먼저, 개발허가를 취소할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 「먹는물관리법」 제12조의2제2항제1호에서 시·도지사는 제9조에 따라 샘물등의 개발허가를 받은 자가, 허가를 받은 후 2년 이내에 정당한 사유 없이 샘물등을 개발하지 아니하거나 먹는샘물등의 제조업의 허가를 받지 아니한 경우 허가를 취소할 수 있다고 하고 있는바, 문언상 같은 조 제1항에서 시·도지사는 제9조에 따라 샘물등의 개발허가를 받은 자가 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 샘물등의 개발허가를 받거나 샘물등의 개발허가 유효기간의 연장을 받은 경우에는 허가를 취소하여야 한다고 규정한 점과 비교하여 보면, 같은 조 제1항은 시·도지사에게 허가 취소를 의무화한 것으로 보이고, 이에 반하여 같은 조 제2항은 시·도지사에게 허가를 취소할 수 있도록 하여 시·도지사에게 허가 취소에 대한 재량권을 부여한 것으로 보입니다.
다음으로, 반드시 취소하여야 하는지 여부에 대하여 살펴보면, 일반적으로 수익적 행정행위의 취소 또는 철회는 국민의 기득권을 침해하는 것이 되므로, 비록 취소 등의 사유가 있다고 하더라도 그 취소권 등의 행사는 기득권의 침해를 정당화할 만한 중대한 공익상의 필요 또는 제3자의 이익보호의 필요가 있는 때에 한하여 상대방이 받는 불이익과 비교·교량하여 결정하여야 하
고, 그 처분으로 인하여 공익상의 필요보다 상대방이 받게 되는 불이익 등이 막대한 경우에는 재량권의 한계를 일탈한 것으로서 그 자체가 위법하게 되는바(대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두10251 판결 등 참조), 이 건 사안의 경우에도 이미 부여한 샘물등의 개발허가라는 수익적 행정행위를 취소하는 경우에 해당하므로, 비록 취소 사유가 법령에 규정되어 있더라도 그 취소권 등의 행사는 기득권의 침해를 정당화할 만한 중대한 공익상의 필요 또는 제3자의 이익보호의 필요가 있는 때에 한하여 상대방이 받는 불이익과 비교·교량하여 재량의 범위 내에서 결정하여야 합니다.
따라서, 「먹는물관리법」 제9조에 따른 샘물등의 개발허가를 받은 후 2년 이내에 정당한 사유 없이 같은 법 제12조의2제2항제1호에 따른 먹는샘물등의 제조업 허가를 받지 아니하였고, 같은 호 단서 규정에도 해당하지 않는 업체에 대하여, 시·도지사가 재량의 범위 내에서 여러 사정을 고려하여, 샘물등의 개발허가를 취소할 수 있되, 반드시 취소하여야 하는 것은 아닙니다.