구 「농지법」(2005. 7. 21. 법률 제7604호로 일부개정되어 2006. 1. 22. 시행되기 전의 것을 말하며, 이하 “종전 농지법”이라 함) 제40조제1항제4호에서는 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하고자 하는 자는 그 전용하고자 하는 농지에 상당하는 농지의 조성에 소요되는 비용(이하 “농지조성비”라 함)을 납입하도록 하고 있었는데, 2005. 7. 21. 법률 제7604호로 일부개정된 「농지법」(이하 “개정 농지법”이라 함) 제40조제1항제4호에서는 이 경우 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 함)을 납입하도록 하면서 부칙 제3조에서 같은 법 제40조의 개정규정은 이 법 시행(2006. 1. 22.) 후 최초로 농지전용허가(다른 법률의 규정에 의하여 농지전용허가가 의제되는 인가 또는 허가를 포함하며, 이하 같음)를 신청하는 것부터 적용한다고 규정하였고, 그 후 2007. 4. 11. 법률 제8352호로 전부개정된 「농지법」(이하 “전부개정 농지법”이라 함) 제38조제1항제4호에서는 동일한 농지보전부담금 규정을 두면서 부칙에서 개정 농지법 부칙 제3조를 승계하는 규정을 별도로 두지 않았는바, 2006. 1. 22. 전에 농지전용허가가 의제되는 인가 또는 허가 신청
이 있었다면 농지조성비와 농지보전부담금 중 어떤 것을 납입하게 하여야 하는지가 문제될 수 있습니다.
살피건대, 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 법률이 전부개정되는 경우에는 종전 법률의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이나, 전부개정된 법률에서 종전 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도 규정을 두거나, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전 법률 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전부개정된 법률의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등 그 밖의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 종전 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 존속한다고 할 것입니다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168판결 참조).
먼저, 개정 농지법 부칙 제3조의 입법 경위 및 취지를 살펴보면, 이는 농지조성비가 농지보전부담금으로 변경되면서 그 산출방법과 구체적인 액수가 변경(개정
농지법 개정이유서 참조)되었음에도 불구하고 개정 농지법의 시행 전부터 이미 진행되기 시작한 사실관계에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 함으로써 기존에 형성되거나 형성 중인 법률관계에 대하여는 개정 농지법이 적용되지 않도록 한 것으로, 종전에 농지전용허가를 신청한 자의 기득권 및 신뢰를 법적으로 보호하려는 취지로 보입니다.
다음으로, 전부개정 농지법의 입법 취지를 살펴보면, 이는 법적 간결성·함축성과 조화를 이루는 범위에서 법 문장의 표기를 한글화하고 어려운 용어를 쉬운 우리 말로 풀어쓰며 복잡한 문장은 체계를 정리하여 쉽고 간결하게 다듬고(전부개정 농지법 개정이유서 참조) 법률 내용상의 본질적인 변화 없이 법적 간결성과 명료성을 제고하려는 것으로(2007. 2. 국회 농림해양수산위원회 농지법 전부개정법률안 검토보고서 참조), 농지보전부담금 부과와 관련하여 정책적 판단에 변화가 있었던 것으로 보이지는 않습니다.
한편, 국민의 재산권을 침해하는 등 불리한 법령의 소급적용은 금지된다고 할 것이나, 법 개정 시에 완성 또는 종결되지 않은 사안에 적용하는 것은 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없을 것이고, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보
다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있으며(대법원 2000. 3. 10. 선고 97누13818 판결 등 참조), 이러한 신뢰보호의 원칙 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 할 것입니다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 판결 참조).
그렇다면, 2006. 1. 22. 전에 농지전용허가가 의제되는 인가 또는 허가 신청을 한 자는 개정 농지법 부칙 제3조에 따라 농지조성비 부과 대상에 해당하였고, 나아가 2007. 4. 11. 전에 실제로 농지전용허가가 의제되는 인가 또는 허가가 있었다면 농지조성비를 납부하여야 할 법적 지위에 있었다고 할 것인데, 그 후 2007. 4. 11.에 전부개정이 있었다고 하여 개정 농지법 부칙 제3조가 실효되고 농지보전부담금을 납입하여야 한다고 해석한다면 소급입법 여부가 문제될 수 있을 뿐 아니라, 전부개정의 취지가 위에서 살펴본 바와 같이 농지조성비나 농지보전부담금에 대한 정책적 변경을 의도한 것이 아니므로 이에 대한 당사자의 신뢰
를 박탈할 만한 사유는 없다고 보는 것이 합리적인바, 개정 농지법 부칙 제3조의 효력이 존속한다고 볼 특별한 사정이 있다고 인정된다고 할 것입니다(법제처 2010. 7. 26. 회신 10-0208 해석례, 법제처 2010. 4. 2. 회신 10-0045 해석례 및 법제처 2011. 7. 7. 회신 11-0245 해석례 참조).
따라서, 2006. 1. 22. 전에 농지전용허가가 의제되는 인가 또는 허가 신청이 있었고, 전부개정 시행(2007. 4. 11.) 전에 인가 또는 허가가 되었다면 농지조성비를 납입하게 하여야 할 것입니다.