행정자치부 - 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호(과점주주의 취득세가 면제되는 지주회사의 범위) 관련

(1) 질의 가 및 나의 공통사항 ○ 「지방세법」 제105조제6항에 따르면, 법인(「한국증권선물거래소법」 제2조제1항의 규정에 의한 유가증권시장에 상장한 법인을 제외함. 이하 “비상장법인”이라 함)의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보고 있고, 같은 법 제22조제2호에 따르면, 과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들로 정의하고 있습니다. ○ 「지방세법」에서 비상장법인의 과점주주에 대하여 취득세를 부과하는 것은 비상장법인의 과점주주는 해당 법인의 자산에 대한 관리ㆍ처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 해당 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하기 위한 것입니다(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2005헌바45 참조). ○ 그런데 「조세특례제한법」 제120조제6항에서는 「지방세법」 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 법인의 과점주주를 취득세 납세의무자로 본 「지방세법」 제105조제6항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서 과점주주에 해당하게 된 사유의 하나로 같은 항 제8호에서 “「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 「금융지주회사법」에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우”를 규정하고 있습니다. ○ 「조세특례제한법」에서 지주회사인 과점주주에 대하여 취득세를 면제하는 입법취지는 수직적으로 단순한 출자구조를 갖고 있는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 함)에 따른 지주회사체제가 순환출자구조를 가지고 있는 기존 대규모기업집단에 비해 부실기업의 신속한 퇴출과 연쇄도산위험이 감소되는 등 기업소유구조가 개선될 수 있다는 점에서 세제지원혜택을 통하여 지주회사의 설립 및 그 전환을 지원하기 위한 것입니다. ○ 한편, 공정거래법 제2조제1호의2에서는 “지주회사”란 주식 또는 지분의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사라고 하고 있고, 구 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 (2007. 11. 2. 대통령령 제2 0360호로 개정되기 전의 것, 이하 “공정거래법 시행령”이라 함) 제2조제1항에 따르면, “대통령령이 정하는 금액이상인 회사”를 “직전 사업연도 종료일(당해 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일을 말한다) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사”로 규정하고 있으며(이하 “자산규모요건”이라 한다), 같은 조 제2항은 “주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 당해 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다”라고 규정하고 있습니다(이하 “지주비율요건”이라 함). ○ 또한 공정거래법 제8조에 따르면, 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 공정거래위원회에 신고하여야 하고, 같은 법 시행령 제15조제1항제4호에서는 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 그 신고기한을 당해 사업연도 종료 후 4월 이내로 하고 있습니다. (2) 질의 가에 대하여 ○ 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에서는 과점주주에 해당하게 되는 사유로서 ①공정거래법에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 ②지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우를 규정하고 있으므로, 과점주주의 취득세가 면제되기 위하여는 ①지주회사가 됨으로 인하여 과점주주가 되는 경우 또는 ②이미 성립된 지주회사가 자회사의 주식을 추가로 취득함으로써 비로소 과점주주가 되는 경우라고 할 것입니다. ○ 그런데 “지주회사가 되거나”의 의미를 주식을 취득하는 시점에 이미 지주회사여야 한다고 해석한다면 같은 호의 뒷부분 “지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우”와 동일한 의미가 되므로 “지주회사가 되거나”라는 별도의 규정을 둔 이유를 설명할 수 없게 되고, 만일 장차 지주회사로 전환할 것을 목적으로 주식을 취득하고 있는 막연한 상태의 회사도 포함된다고 해석한다면 같은 항 제8호 이외의 각 호에서 규정하듯이 “주식 또는 지분을 취득하는 경우”라고 하지 않고 “지주회사가 되거나”라고 달리 규정하고 있는 것을 설명할 수 없습니다. ○ 따라서 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호의 앞부분에서는 주식을 취득함으로써 최초로 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 된 경우를 규정한 것으로 보아야 하고, 해당 규정 뒷부분은 이미 지주회사인 회사가 자회사 법인 의 주식등을 취득하여 과점주주가 된 경우를 구별하여 규정하고 있는 것으로 보아야 합니다. ○ 또한 공정거래법 시행령 제2조제1항에 따르면 지주회사의 요건이 되는 자산규모요건을 “직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액”을 기준으로 하고 있고, 같은 조 제2항에서도 지주비율요건을 “직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액”을 기준으로 하고 있어 주식취득으로 인하여 과점주주가 된 때에 바로 그 회사가 지주회사인지를 판단하여 취득세 면제여부를 결정할 수 있으므로, 취득 당시의 사실과 법령에 따라 취득세를 부과하는 취득세 부과절차에도 부합될 수 있습니다. ○ 그러므로 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사에는 아직 지주회사로 성립되지 아니한 회사는 포함되지 아니하나, 주식취득으로 인하여 공정거래법 제2조제1호의2와 같은 법 시행령 제2조제1항 및 제2항의 요건을 갖춘 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 되는 회사는 포함된다고 할 것입니다. (3) 질의 나에 대하여 ○ 공정거래법상 지주회사의 설립은 처음부터 금지되어 있지 않고, 다만 출자제한 등 경제력집중억제를 위한 각종 행위제한만이 있을 뿐이며, 신고를 하지 않은 경우 신고의무위반에 따른 벌칙규정이 적용될 뿐(공정거래법 제68조) 지주회사로서 활동을 할 수 없다거나 행위제한의무가 부과되지 않는 것은 아니라는 점, 같은 법 시행령 제15조제4항에 따르면 지주회사로서 사업연도 중 공정거래법에 따른 지주회사의 기준에 해당하지 아니하게 되는 회사가 공정거래위원회에 신고한 경우에는 해당 사유가 발생한 날부터 이를 지주회사로 보지 아니한다는 규정을 종합해보면, 지주회사가 된 자의 신고는 공정거래위원회가 지주회사에게 부과된 각종 행위제한 의무의 이행 여부를 효과적으로 감시·감독할 수 있도록 하기 위하여 부과하는 신고일 뿐이므로, 이를 지주회사의 성립요건으로 볼 수 없습니다. ○ 따라서 공정거래법 제2조제1호의2와 같은 법 시행령 제2조제1항 및 제2항의 요건을 갖추면 공정거래법에 따른 지주회사가 된다고 할 것이고, 같은 법 제8조에서 규정하고 있는 지주회사의 신고는 지주회사를 설립하기 위한 창설적 의미의 신고가 아니라 이미 성립한 지주회사의 명칭, 그 자회사의 명칭, 주식소유현황 및 사업내용 등(공정거래법 시행령 제15조제1항 참조)의 관련 정보를 사후적으로 제공하는 보고적 의미의 신고라고 할 것입니다. ○ 「지방세법」 제120조제3항에서는 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액을 신고하고 납부하여야 한다”고 하고 있고, 같은 법 제30조의4제1항 및 같은 법 시행령 제14조의2제1항에 따라 과세관청은 취득세의 신고, 납부 및 감면신청의 적정성을 조사·검토하여 조세탈루 사실이 밝혀진 경우에는 신고기한으로부터 5년 내에 다시 취득세를 부과·징수할 수 있다고 되어 있으므로, 주식취득으로 인하여 지주회사가 되었다고 신고하였으나 이후 지주회사가 아님이 판명된 경우에는 면제된 취득세를 「지방세법」에 따라 부과·징수할 수 있으며, 따라서 「조세특례제한법」상 특별한 추징규정을 두고 있지 않아 조세포탈의 문제가 발생할 수 있다는 이유로 공정거래위원회에 대한 신고나 그에 따른 회신을 기다려 지주회사의 성립여부를 판단하고 그에 따른 지주회사에 대하여만 취득세를 면제해 주어야 한다고 해석할 수는 없다고 할 것입니다. ○ 그러므로 공정거래법 제8조에 따른 신고를 하지 않은 회사일지라도 같은 법 제2조제1호의2와 같은 법 시행령 제2조제1항 및 제2항의 요건을 갖춘 지주회사이면 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사에 포함된다고 할 것입니다.