○ 「농지법」 제36조제1항은 농지를 전용하고자 하는 자는 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 등을 제외하고는 농림부장관의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 「농지법」 제39조제1항은 농림부장관이 제36조제1항의 규정에 의하여 농지전용허가를 함에 있어서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 도시지역·계획관리지역 및 개발진흥지구안의 농지를 제외하고는 다음 각호의 1에 해당하는 시설의 부지로 사용하는 경우에는 그 전용을 허가할 수 없다고 규정하면서, 제3호에서 “농업의 진흥이나 농지의 보전을 저해할 우려가 있는 시설로서 대통령령이 정하는 시설”을 규정하고 있으며, 2006. 1. 20. 개정된 동법 시행령 제49조제3항은 법 제39조제1항제3호에서 “대통령령이 정하는 시설”이라 함은 “「건축법 시행령」 별표 1 제4호사목의 규정에 해당하는 시설”등을 말한다고 규정하고 있고, 「건축법 시행령」 별표 1 제4호 사목은 제조업소등으로서 동일한 건축물안에서 당해 용도에 쓰이는 바닥면적의 합계가 500제곱미터 미만이고, 「대기환경보전법」등에 의한 배출시설의 설치허가 또는 신고를 요하지 아니하는 시설등을 규정하고 있습니다.
○ 농지법령상 농지를 전용하는 경우 그에 따른 행위제한은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 용도지역·용도지구의 구분·지정에 따른 행위제한의 내용과는 별도로 농지법령에서 규정하고 있는바, 해당시설이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 제정된 것) 부칙 제18조 및 동법 시행령(2002.
12. 26. 대통령령 제17816호로 제정된 것) 부칙 제13조의 규정에 의하여 도시관리계획이 최초로 정비되어 관리지역이 세분될 때까지의 행위제한의 내용에 의할 때 건축이 허용되는 건축물에 해당한다 하더라도, 이를 위하여 농지전용허가를 받아야 하는 경우 그 허가가 가능한지 여부는 농지법령에서 규정한 바에 따라서 정하여지는 것입니다.
○ 「농지법」 제39조제1항의 규정에 의하여 농지전용허가가 제한되는 지역에서 제외되는 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 계획관리지역”은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역 중 토지적성평가 등 동법령에서 정한 절차를 거쳐 “계획관리지역”으로 구분·지정된 지역을 말하는 것으로서, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역이 계획관리지역으로 구분·지정되지 아니한 경우는 여기에 해당한다 할 수 없고, 농지법령에 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역이 “계획관리지역”으로 구분·지정되지 아니한 지역내의 농지를 전용하는 경우 종전의 규정에 의하도록 하는 등의 경과규정을 두고 있지 아니하므로, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역이 계획관리지역으로 구분·지정되지 아니한 지역이 「농지법」 제39조제1항 및 동법 시행령 제49조제3항의 적용대상에서 제외된다고 할 수는 없습니다.
○ 2006. 1. 20. 개정된 「농지법 시행령」 제49조제3항이 「건축법 시행령」 별표 1 제4호사목의 규정에 의한 제조업소를 농지전용허가가 제한되는 시설로 규정한 것은 농지전용허가제한의 기준을 국토의 계획 및 이용에 관한 법령
에 의한 생산·보전관리지역내의 토지이용행위의 제한수준에 맞게 조정하기 위한 것인바, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역 중 종전의 「국토이용관리법」상 준농림지역에 해당하는 지역은 생산·보전관리지역으로 구분될 가능성이 큰 지역이므로, 개정된 「농지법 시행령」 제49조의 개정취지에 비추어 농지전용허가를 제한할 필요가 있고, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제79조에서 관리지역이 세부용도지역으로 지정되지 아니한 경우에는 행위제한의 정도가 강한 보전관리지역에 관한 행위제한의 내용을 적용하도록 하여 국토의 무분별한 개발을 방지하고자 한 취지에 비추어 보더라도, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역으로서 계획관리지역으로 구분·지정되지 아니한 지역내의 농지를 전용하는 경우 「농지법」 제39조제1항 및 동법 시행령 제49조제3항의 적용을 받는 지역에서 제외된다 할 수 없습니다.
○ 따라서, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 관리지역으로서, 계획관리지역으로 구분·지정되지 아니한 지역안의 농지를 제조업소의 부지로 사용하고자 하는 경우에는 「농지법」 제39조제1항 및 동법 시행령 제49조제3항의 규정을 적용하여 농지전용허가를 거부할 수 있습니다.