○ 「지방세법」 제137조제1항제2호에서는 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인이 등기를 받을 때에는 설립과 불입의 경우 불입한 출자총액 또는 재산가액의 1,000분의 2를, 출자의 총액 또는 재산의 총액의 증가의 경우 불입한 출자 또는 재산가액의 1,000분의 2를 등록세로 납부하도록 규정하고 있습니다.
○ 그러나, 동법 제127조제1항제3호에서는 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이는 사회복지법인을 단독으로 설립하거나, 기존의 사회복지법인간의 합병을 통하여 사실상 새로운 법인을 설립하는 경우 그에 대한 세제지원을 통하여 사회복지법인의 설립을 장려하고 활성화하려는 취지입니다.
○ 한편, 동법 제127조제1항제3호에서는 등록세의 비과세대상으로 사회복지법인의 설립과 합병의 등기를 규정하고 있는 반면에 사회복지법인의 설립 후 자산 증가 등에 따른 변경등기는 명시하고 있지 아니하여 동호의 규정에 의한 “설립과 합병의 등기”에 변경등기가 포함되는지 여부가 문제가 됩니다.
○ 그러나, 「민법」 제52조에서는 동법 제49조제2항의 규정에 의한 설립등기사항 중에 변경이 있는 때에는 3주간 내에 변경등기를 하여야 한다고 규정하고 있는바, 이는 설립등기와 변경등기는 각각 별개의 사유로 이루어짐을 의미합니다.
○ 또한, 「지방세법」 제124조에서는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 부과한다고 규정하여 취득에 따른 등기와 변경
에 따른 등기를 구분하여 과세대상으로 명시하고 있고, 동법 제137조제1항제2호에서는 새로운 설립 또는 합병으로 인하여 존속하는 비영리법인이 등기를 받을 때에 납부하여야 하는 등록세의 세율을 설립의 경우와 출자 총액 또는 재산 총액의 증가의 경우를 구분하여 명시하고 있는 점을 고려할 때, 법인의 설립 또는 합병등기와 변경등기는 별개의 등록세 과세대상으로 보아야 할 것입니다.
○ 결국, 동법 제127조제1항제3호의 규정에 의한 등록세의 비과세 혜택은 사회복지법인의 설립을 장려하기 위하여 새로운 사회복지법인의 설립등기 또는 기존 법인의 소멸과 사실상 새로운 사회복지법인의 설립인 합병에 따른 등기에 대하여만 세제지원을 하는 것이고, 설립 후 운영과정에서 발생하는 변경등기까지 세제지원을 하려는 취지는 아니라 할 것이므로, 사회복지법인이 설립등기 후 자체적인 자산 증가에 따른 변경등기를 하는 경우에는 동호의 규정이 적용되지 아니하고 동법 제137조제1항제2호의 규정에 의한 등록세의 대상이 됩니다.