문에 따라 특구계획을 변경하는 경우 같은 법에 인ㆍ허가의 변경을 의제하는 규정이 없음에도 불구하고, 특구계획을 변경하면서 공유수면 점용ㆍ사용 허가 처분권자와의 협의 절차를 거친다면, 특구계획의 변경만으로 공유수면 점용ㆍ사용허가의 변경까지 의제될 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다. 먼저, 인ㆍ허가의제 제도는 인ㆍ허가를 받으려는 자 등의 편의를 위하여 각종 인ㆍ허가 등의 절차를 간소화하려는 취지로 마련된 것으로서, 하나의 목적사업을 위하여 주된 인ㆍ허가 외에 여러 가지 법령에서 규정하고 있는 관련 인ㆍ허가 등을 받아야 하는 경우에는 주된 인ㆍ허가를 받은 때에 관련 인ㆍ허가 등의 관계 행정기관과의 협의를 거치면 해당 관련 인ㆍ허가 등도 함께 받은 것으로 보도록 하는 인ㆍ허가의 절차와 권한에 관한 법률상의 특례 제도라 할 것이므로, 인ㆍ허가 의제가 허용되기 위해서는 법률에 명시적 근거가 있어야 할 것입니다(대법원 1995. 10. 13. 선고 95도1562 판결례 및 법제처 2010. 8. 23. 회신 10-0205 해석례 참조). 그런데, 지역특구법 제51조에서는 특구계획의 변경에 대하여 같은 법 제40조제1항과 같은 인ㆍ허가 의제규정을 두거나 의제규정을 준용한다는 규정을 두고 있지 않습니다. 아울러, 인ㆍ허가 의제의 효과에 따라 주된 인ㆍ허가에 따른 절차만 거치면 되고, 의제되는 인ㆍ허가에 따른 절차는 거치지 않아도 되는데(대법원 1992. 11. 10. 선고, 92누1162 판결례 참조), 인ㆍ허가에 따른 행정절차는 관련 공익뿐만 아니라 해당 인ㆍ허가에 이해관계가 있는 제3자의 이익도 보호하기 위한 절차인바, 법적 근거 없이 유추해석을 통해 인ㆍ허가를 의제함으로써 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조제3항 및 같은 법 시행령 제7조제2항과 같이 인ㆍ허가에 이해관계가 있는 제3자의 이익을 보호하기 위한 절차를 생략하게 된다면 이는 적법절차의 원칙에 비추어도 타당하지 않다고 할 것입니다. 이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 지역특구법 제51조제1항 본문에 따라 특구계획을 변경하는 경우 같은 법에 인ㆍ허가의 변경을 의제하는 규정이 없다면 공유수면 점용ㆍ사용 허가 처분권자와의 협의 절차를 거치더라도 특구계획을 변경하는 것만으로는 당초 특구계획 승인 시 의제된 공유수면 점용ㆍ사용허가의 변경까지 의제되는 것은 아닙니다.