○ 「항만법」 제9조제1항에서는 항만시설의 신설·개축·유지·보수 및 준설 등에 관한 공사(이하 “항만공사”라 함) 가운데 지정항만에 대한 항만공사는 해양수산부장관이 시행하고, 지방항만에 대한 항만공사는 시·도지사가 시행하나, 다만, 항만공사에 관하여 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있으면 그 규정에 따르도록 정하고, 같은 조 제2항에서는 해양수산부장관이나 시·도지사가 아닌 자(이하 “비관리청”이라 함)가 관리청의 허가를 받아 항만공사를 하려는 때에는 관리청의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 관리청은 제2항에 따른 항만공사 시행허가를 받고자 하는 비관리청이 요건을 모두 갖춘 경우에는 이를 허가하도록 정하고 있습니다.
○ 한편, 「제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(이하 “제주특별자치도법”이라 함) 제144조제7호에서는 해양수산사무의 이관에 따른 특례를 규정하면서, 그 중 하나로 위 「항만법」 제9조제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 해양수산부장관의 권한은 제주특별도지사의 권한으로 한다고 규정하고 있고, 아울러 제주특별자치도법 제6조에서는 이 법에 의하여 중앙행정기관의 장 등의 권한을 제주특별자치도지사의 권한으로 한 경우(이양되는 권한과 관련된 의무·원칙·기준 및 절차 등을 포
함함) 제주특별자치도지사의 권한은 해당법령에 규정된 중앙행정기관의 장 등의 권한으로 보아 해당법령을 적용하고, 중앙행정기관의 장 등에 해당하는 사항을 제주특별자치도지사에 해당하는 것으로 한 경우에도 또한 같다고 규정하고 있습니다.
○ 제주특별자치도법에 따라 중앙행정기관의 장의 권한이 제주특별자치도지사에게 이관된 경우 그 중앙행정기관의 장의 권한에 속하는 사무는 제주특별자치도지사의 사무가 되고, 제주특별자치도지사는 자신의 권한과 책임 아래 그 사무를 처리하여야 하며, 그 시점은 달리 제주특별자치도법의 부칙에서 정하지 않는 한 제주특별자치도법의 시행 이후부터라 할 것입니다.
○ 따라서, 제주특별자치도법의 시행 이후 제주특별자치도내의 지정항만에 관한 항만공사 시행권한은 행정자치부장관으로부터 제주특별자치도지사로 이관되었다고 할 것입니다.
○ 그리고, 국가가 그 사무의 비용을 부담한다고 하더라도 지방자치단체의 일반회계에 속하게 된 이상(「지방재정법」 제9조제1항) 이는 국가와 지방자치단체 사이의 문제이고, 법률행위의 당사자 및 비용을 지출하는 주체가 제주특별자치도지사인 점이 달라진다고 볼 수 없습니다.
○ 그러므로, 「항만법」 제55조에 따라 제주특별자치도내 지정항만에 대한 항만공사 비용을 국가가 부담한다고 보더라도, 제주특
별자치도내 지정항만의 항만공사 권한이 제주특별자치도지사에게 이관된 이상 제주특별자치도법 시행 이후 지정항만에 대한 신규 항만공사의 계약당사자는 제주특별자치도지사이므로, 이 공사에 대하여는 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」이 적용되어야 할 것입니다.