가. 질의 가 및 질의 나의 공통사항(관계 법령 등)
○ 특구법 제1조에 따르면 이 법은 연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고, 상호협력을 활성화하며, 연구개발 성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가기술의 혁신 및 국가경제의 발전에 이바지함을 목적으로 하고, 같은 법 제2조제1호에서 “연구개발특구”라 함은 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따른 지역을 말하고, 같은 법 제4조에서는 대전광역시 유성구ㆍ대덕구 및 그 인근지역으로서 대통령령이 정하는 지역을 대덕연구개발특구로 하고, 같은 법 제2조제5호에서 “연구소기업”이라 함은 특구 안의 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 자신이 보유한 기술을 직접 사업화하기 위하여 자본금 가운데 대통령령이 정하는 비율 이상을 출자하여 특구 안에 설립하는 기업을 말하고, 같은 조 제2호에 따르면 “사업화”라 함은 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 활동을 말하고, 같은 법 제2조제3호에 따르면 “사업화”라 함은 기술을 이용하여 제품의 개발ㆍ생산 및 판매를 하거나 그 과정의 관련 기술을 향상시키는 것을 말한다고 하고, 특구법 시행령 제3조제2항에서는 법
제2조제5호에서 “대통령령이 정하는 비율”이라 함은 자본금의 20퍼센트를 말한다고 규정하고 있습니다.
○ 특구법 제3조에서는 이 법 가운데 특구에 대하여 규제를 완화하기 위하여 특례를 정하는 제3장 내지 제8장의 규정은 다른 법령에 우선하여 적용하고 다만, 다른 법령에서 이 법의 규정보다 규제가 완화되는 규정이 있으면 그 법령이 정하는 바에 따른다고 규정하고 있고, 연구소기업에 대한 규정을 살펴보면 세제지원 및 부담금 감면의 특례(법 제14조제1항 및 제2항), 국·공유재산이 사용·수익·대부 및 매각 등의 특례(법 제15조제1항부터 제5항까지), 공동연구개발 촉진을 위한 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」의 특례(법 제16조제1항 및 제2항) 등이 포함되어 있습니다.
○ 연구소기업 설립에 관해서는 특구법 제9조제1항에서 특구 안의 국립연구기관 및 정부출연연구기관은 연구개발 성과를 사업화하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 지식경제부장관의 승인을 얻어 연구소기업을 설립할 수 있다고 하고, 같은 조 제2항에서는 제1항의 규정에 따라 연구소기업을 설립한 국립연구기관 및 정부출연연구기관은 연구소기업에 대한 출자로 발생한 수익금과 잉여금을 연구개발 활동이나 연구소기업에 대한 재출자 등 대통령령이 정하는 용도로 사용하여야 한다고 하고
, 같은 영 제14조에서는 국립연구기관 및 정부출연연구기관은 법 제9조제2항의 규정에 따라 연구소기업에 대한 출자로 발생한 수익금과 잉여금을 사용할 수 있는 용도를 지정하고 있으며, 같은 법 시행령 제13조제1항에서는 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 법 제9조에 따라 연구소기업의 설립승인을 얻고자 하는 때에 지식경제부장관에게 제출하여야 하는 연구소기업설립계획서에 포함될 사항으로 출자비율과 출자내역(국립연구기관 및 정부출연연구기관 외 출자자의 출자비율 및 출자내역 포함)등을 규정하고, 같은 조 제2항에서는 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 연구소기업을 설립하기 위하여 출자할 수 있는 자산·정보 또는 권리로 연구기관이 소유한 지적재산권 및 노하우, 현금, 부동산 등을 명시하고 있습니다.
나. 질의 가에 대하여
○ 먼저 “출자”의 사전적 의미는, 회사나 조합 따위 공공사업을 수행하기 위하여 구성원이 자본을 내는 일을 이르는 것으로, 특구법 제2조제5호에서 연구소기업에 대해 특구 안의 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 자본금 가운데 대통령령이 정하는 비율 이상을 출자하여 특구 안에 설립하도록 규정을 둔 것은 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 개발한 연구개발 성과를 “직접 사업화”할 수 있도록 하려는 것인데, 국립연구기관 및 정부출연연구
기관이 “직접 사업화”를 보다 쉽게 하기 위해서는 주주로서 연구소기업에 대한 경영참가나 감독권을 행사할 수 있는 것이 필요하고, 따라서 위 조항의 취지는 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 연구소기업에 자본금을 출자하여 그 기업의 지분을 20퍼센트 이상 확보함으로써 사업화를 촉진하기 위한 규정으로 볼 수 있습니다.
○ 그런데, 이미 설립된 기업에 그 기업 자본금의 20퍼센트 이상을 출자하는 것이 위 조항에서 규정한 연구소기업 설립에 포함되는지의 여부에 관하여는, “설립”을 엄격한 의미로 해석하여 종전에 존재하지 아니하였던 기업을 성립되게 하는 행위만을 볼 것은 아니고, 자본금의 20퍼센트 이상을 출자하여 “기업을 설립”하는 것과 “이미 설립된 기업”에 그 기업 자본금의 20퍼센트 이상을 출자하는 것은 연구개발 성과의 사업화 수단이라는 점에서 다르지 아니하기 때문에, 이미 설립된 기업에 그 기업의 자본금의 20퍼센트 이상을 출자하는 것도 특구법 제2조제5호에서의 연구소기업의 설립에 포함된다(법제처 2006. 9. 25. 회신 06-0250 해석례)고 할 것이므로 이미 설립된 기업이라고 하여 연구소기업의 설립에서 배제되지 않는다 할 것입니다.
○ 아울러 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 주주로서 연구소기업에 대한 경영참가나 감독권을
행사할 수 있도록 하기 위해서는 현금, 현물, 지적재산권 등을 출자하여 기업의 일정 비율 이상의 지분을 확보하면 되는 것인데, 이미 설립되어 있는 기업의 자본금 자체를 증가시켜야 한다는 명시적인 규정이 없으므로, 자본금 전체를 증가시키지 않더라도 기업으로부터 해당 기업이 보유하고 있던 자기주식에 대한 소유권을 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 양도받아 그 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 주주로서 연구소기업에 대한 경영참가나 감독권을 행사할 수 있게 된다면 국립연구기관 및 정부출연연구기관의 연구개발 성과의 직접 사업화라는 목적을 달성하기 쉬워진다는 점, 지식경제부장관이 특구법 시행령 제13조제1항에 규정된 출자비율, 출자내역, 사업계획과 국립연구기관 및 정부출연연구기관 외 출자자의 출자비율 및 출자내역을 고려하여 승인을 할 것이므로 국립연구기관 및 정부출연연구기관의 설립목적에 어긋나거나 특구법의 연구개발 성과의 사업화라는 목적과 달리 출자되는 것을 예방할 수 있다는 점, 특구법 시행령 제14조에서 출자로 발생한 수익금과 잉여금을 연구소기업에 대한 재출자 등(제1호부터 제4호)에 사용하도록 제한하고 있는 점을 고려할 때, 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 새로이 기업을 설립하여 출자하는 것과 정부출연기관이 기업과 일정기간 동안 기술전용실시권을 양도
하는 계약을 체결하는 방식으로 주식을 취득하는 것과 그 일정기간 동안은 실질이 다르지 않다고 할 것입니다.
○ 따라서 특구 안의 정부출연연구기관이 특구 안에 이미 설립되어 있는 기업과 기술이전계약 및 매매계약을 체결하여 그 기업에 일정기간 동안 기술전용실시권을 주고 그 대가로 이미 발행된 그 기업 주식을 양도받는 경우 그 일정기간 동안은 특구법 제2조제5호에 따른 출자에 해당합니다.
다. 질의 나에 대하여
○ 특구법에서 연구소기업에 대해 세제지원 및 부담금 감면, 국·공유재산의 사용·수익·매각에 대한 특례 등 각종 혜택을 부여하고, 특구에 대해 각종 규제를 완화하기 위해 특례를 정하는 같은 법 제3장부터 제8장까지의 규정은 다른 법령에 우선하여 적용하도록 하고 있는 점을 고려할 때, 자본금의 20퍼센트 이상의 출자규정은 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 주주로서 연구소기업에 대한 경영참가나 감독권을 행사할 수 있어야 하는 것으로 볼 수 있고, 설립 후 설립승인요건을 충족하지 않을 경우 더 이상 연구소기업으로서의 특례를 부여하지 않아야 할 것이며, 만약 연구소기업 설립승인 시에만 요건이 충족되면 된다고 할 경우, 연구소기업 설립승인 후 다른 이유로 연구소기업의 자본금 전체가 증가되어 국립연구기관 및 정부출연연구기관의 지분이
상대적으로 낮아져 주주로서 연구소기업에 대한 경영참가나 감독권을 행사할 수 있는 관계에 있지 않은데도 연구소기업으로서의 각종 혜택을 누리는 것이 되어 공익적인 관점에서 타당하지 않아 결국 특구법의 입법취지가 무색해질 우려가 있습니다.
○ 따라서 “자본금 20퍼센트 이상의 출자”는 연구소기업 설립단계에서만 요구되는 것이 아니고, 설립 후 연구소기업의 존속단계에서까지 요구되는 것입니다.