종전의 「군용항공기지법」(「군사기지 및 군사시설 보호법」이 2007. 12. 21. 제정, 2008. 9. 22. 시행되면서 폐지된 것을 말함. 이하 같음) 제8조제2항에서는 비행안전구역 중 제2구역 내지 제6구역 안에서는 그 구역의 표면의 높이 이상인 건축물 등을 설치·재배하거나 방치하여서는 아니 된다고 규정하고 있었으며, 같은 법 제16조에서는 관계행정청은 비행안전구역 안에서 같은 법 제8조제2항에 저촉될 우려가 있는 건축물·구조물의 설치에 관한 허가 등의 처분을 하고자 할 때에는 사전에 국방부장관 등과 협의하여야 한다고 규정하고 있었습니다.
그런데 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 각종 군사시설 보호와 관련된 구역의 지정범위와 행위규제 등을 정비하고, 그 성격이 유사한 「군사시설보호법」 및 「군용항공기지법」 등을 하나의 법률로 통합하여 국민의 재산권 보장과 토지이용의 불편을 해소하도록 하는 등의 내용으로 「군사기지 및 군사시설 보호법」(이하 “군사기지법”이라 함)이 2007년 12월 21일 제정되어 2008년 9월 22일부터 시행되었으며, 군사기지법 제10조제1항제2호에서는 제2구역부터 제6구역까지에서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축, 공작물ㆍ식물이나 그 밖의 장애물의 설치ㆍ재배 또는 방치를 하여서는 아니 된다고 규정
하고 있고, 같은 조 제5항에서는 관할부대장 또는 관리부대장(이하 “관할부대장등”이라 함)은 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 비행안전에 지장을 초래하지 아니하는 범위 안에서 각 기지별 지역의 특수성을 고려하여 항공작전기지의 비행안전구역에 있어서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축 등을 허용할 수 있다고 규정하고 있습니다.
우선 행정제재처분이 아닌 허가등의 행정처분은 처분 당시에 시행 중인 법령과 그에 따른 허가등의 기준에 따라 하는 것이 원칙이고, 관계 법령이 개정·시행되면서 신 법령 부칙에 “신 법령 시행 전에 이미 허가신청, 건축의 착공 등 일정한 행위가 있는 사안에 대하여는 종전의 규정에 의한다”는 취지의 경과규정을 둔 경우에만 처분 당시에 시행 중인 법령이 아닌 종전의 법령에 따라 처분할 수 있는 것인데, 종전의 「군용항공기지법」 등을 폐지하고 군사기지법이 제정되면서 그 부칙에서는 비행안전구역에서의 금지·제한행위 및 금지·제한행위의 완화 등에 관하여 규정하고 있는 군사기지법 제10조의 적용과 관련한 경과규정을 두지 않았는바, 군사기지법이 시행된 이후 비행안전구역에서의 금지·제한행위 기준의 적용 및 금지·제한행위의 허용과 관련한 건축허가나 그 건축허가의 변경과 그 협의에 대하여는 종전의 「군용항공기지법」이 아닌 군사기지법 제
10조가 적용된다 할 것입니다.
한편, 군사기지법 시행 전에 이미 종전의 「군용항공기지법」상의 협의규정을 위반하여 행정기관이 한 건축허가에 기해 건축 중인 건축물에 대한 변경허가의 신청을 받은 해당 행정기관이 변경허가를 하기 위해 관할부대장등에게 협의를 요청하는 경우, 군사기지법 제10조를 적용하는 것이 법령의 소급적용에 해당되어 허용될 수 없는 것인지가 문제되는데, 건축물이 건축 중에 있는 경우에는 이미 종결된 사실관계 또는 법률관계라고 볼 수 없고, 또한 변경허가도 기존의 건축허가와는 별도의 독립된 행정처분에 해당하는 것으로서 변경허가 처분 시에 시행 중인 군사기지법을 적용해야 한다 할 것인바, 행정기관이 비행안전구역 안에서 같은 법 제10조제1항제2호에 저촉될 우려가 있는 건축물의 건축에 대한 변경허가 처분을 하려면 같은 법 제13조제2항제1호에 따라 관할부대장등과 협의하여야 하므로 해당 협의 요청이 있는 경우 그 협의 시에 시행 중인 같은 법 제10조제5항을 적용하는 것은 소급적용이라고 할 수 없습니다.
설사 건축물의 건축에 대한 변경허가의 신청을 받은 행정기관이 변경허가를 하기 위해 관할부대장등에게 협의를 요청하는 경우 군사기지법 제10조를 적용하는 것이 소급적용에 해당된다고 보더라도 같은 조 제5항은 지역의 특수성을
고려하여 비행안전구역 내에서의 행위제한을 완화할 수 있도록 하기 위한 것인바, 해당 조항을 적용하는 것은 변경허가 신청자의 이익을 증진시키며 불이익을 제거하는 것이므로 법령의 소급적용 금지의 원칙에 위배되는 경우라고 할 수 없고, 오히려 같은 조항은 군사기지법상의 규제로 인한 토지이용의 불편을 해소하고 국민의 재산권을 보장하기 위하여 도입된 것이라는 점에 비추어 보면, 종전의 「군용항공기지법」 시행 당시 행정기관이 비행안전구역에 있어서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축에 대하여 관할부대장등과의 협의를 거치지 아니하고 한 건축허가에 기해 해당 건축물이 건축 중에 있는 경우라도 해당 건축물의 건축에 대한 변경허가를 하기 위해 협의 요청을 한 경우에는 해당 규정을 적용할 수 있다고 보는 것이 타당하다 할 것입니다.
다만, 건축물의 건축에 대한 변경허가 신청은 기존의 건축허가를 전제로 허가를 받은 사항을 변경하려는 것으로서 해당 건축허가가 유효한 경우에만 인정되는 것이므로, 기존의 건축허가에 하자가 있는 경우 그 하자가 법령의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어서 해당 건축허가가 당연무효로 되거나 해당 건축허가를 행한 행정기관이 건축허가의 하자 등을 이유로 해당 건축허가를 취소하는 경우에는 그 변경허가 신청은
전제 조건을 갖추지 못한 것이 되어 그 신청 자체가 가능하지 않게 됩니다.
따라서 종전의 「군용항공기지법」 시행 당시 행정기관이 비행안전구역에 있어서 그 구역의 표면높이 이상인 건축물의 건축에 대하여 관할부대장등과의 협의를 거치지 아니하고 건축허가를 하여 해당 건축물이 건축 중에 있는데, 2008년 9월 22일 이후에 해당 건축물의 건축에 대한 변경허가의 신청을 받은 행정기관이 변경허가를 하기 위해 관할부대장등에게 협의를 요청하는 경우, 해당 건축허가가 무효로 되거나 취소되지 않는 한 군사기지법 제10조제5항이 적용될 수 있습니다.