「조세특례제한법」 제105조의2제1항에 따르면 환급대행자의 사업장 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 농어민이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(「부가가치세법」 제3조제4항에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당함. 이하 같음)로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다고 규정하고 있고, 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」(이하 “특례규정”이라고 함) 제7조제1호 및 별표 5에 따르면 법 제105조의2제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 농업용 필름(비닐하우스용, 보온못자리용, 밭작물피복용 또는 과수재배용에 한한다) 및 그 부속자재(비닐 고정용 패드 및 클립, 파이프조리개, 고정구 및 연결핀, 파이프꽂이에 한한다)(제1호), 농업용 파이프(작물재배용 및 축산업용 비닐하우스와 과수재배용에 한한다)(제2호) 등의 농업용 기자재에 해당하는 것을 말한다고 규정하고 있습니다.
한편, 「국세기본법」 제14조제2항에 따르면 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계 없이 그 실질 내용에 따라 적용한다
고 규정하고 있습니다.
농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례에 관해 규정한 「조세특례제한법」 제105조의2 및 특례규정 별표 5를 살펴보면, 관할 세무서장은 “대통령령으로 정하는 농민이 농업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재로서 특례규정 별표 5에 따른 농업용 기자재”에 대해서는 기자재를 구입한 때 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 환급할 수 있다고만 규정하여 별도로 농업용 기자재 구입 계약의 형태에 대해서는 제한하고 있지 않고, 농민이 일반과세사업자와 시설공사도급계약을 체결하였다 하더라도 시설공사도급계약의 공사대금에서 농업용 기자재 구입비용이 구분되고, 그 기자재가 해당 농민의 농업에 필요한 시설 공사에 사용된 사실이 확인되는 경우라면, 농업용 기자재 구입비용 부분의 실질 거래내용은 농업용 기자재를 구입한 것과 동일하므로 양자를 달리 취급할 이유가 없습니다.
아울러, 「조세특례제한법」 제105조의2 규정의 신설 당시 개정이유 등 입법자료에 따르면 같은 규정은 농업용 필름, 와이어로프 등 산업용으로의 전용가능성이 높은 기자재를 같은 법 제105조제1항에 따른 부가가치세 영세율 적용대상에 추가할 경우 농어업용으로 구입하여 그 외 다른 용도로 재판매함에 따라 시장가격을 왜곡하는 현상을 방지하고, 부가가치세 감면
적용 품목을 확대하되 농어민에게 실질적인 감면혜택이 돌아갈 수 있도록 사후 환급제도를 신설한 것으로서, 이러한 「조세특례제한법」 제105조의2의 신설취지에 비추어 보면, 농민이 일반과세자와 시설공사도급계약을 체결하였다 하더라도 시설공사도급계약의 공사대금에서 농업용 기자재 구입비용이 객관적인 자료에 의하여 명확히 구분되고 그 기자재가 해당 농민의 농업에 필요한 시설 공사에 사용된 사실이 확인되는 경우라면, 농업용 기자재 구입비용은 농민이 일반과세자로부터 농업용 기자재를 구입한 경우와 동일하게 취급하여 농민의 부가가치세 부담을 덜어주는 것이 해당규정의 신설취지에 부합한다 할 것입니다.
따라서, 농민 개인과 일반과세자인 건축업자와의 도급계약에 따라 건축업자가 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」 별표 5 제1호·제2호에 해당하는 농업용 기자재(농업용 필름 및 파이프 등)를 구입하여 포도나무에 내리는 비를 가리기 위한 공사를 한 경우라도, 농민 개인이 지급한 공사대금 중 농업용 기자재 구입비용이 객관적인 자료에 의하여 명확히 구분되고 그 기자재가 해당 농민의 농업에 필요한 시설 공사에 사용된 사실이 확인되는 경우라면, 농업용 기자재 구입비용은 「조세특례제한법」 제105조의2제1항에
따른 “농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재로서 대통령령이 정하는 것”에 해당하여 세무서장은 기자재를 구입한 때 부담한 부가가치세액을 해당 농민에게 환급할 수 있습니다.