「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제1항 본문에 따르면 폐수배출시설을 설치하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환경부장관의 허가를 받거나 환경부장관에게 신고하여야 하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제31조제1항에서는 설치허가를 받아야 하는 폐수배출시설을 특정수질유해물질이 발생되는 폐수배출시설(제1호) 등으로 정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 폐수배출시설의 설치신고를 하여야 하는 경우로 같은 조 제1항에 따른 설치허가 대상 폐수배출시설 외의 폐수배출시설을 설치하는 경우(제1호) 등을 규정하고 있습니다.
또한, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제2호에 따르면 “비점오염원”이란 도시, 도로, 농지, 산지, 공사장 등으로서 불특정 장소에서 불특정하게 수질오염물질을 배출하는 배출원을 말하고, 비점오염원의 설치신고와 관련하여 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제53조제1항제2호에 따르면 대통령령이 정하는 규모 이상의 사업장에 제철시설, 섬유염색시설, 그 밖에 대통령령이 정하는 폐수배출시설을 설치하는 자는 환경부령으로 정하는 바에 따라 환경부장관에게 신고하여야 하고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제72조제3항 및 제4항에서 규모에 대해서는 부지면적이 1만 제곱미터 이상인 사업장을, 폐수배출시설에 대해
서는 「통계법」 제22조에 따른 표준분류 중 각 호의 어느 하나의 업종에 해당하는 사업장에 설치하는 폐수배출시설을 각각 규정하고 있으며, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제53조제3항에 따르면 같은 조 제1항에 따라 신고 또는 변경신고를 한 자(이하 “비점오염원설치신고사업자”라 함)는 환경부령이 정하는 시점까지 환경부령이 정하는 기준에 따라 비점오염저감시설을 설치하여야 하고, 같은 법 시행규칙 제73조제1항제2호에 따르면 같은 법 제53조제1항제2호에 따른 폐수배출시설 설치 사업자는 폐수배출시설 설치허가 또는 변경허가를 받은 날부터 15일 이내에 환경부장관에게 신고하여야 한다고 규정하고 있습니다.
그런데, 비점오염원의 관리를 위한 비점오염원 설치신고 제도는 2006. 4. 1.에 시행된 개정 수질환경보전법에 도입되었고, 개정 수질환경보전법 부칙 제3조에서 비점오염원의 설치신고에 관한 같은 법 제53조의 개정규정은 같은 법 시행 후 최초로 같은 법 제33조제1항에 따라 폐수배출시설의 설치허가의 신청 또는 신고를 하는 사업자부터 적용한다고 규정되어 있는바,
이 사안에서는 구 수질환경보전법에 따라 폐수배출시설 설치의 신고를 한 사업자가 해당 폐수배출시설에서 특정수질유해물질이 발생하게 되어 2006. 4. 1. 이후 「수질 및
수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제1항 및 같은 법 시행령 제31조제1항제1호에 따라 폐수배출시설 설치의 허가를 받은 경우, 해당 사업자는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제53조제1항제2호 및 개정 수질환경보전법 부칙 제3조에 따른 비점오염원의 설치신고 대상에 해당하는지가 문제될 수 있습니다.
살피건대, 법령 부칙의 적용례 규정은 새로 제정되거나 개정된 법령의 적용 대상과 시기를 구체적으로 명기함으로써 해석상 논란을 사전에 방지하기 위하여 두고 있는 것인데, 구 수질환경보전법에 따라 폐수배출시설 설치신고를 했다가 위 법률의 개정 후에 폐수배출시설 설치허가를 받은 사업자는 문언상 개정 수질환경보전법 부칙 제3조에서 개정규정의 적용대상으로 정하고 있는 “이 법 시행 후 제33조제1항에 따라 폐수배출시설의 설치허가의 신청을 하는 사업자”에 해당한다고 할 것이고, 위 부칙 제3조는 개정 수질환경보전법 시행 후 설치허가 신청 또는 신고를 기준으로 하고 있고 종전의 규정에 따라 신고를 통해 해당 시설의 설치를 완료한 자는 제외한다는 등의 규정도 없어 종전의 신고에 의해 설치한 폐수배출시설의 신규 설치나 변경이 있는지 여부는 본직절인 요소가 아니라 할 것이므로, 위 사업자는 비점오염원의 신고제도에 관한 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법
률」 제53조 및 개정 수질환경보전법 부칙 제3조의 적용을 받는다고 할 것입니다.
또한, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제53조제3항, 같은 법 시행령 제72조제3항 및 제4항에서 일정 규모 이상으로서 일정 업종에 해당하는 사업장에 폐수배출시설을 설치하는 자는 비점오염원의 설치신고를 하도록 하고, 비점오염원설치신고사업자는 비점오염저감시설을 설치하도록 하고 있는바, 이는 전체 수질오염물질 발생량의 약 30퍼센트를 차지하나 관리되고 있지 않는 비점오염원을 관리할 수 있는 법적 근거를 마련하고자 일정 규모 이상의 도시개발사업 등과 폐수배출시설을 설치하는 사업장은 오염방지시설의 설치를 의무화한 것[개정 수질환경보전법의 개정이유서 참조]으로, 비점오염원 설치신고의 취지를 고려할 때 개정 수질환경보전법 제53조 개정규정의 적용례 대상인 사업자로서 폐수배출시설 설치허가를 받은 자는 비점오염원 설치신고 대상에 해당한다고 보아야 할 것입니다.
아울러, 구 수질환경보전법에 따라 폐수배출시설 설치신고를 했다 하더라도 수질 및 수생태계 보전에 관한 법령에서 정하는 폐수배출시설 설치의 허가와 신고는 각각 그 대상이나 요건을 달리한다는 점에서 폐수배출시설 설치허가는 신고와는 다른 별개의 행정행위이므로, 해당 사업자는 “허가”를 받음으로써 “폐수
배출시설을 설치하는 자”에 해당하게 되는 것이고, 구 수질환경보전법에 따라 폐수배출시설 설치신고를 했다고 하여 개정 수질환경보전법의 적용을 배제할 수는 없다고 할 것입니다.
따라서, 구 수질환경보전법에 따라 폐수배출시설 설치의 신고를 한 사업자가 해당 폐수배출시설에서 특정수질유해물질이 발생하게 되어 2006. 4. 1. 이후에 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제1항 및 같은 법 시행령 제31조제1항제1호에 따라 폐수배출시설 설치의 허가를 받은 경우, 해당 사업자는 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제53조제1항제2호 및 개정 수질환경보전법 부칙 제3조에 따른 비점오염원의 설치신고 대상에 해당한다고 할 것입니다.