○ 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제1호에 의하면, 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 신축주택취득기간(2001. 5. 23. ～ 2003. 6. 30.) 중에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시및주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)을, 동항제2호에 의하면, 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시및주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 각각 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 요건 중 하나로 정하고 있습니다.
○ 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3제3항에 의하면, 법 제99조의3제1항제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”으로 ①주택조합등이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(잔여주택)으로서 신축주택취득기간 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택과 ②조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택(
주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한함)을 들고 있습니다.
○ 「조세특례제한법」 제99조의3제1항 각호의 규정체계를 검토해 볼 때, 주택조합등의 조합원이 조합원의 지위에서 취득하는 신축주택(조합원에게 공급하기로 되어 있는 조합원분 주택)은 기본적으로 “자기가 건설한 신축주택”의 성격으로 보고 있는바, 이는 같은법 동조동항제2호에서 주택조합등을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 “자기가 건설한 신축주택”의 범위에 포함시키고 있는 점을 보아도 알 수 있고, 더욱이 조합의 잔여주택에 대한 일반분양 실적이 있을 경우 주택조합의 조합원이 조합원의 지위에서 취득하는 신축주택도 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제1호의 규정을 적용할 수 있다면 조합에 의한 주택공급에 있어서 순수하게 조합원분 주택만 건축하여 공급하는 경우는 거의 없고, 조합운영비, 시공비용 등의 보전을 위한 경비충당을 목적으로 건축되는 주택의 일부를 조합원외의 자에게 매매계약을 통하여 공급하고 있는 것이 일반적이라는 점을 고려할 때 사실상 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제2호의 규정을 주택조합의 조합원에게 적용될 여지는 거의 없게 됩니다.
○ 또한, 주택조합의 조합원이 「조세특례
제한법」 제99조의3제1항제1호 또는 동항제2호 중 어느 규정을 적용받는가 하는 것에 따른 법적 의미의 차이는 신축주택취득기간이 경과 후에 신축주택에 대한 사용승인등을 받아도 되는지, 아니면 신축주택취득기간내에 사용승인을 받아야 하는지 하는 과세특례의 세부적인 요건에 차이가 있게 되는바, 조합이 조합원들에게 공급하기로 되어 있는 주택(조합원이 조합원의 지위에서 취득하는 조합원분 주택)은 조합원이 자기 지분의 토지 등을 제공하고 주택가격에 대한 청산을 전제로 취득하는 “자기가 건설하는 주택”의 성격을 가지고 있어 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제1호에서 요구하는 신축주택취득기간 중에 매매계약체결 및 계약금 납부라는 별도의 취득행위요건이 필요하지 아니하고, 다만 동 기간내에 신축주택의 안전사용개시를 위하여 신축된 주택이 당초 허가된 설계도서대로 건축되었는지 여부를 확인하여 주택의 사용을 허가하는 사용승인등을 받을 것이 요구된다 할 것입니다.
○ 한편, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례제도는 신축되는 주택의 매매거래를 촉진시켜 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위하여 도입된 제도로서 그 정책목적 달성을 위하여 특정 과세상황에서 일반납세자들과는 달리 조세감면 등 조세부과에 있어서 공평과세의 예외를 인정하는 제도인 만큼 정책목적달
성에 지장을 주지 않는 범위 내에서 최소한으로 운영되어야 한다는 점을 고려할 때, 주택조합의 조합원이 조합원의 지위에서 취득하는 신축주택을 주택건설경기의 활성화에 더욱 도움이 되는 잔여주택의 취득과 같이 신축주택취득기간이 경과 후에 사용승인을 받도록 하는 완화된 특례요건을 적용하는 것은 불합리할뿐더러 조합이 공급하는 잔여주택을 취득하는 경우에는 주택의 취득행위가 신축주택취득기간이 경과된 후 종료(신축주택취득기간 경과후 잔금지급 및 소유권이전)될 수도 있으므로 잔여주택을 취득하는 조합원에 대하여는 신축주택에 대한 사용승인등을 신축주택취득기간이 경과된 후에 받도록 할 필요성이 있다고 할 것입니다.
○ 이상의 점들을 종합적으로 고려하여 판단하면 조합원이 「주택법」에 의한 주택조합이 공급하는 주택(조합원분 주택)을 취득하는 경우는 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받아도 되는 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제1호의 적용대상이 되지 아니합니다.