「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(2011. 4. 4. 법률 제10529호로 일부개정되어 2011. 8. 5. 시행된 것을 말하며, 이하 “경제자유구역법”이라 함) 제14조의3 및 제18조 단서에서는 경제자유구역과 관련된 산업단지에 관한 정책이 혼란 없이 이루어질 수 있도록 경제자유구역 지정 전에 개발이 진행 중인 산업단지의 개발절차와 경제자유구역 내 산업단지에 대한 기반시설 지원에 대해서는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」을 따르도록 함으로써 경제자유구역법과 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 간의 관계를 명확히 하는 한편, 시ㆍ도지사의 요청으로 새로 경제자유구역을 지정하는 경우 지식경제부장관이 관계 행정기관의 장과 협의하는 절차(경제자유구역법 제4조제4항) 외에 산업단지에 관한 사항은 사전에 국토해양부장관과의 협의 및 산업입지정책심의회의 심의를 거치도록 하여(경제자유구역법 제4조제3항), 가급적 그 목적ㆍ대상 및 절차가 달리 규정되어 있는 경제자유구역과 산업단지가 중복 지정되는 것을 최소화하려고 하고 있습니다.
위와 같이 개정된 경제자유구역법은 그 시행일부터 효력을 가지게 될 것이나, 같은 법 부칙 제2조에서는 여러 단계로 나누어져 있는 경제자유구역 지정 절차를 밟고 있는 건들 중 구체적으로 어떤 단계에 있는 건부터
같은 법 제4조제3항에 따른 협의 절차를 거치도록 할 것인지를 정해 주기 위하여 적용례 규정을 두고 있는바, 구체적으로는 같은 법 제4조제3항에 해당하면 협의 절차를 거치도록 하되, 이 법 시행 전에 경제자유구역위원회의 심의ㆍ의결이 이루어져 이미 확정된 경제자유구역개발계획에 대해서는 적용하지 않고, 이 법 시행 후에 확정되는 경제자유구역개발계획부터 이 조항을 적용한다는 것을 분명히 하고 있습니다.
다만, 이 사안에서는 경제자유구역법 제4조제3항을 준용하고 있는 같은 법 제7조제3항 단서 및 제2호에 대하여 부칙에서 언급하고 있지 아니하여 의문이 있을 수 있으나, 법 전체에 적용되는 일반적 적용례와는 달리, 개별적으로 적용례를 둘 때에는 각각의 조문별로 그 필요성을 확인하여 그 조문을 명시하여 적용례를 두게 되는 점을 고려할 때, 적용례에 해당 조문이 언급되지 않았다면 그 조문은 적용례가 적용되지 않는다고 보아야 할 것이므로, 부칙 제2조에서 같은 법 제4조제3항만을 명시하여 규정하고 같은 법 제7조제3항 단서 및 제2호는 명시하고 있지 않은 이상, 부칙 제2조는 경제자유구역의 지정과 관련된 적용례라고 할 것이고, 같은 법 제7조제3항 단서 및 제2호에서 같은 법 제4조제3항을 준용하도록 하고 있다고 하더라도 준용은 일정 조문의 내용을
그 성질이 유사한 규율 대상에 대해 그 성질에 따라 다소 수정하여 적용하는 데에 그치는 것이지, 해당 조문에서 준용하고 있는 조문에 대한 부칙 규정까지 함께 적용된다고 보기는 어려우므로, 부칙 제2조가 같은 법 제7조제3항 단서 및 제2호에 대하여 적용된다고 볼 수는 없습니다.
그리고, 경제자유구역법 제7조에 따른 경제자유구역개발계획의 변경은 같은 법 제4조에 따른 경제자유구역개발계획의 확정 및 경제자유구역의 지정과는 그 사유 및 요건 등이 다른 점을 고려할 때, 경제자유구역개발계획의 확정 및 경제자유구역의 지정과 경제자유구역개발계획의 변경은 각각 독립된 별개의 행위라 할 것이므로, 이 법 시행 전에 경제자유구역개발계획이 확정되어 부칙 제2조에 따라 같은 법 제4조제3항의 협의 절차를 거치지 않았다고 하여 그 이후 변경 절차에서 같은 법 제4조제3항의 협의 절차를 배제할 이유도 없어 보입니다.
더욱이, 경제자유구역법 제4조제4항에 따라 경제자유구역개발계획의 확정 및 경제자유구역 지정 행위가 있은 후 경제자유구역개발사업이 완료될 때까지는 많은 시간이 소요되고 그 동안 경제자유구역개발계획이 수차례 변경될 수 있으므로, 이 법 시행 전에 경제자유구역개발계획이 확정되면 그 이후의 변경 절차에서도 같은 법 제4조제3항의 협의 절차를 모두
배제하여야 한다고 보는 것은 불합리할 뿐만 아니라, 이 법 시행 전에 지정된 경제자유구역 내의 산업단지에 관한 사항을 변경할 때에는 같은 법 제4조제3항의 협의 절차를 모두 적용할 수 없게 되어, 국토해양부장관과의 사전 협의 등을 통하여 가급적 경제자유구역과 산업단지가 중복 지정되지 않도록 하려는 등의 입법목적을 달성할 수 없게 될 우려도 있습니다.
따라서, 경제자유구역법의 시행 전에 지정된 경제자유구역 내의 산업단지면적을 같은 법 시행 후에 100분의 10 이상 증가하기 위하여 같은 법 제7조에 따라 경제자유구역개발계획을 변경할 때에는 같은 법 제4조제3항에 따른 국토해양부장관과의 협의 및 산업입지정책심의회의 심의를 거쳐야 한다고 할 것입니다.